半夜子時，公子景涵率兵包圍王宮，項燕直闖令尹府，當場斬殺李園。公元前228年，經由項燕、景涵二人聯手，終廢黜楚王熊猶以及太后，擁立楚公子負芻即位為王。
自從新楚王即位后，合縱之勢再起，楚王負芻下令征調糧餉，整軍備甲，屈、景、昭三族得悉此事，暗中作梗，李斯認為王族與士族不睦，應當抓住這等軟肋，趁機設法擾亂，分裂楚國。
正當君臣商議如何應對楚國政變局勢，舊韓士人不滿秦國剝奪封邑，突然起兵叛變占據新鄭。項燕舉兵二十萬支援舊韓叛軍，直擊函谷，無論嬴政如何選擇，函谷與新鄭之間必定二失其一。
羋啟考慮到情勢危急，因此勸諫嬴政盡早召回王翦，嚴陣以待。然而嬴政表示邯鄲乃是大秦銳士鮮血所奪，不容有失，況且羋負芻自立為王，不受老臣認同，于是便派羋啟親自前往陳郢對付楚國，相信以他羋姓正朔的身份，只要登高一呼，眾望所歸，若能動搖楚國根基，負芻必召項燕回楚。
果然正如嬴政所料，楚國眾士聽聞羋啟檄討負芻，紛紛前來襄助，決定為楚人伸張正義，平亂熄戰。原本項燕還在謀劃進一步攻占秦邑，打算明日克城，怎料景涵突然奉命前來強令回師，原因便是巡城士卒時有被殺，現下郢都人心惶惶，恐新王不保。
魏國派使臣魏霑入秦覲見秦王政，自請撤去王號，愿為大秦藩臣，甚至在言辭中泄露齊國暗中參與合縱抗秦。嬴政考慮到時機尚未成熟，暫且放過魏王，隨即傳召李斯、王綰二人，隨他親赴陳郢坐鎮指揮。
而今楚國內亂洶洶，不足為慮，倒是王翦屯兵易水。燕國上下頓感危機，立即派燕太傅鞠武打探消息，怎料卻被王翦回懟。
燕國君臣對于下一步的國策爭論不休，部分老臣贊同姬丹觀點，認為燕國臨危在即，決不可重蹈韓、趙之覆轍，應當征集舉國財力修軍備、勵甲士，而另一半老臣則持有反對意見。最終燕王喜決定只要秦軍不過易水，燕國定不會出面挑釁，以免惹得嬴政生疑。
與此同時，嬴政前往陳郢途中，看到戰后蕭條的景象十分痛心。姚賈道出南郡郡守寧騰頒布的書文，嬴政決定采用寧騰的治理措施，以便讓秦律更快的推行于新設郡縣，使得新秦人快速知曉，并下令將此法傳于遠在陳郢的羋啟。
然而羋啟認為應用楚士人實行分封制，這樣滅楚更簡單易行，無需一兵一卒便可擒獲負芻蕩平楚境。結果嬴政聞言不悅，立即回駁，李斯也建議羋啟應將精力放在齊國身上，想必楚王已派重臣抵達臨淄。
項燕奔走齊國，游說丞相后勝，力促齊楚結盟以抗秦國。怎料羋啟、姚賈一同抵達齊國，直接入宮面見齊王，順利化解項燕圖謀，敲打齊王應當順從民意而謹慎征伐。齊王思及秦國虎狼，不敢貿然得罪，索性暫且擱置合縱，安排兩國使者先入驛館，日后再行商議。
燕太子丹與燕王觀點相駁，他覺得只有除掉為首禍端，方能保得燕國安穩，而后便親自在府中設宴，邀荊軻、舞陽等人。
為能打消荊軻顧慮，姬丹當場展示徐夫人匕首，此匕首淬有劇毒，頃刻奪人性命。荊軻答應會以燕使身份入秦刺殺嬴政，但是在此之前需向姬丹索要兩件東西，一是督亢輿圖，一是叛將樊於期的人頭。
