士別三日當刮目相看，剛才朱棣的發問，讓道衍很是欣慰，不過他提醒朱棣不要忘了陛下是什么樣的人。朝廷政務，不管是哪一樁哪一件，都要有人去做，戶部人手不足，事務處理比往常多要了兩個多月。朱元璋表示這些會讓呂大人處理好，徐輝管好天下第一賬房即可。朱元璋讓呂大人跟自己出去走走，他不太明白為何戶部會推舉徐輝當這個戶部尚書，呂大人如實稟告緣由，朱元璋便也沒再說什么。
朱元璋也知道近期戶部缺人，應召入仕的只有十之二三。他只是殺了幾千個貪官，就有人效仿伯夷叔齊，寧死不食大明的俸祿。雄英和允玟很想念呂大人，朱元璋讓他去看看他們兩個，在以后的教授中教他們天理倫常。方孝孺給父親買棺材銀子不夠，只得跪下求店家，讓店家十分為難。旁人指指點點，方孝孺全然不顧。是徐允恭經過時，給了他一袋錢，周圍的百姓都說他是大善人。
太子來到燕王府告訴朱棣，他會從自己的內帑里支應費用，用以葬埋無主的靈柩。殺貪官的指令終歸是太子下的，他不知道朱棣是否覺得處罰得太過了。朱棣表示不知，可太子明白，在其位謀其事，不能有任何私情可言。他要讓全天下都知道，朱家治下的朝廷，沒有貪官污吏容身之地。既然事情是他做的，他自會一人去抵擋那些閑言碎語，絕不會讓旁人怪罪到朱棣的頭上。他這番話，讓朱棣幾欲潸然淚下。
鳳陽之事，太子終于認可朱棣的做法是對的，兄弟倆很久沒有坐下來一起聊天，朱棣亦深刻地知道，太子大哥對自己很好。后來妙云問朱棣，太子為何來找他們。朱棣沒有說太多，他只是說大哥會在父皇面前提讓他就藩一事，如果快的話，年內就可以去北平就藩。官員們推舉李善長重新出山，而李善長是淮西人，結果推舉他出山的這些人里一個淮西官員都沒有。朱標感慨一句，韓國公好心思。
朝廷實在缺人，朱元璋終于下定決心開科舉，時間為洪武十七年。不過在此之前，他要再干兩件千古之事，做這些事會用到朱棣，他讓朱標轉告朱棣，等忙完這些事后，他自會讓他去北平。朱元璋覺得鐵鉉這人不錯，不久后朱棣登門拜訪，帶鐵鉉去面見朱元璋。鐵鉉既幫朱棣，又彈劾他。鐵鉉解釋說自己彈劾的是錦衣衛，而錦衣衛是皇帝設的，鐵鉉只是進諫，因為他覺得朱元璋做的事是錯的。
此話算是大逆不道之言了，太子和朱棣心里俱是一震，下令讓人把他叉出去。朱元璋早就從馬皇后那兒聽到了許多魏征諫言的歷史典故，所以他并沒有生氣，反而有些欣賞鐵鉉。朱元璋欲新設六科給事中，禮部缺人，想來想去還是鐵鉉合適，鐵鉉即刻答應這份差事。得知鐵鉉沒有字，朱元璋給他賜字“鼎石”。朱棣后來輕飄飄地告訴鐵鉉，朱元璋明日要頒詔了。翌日，大明當朝頒詔，罷丞相，設六部，五府等，如有上奏議重設相，必重刑處之。
李文忠在空印案中未能全身而退，但朱元璋還是給他們家留了一些情面。李景隆任都督府僉事，聽了父親的一番話，毅然決定以后唯太子馬首是瞻，君臣有別，他也要時刻記得。至于海別，李文忠讓兒子別再惦念了。海別得到消息，朱元璋下令讓朱標巡視漕運，朱棣率錦衣衛隨扈。她讓圖雅傳消息回草原。徐允恭要回北平，但陛下還沒有允準，徐增壽提議讓燕王幫他說說，可徐允恭不愿去求燕王，還讓妙云不要同燕王說此事。燕王很是納悶，妙云看得清楚，徐允恭還是別與朱棣交涉過多才好。
朱棣不太明白父皇下詔的用意，道衍一一為他解答，陛下是把廢苛法的諫言聽進去了，下詔的時間點也很特殊，這就是朱棣仍要留在北平管著錦衣衛的原因。
道衍為朱棣分析陛下的心思，頒詔廢丞相、設五府和六部，是為開創之舉措，為的就是想用功名利祿吸引天下的學子涌入朝廷當值。如若表現極好，陛下一道諭旨，就能讓人平步青云，成為近臣。話畢，道衍問了一句，大明朝如此，難道就能高枕無憂了嗎？朱雄英隨同太子巡視漕運，途中身體不適起疹子，騎馬時意識混沌，竟直接墜馬。太子和朱棣星夜趕回京，朱元璋派來的御醫在途中遇上太子一行人，立刻為皇長孫診治。
太醫稱朱雄英所患為痘癥，病勢兇險，恐怕回天乏術。后來回京，馬皇后命人把生病的朱雄英送到坤寧宮由她看顧。朱允炆與哥哥朱雄英情感深厚，在祠堂里流著淚為朱雄英祈福哀求，太子亦與之一起。朱雄英最終在坤寧宮逝世，宮內一片縞素，痛失親子的太子妃常氏痛苦不已。馬皇后遭受失親孫的打擊，機能免疫下降，也患了痘癥。痘癥在當時是不治之癥，馬皇后命人閉門，拒不吃藥，朱標朱棣等人跪在門外哀求開門。