幾日已過，齊公子田沖認為楚國誠心結盟，應當早做決斷，后勝卻表示秦國強于楚國，首選強者結盟為妥。二人于大殿之上發生口舌爭執，齊王吩咐后勝帶田沖一探究竟，居然發現楚人頻繁進出秦使驛館。田沖親眼目睹楚士人爭相與秦昌平君羋啟結交的情況，頓時無言，也便沒有任何促進楚、齊結盟的理由。
探馬流星穿梭，商旅紛紛離燕，鄰國覆滅的消息接踵而至，隆隆如雷。平民惶惶，廟堂惶惶，燕太子丹更是惶惶難安，終經幾番思量，主動約來樊於期，并向他說明刺秦的計劃。樊於期從來沒有想到能隱燕地這么多年，竟被姬丹恩將仇報，當他還在震栗失望之余，轉眼已是人頭落地。
秦王政將寧騰治理的文書交給昌平君羋啟，希望羋啟可以好好治理陳郢，從而牽制住楚國，卻從未提及分封之事。
另外一邊，投靠羋啟的楚國士人催問何時才能分封，羋啟左右為難，便以平定天下為借口，堵住楚國人士之口，許諾得天下時必將允諾兌現。
歲余猶見峭寒意，荊軻臨危受命，許遲者二月便取嬴政首級。高漸離想和荊軻一起去咸陽，奈何姬丹偏要將他留在那里，而讓秦舞陽跟隨，對荊軻頗具牽制作用。
親眼看著摯友遠去，高漸離心中驀然涌出一股莫名的悲涼，于是便當場盤坐于地。伴隨著渾厚筑音的奏響，這首《易水歌》悠蕩如烈火，遂照荊軻所向。
秦國此時已至寒冬，皚皚白雪覆蓋整個咸陽，銀裝素裹的秦王宮顯得更加威嚴。正當嬴政和李斯商議下一步平定目標是燕還是魏之時，荊軻與秦舞陽攜督亢地圖以及樊於期頭顱入秦求和以示誠意。李斯認為燕使此時前來，示弱求和是假，博取諸侯同情是真。
荊軻、秦舞陽面見秦王政，二人皆已卸下佩劍。秦舞陽望著雄偉壯闊的秦王宮，爬上臺階的他因懼怕緊張，此時早已雙腿癱軟，跌坐在地上，最終止步于秦殿之外。由于秦舞陽臨陣推脫，于是刺殺嬴政的使命落在荊軻一人肩上。蒙毅十分慎重地檢查了覲見的賀禮后，放荊軻進入秦王宮大殿。
荊軻剛進入大殿便跪下哭泣，假裝示弱使眾人放松警惕，逐步接近嬴政，繼而呈上樊於期的人頭，以及督亢地圖。趁著嬴政專心觀看地圖之時，荊軻右手順勢一帶，圖窮匕現，并以閃電般速度抓住嬴政衣領而不使其掙脫。
眼見淬毒匕首襲來，嬴政急忙側身閃躲，縱然他手忙腳亂狼狽不堪，終究躲過最為致命的第一波突刺。荊軻雖有惱怒，卻依舊窮追不舍，幸好李斯急中生智，直接從侍醫手中奪過藥箱砸向荊軻，使其重重摔倒。
是時嬴政既復冷靜，拔出秦王劍以擋荊軻，幾個回合過后，荊軻遍體鱗傷，腳下一個踉蹌，頹然跌坐在地，就在他絕望的同時，匕首已經循聲擲出，呼嘯著飛向嬴政，狠狠釘在銅柱之上。最終，荊軻以慘敗落幕，遂死于救駕士兵們的長戈之下，抱憾身亡。
經此“荊軻刺秦”一事，燕國落人口實，齊、楚、魏三國不敢輕舉妄動。公元前227年，嬴政下定決心伐燕，于是命令王翦率大軍攻入薊城，薊城失守，主力精銳全被殲滅，百姓四處逃離。