海別在草原時就已經患了痘癥，有免疫之能，馬皇后允許她進來照顧自己。朱元璋聽聞，不顧大臣的阻攔，疾步奔去坤寧宮，看到自己的結發之妻要緩緩關門，他欲上前，被馬皇后的話勸阻住了。朱標憂思過慮，腳步不穩，險些昏倒。朱元璋召見朱棣，讓他幫自己批閱奏表，如今太子病著，二哥和三哥都不在，只能讓朱棣來幫自己批閱。朱標躺臥病床，由呂氏照顧著。朱棣批閱一夜奏表，過于困倦，撐手瞌睡。
朱元璋小心翼翼拉來座椅坐在旁邊，看著兒子，復又望向虛空，眼底情緒復雜。馬皇后吊著最后一口氣，和海別說臨終遺言，希望陛下求賢納德，有始有終，大明永垂不朽。這段時間，皇長孫夭折，皇后薨逝，朱元璋下口諭，罷錦衣衛之權，燕王出鎮北平。朱標拖著病體去送朱棣，叮囑他到北平之后注意身體，不著急趕路。馬皇后剛入殮，陛下就讓燕王就藩北平，道衍問他是否憂心，朱棣的一句反問，讓道衍放心，朱棣現如今終于明白了陛下的心思了。
朱棣到北平城外三十里，徐達帶千戶以上官員前去迎接。燕王坐鎮北平，有官員建議燕王效仿晉王等親王贈送入仕京考的士子川資，朱棣沒有答應，因為陛下有明詔，親王不得干預當地政務。他這么做的是對的，朱元璋對這些親王干預政務多有不滿，本要懲罰，還是朱標求情，朱元璋這才答應讓他給各位弟弟寫去信責令改正即可。自雄英去世后，常氏將此事怪罪在太子頭上，自己也過不去心里那道坎，漸漸與太子生了嫌隙。太子生性純良，明白常氏這番態度情有可原，并未怪罪，反而是滿心的愧疚。
朱雄英死去了三年，朱標心中仍有愧疚，呂氏體貼地對其進行寬慰。朱標慶幸自己還有她，可父皇卻沒有了母后。這幾年，父皇的身子骨越來越不如從前，近日又因為親王涉政而發怒。本來他是要發明詔訓誡這幾位親王的，被太子勸住。聽說陛下訓誡了幾位親王后，徐妙錦趕緊讓徐增壽幫自己磨墨，她要傳消息給妙云。北平，燕王及諸位大將分析元人進犯一事，徐達說，如果他們弄不明白元人的意圖，就出城去弄個清楚，朱棣隨同諸將和徐達出了北平城。
妙云匆匆去見徐達，回王府的路上，想起父親的話。他想盡快讓朱棣在軍中立威，不讓別人欺負燕王及燕王府家眷，他要讓他們手里多一些本錢。妙云也知道張玉曾說，齊王在世的一天，他就絕對不會和草原上的人刀劍相向。妙云繼而問他，如若齊王不在了，他又該當如何。朱棣和朱能等人躲在暗處觀察元人，眼下是一大堆元兵騎馬繞樹轉，朱能悄悄告訴朱棣，這是元人大喪時才有的行動和規模。朱棣叮囑小心些，抓個活的回來問話。
朱元璋問朱標是否想好了該立誰為太子以后的儲君，朱標還沒有想好，兩個孩子畢竟還小，眼下選出金科會試的總裁才是重中之重。朱標心中已有人選，那就是戶部尚書呂本。會試前，李善長曾交給呂本一份名冊，上面的人多跟那些功臣有關聯。呂本深思熟慮，沒有按照他給的名冊來選人，而是選中那些憑借真才實學考上來的寒門子弟。李善長非常生氣，朱元璋卻很欣慰，覺得呂本識大體、知進退，太子的這個岳父真不錯。徐達年老體衰，朱棣城外視察敵情回歸，趕緊去見徐達。
躺在床上的徐達命人拿來帥印，叮囑朱棣說，在朝廷派人來北平之前，先由燕王署理北線軍務，北平都司軍馬一概由他節制。妙云擔心沒有尺寸之功的朱棣無法節制那些驕兵悍將，因此想讓道衍幫忙，把自己的話，轉告給朱棣。這句話就是，朱棣若想立功勛求自安，便在今日。朱棣效仿徐達此前的做法，率軍深入漠北之地，張玉本想讓道衍勸說朱棣放棄這個危險的做法，可是道衍的話反倒說動了他。最終，張玉毅然決然地隨同朱棣一起出城前往漠北，不對草原故人刀劍相向的承諾已經隨時間化為灰燼。
密云衛指揮僉事鄭亨不服朱棣，他要求手下的兵要比得過燕王手下的燕山衛。燕王帶隊尾隨元兵，在小湖泊中下毒，毒死了一些元兵。朱棣還打算繼續深入漠北。張玉感慨說，他的用兵法倒更像齊王一些。徐達被送回南京養病，朱元璋親自去看望。昔日故人如常遇春和保兒，都已經離開了人世，徐達也知道自己的日子要到頭了。他建議朱元璋趁北元內亂之時趁早興兵，擇日北伐，這是重創北元的最佳時機。
徐達最后的念想是吃燒鵝，屋外的眾人都聽到了，朱元璋下旨賜給徐達一只燒鵝，徐允恭立刻跪下求陛下，因為大夫曾說徐達的病不能再吃燒鵝了。但在這最后的時光，往常極力反對父親吃燒鵝的妙云，答應了。