為保二十萬燕人性命，燕太子丹親自去向燕王請罪，承認自己輕敵草率才會導致今天的下場，自愿以死謝罪。待姬丹死后，燕國姬姓逃往遼東，秦國一舉滅燕。嬴政沒想到兒時好友卻是如此結局，隨即將羋啟等人召回咸陽，商議滅楚大計。
楚國內患嚴重，矛盾日益尖銳，百姓不滿新王統治，士欲以秦反負芻,久有歸心。羋啟認為此乃滅楚良機，秦王政卻命卻想佯裝滅楚直逼魏國，而羋啟所要做的便是牽制楚國。
此刻王賁已率兵北上，羋啟牽制楚國，策應王賁與楚王周旋，以使秦軍先滅魏。嬴政擱置陳郢分封之爭，繼而引起楚人怨怒，面對楚士人要求分封的意愿，羋啟難以自安，就連李斯和王綰也為分封與否爭論不休。
項燕將軍請求楚王滅秦國，結果竟遭楚太子景涵回絕。楚王在宮中向眾臣表明，王翦目前正率軍向楚國進發，這并不是對楚國最大的威脅。陳郢城的羋啟在宮中鼓動不滿楚王統治的族人，妄圖推翻他們的統治，這是他最大的擔憂，所以楚王派求求和書信給嬴政，這一切都在嬴政的意料之中，他命羋啟前來與楚王商議，目的是為王翦大軍的攻城
而魏王在率軍攻占都城大梁前，已鏟除城外的一切障礙物，筑墻，以加強防御。王賁率二十萬大軍攻魏，怎料大梁城高墻固，天下無雙，導致他攻城失敗，損失慘重，不得不下令回撤再議。
楚王使臣派來與羋啟談判的使者遲遲不肯交出青陽城的地圖，楚王使臣表示他已經看破了嬴政的陰謀，秦王無意向楚國求和，這次求和也不過是為了討伐魏國罷了。
王賁攻城失敗后，國尉繚認為大梁城以懸板夯筑修建，設有女墻、角樓加固防御，其守備之完善，山東六國無出其右。然而嬴政滅魏之心堅定，于是親自查閱白起當年留下的戰報，找到攻破大梁城的方法，那便是水淹大梁。
秦國派出精銳水軍支援，武安君白起用水淹了大梁，嚇退魏國合縱，并切斷了大梁與外界的聯系。此時，大水已經蔓延到楚王宮外，楚將軍提議先救婦孺、救糧，數月后，魏王已無法堅持。公元前25年，秦將軍王賁引黃河、鴻溝之水破梁城，使魏王降秦，秦在魏地設置碭郡。
滅魏國后，嬴政與諸大臣商議攻滅楚國，李信認為滅楚之戰的關鍵，在于攻克楚國的城父，可速戰速決。王翦則表示楚國地闊兵眾，需與出國對決國力，而王綰等人卻提議實行分封能迅速將楚瓦解，以爭取楚國反楚勢力的支持，但遭李斯堅決反對，嬴政也暫且擱置分封之議。
當天，嬴政私下召見王翦，告訴他實行分封制只能使天下再次陷入動蕩，人民不再有安寧的日子。王翦因為反對嬴政的決定，被迫辭官歸國，重回家鄉。
李信、蒙恬率兵二十萬攻楚，打算先攻占鄢陵，再攻占父城，此時項燕發現陳郢時缺糧，也已無計可施。羋啟守在陳郢，保證陳郢不被項燕占領。
因秦王政不肯分封，羋啟與楚士人心生嫌隙，楚公子景涵聞悉此事后，意欲離間雙方。待秦軍占領城父時，羋啟才發現原來要運往鄢陵的十萬軍糧，只有八萬裝車，還有兩萬儲存在倉庫里。羋啟回府去找儲藏糧草的書簡，結果發現已被人取走。