朱允玟突然對呂氏說了一句，燕王行桀紂之事，反倒振振有詞，這樣的人如何幫太子治理天下。夫子眼角一跳，似是震驚，卻什么都沒有說。太子讓朱棣帶宮里的王太醫回去給朱高熾治病，王太醫診治后稱，朱高熾此病可痊愈，但以后不能騎馬習武，體質也比常人要差一些。朱棣埋怨妙云急匆匆帶病兒回京，造成了這樣的局面。妙云反過來質問他，明明說回京師，為什么去的是鳳陽。朱棣不想告訴她，妙云氣在頭上，讓他去別的屋子就寢。
有很多不法官員被錦衣衛查處，朝堂上人人自危，昔日風光百官，鋃鐺入獄。緹騎所至，百官惶惶，太子進言，不能再讓四弟胡來了。朱元璋卻不以為意，知所戒懼，是為善也，心中有一怕，對這些百官沒有壞處。胡惟庸面色沉重地看完一封信后，連夜去拜見老相國。老相國答應幫他，不過他也提醒胡惟庸，自身不正，何以正人，要想論人是非，自己得要是干干凈凈的才行。胡惟庸彎腰行禮，表示謹記，也不知他是否將這話聽了進去。
戶部員外郎黃景擊鼓鳴冤后，自殺于承天門。百官于承天門叩闕鳴冤，而后全部跪在承天門前，燕王命錦衣衛，在門前杖責百官。許多人都是談燕色變，太子痛心疾首，覺得父皇就不應該設這個錦衣衛，他現在都快不認識自己這個弟弟了。徐允恭想說服妙云勸諫朱棣，可妙云卻表示自己要和燕王同進同退。胡惟庸上奏，讓在錦衣衛中當值的諸位大臣家中之人，退出錦衣衛，即便不退，家中也容不下他們了。很快，有不少人被趕出家。
朱亮祖甚至捉拿了兩個錦衣衛，殘忍地杖斃兩人，朱棣得知，命錦衣衛將永嘉侯府圍了個水泄不通。錦衣衛正要動手，太子令到阻止。胡惟庸與永嘉侯等大臣，在奉天殿外跪倒一片，要求朱元璋裁撤錦衣衛。朱元璋忍著怒氣讓人問胡惟庸他們是不是要逼宮，此話十分嚴重。朱允玟和朱雄英打了起來，因為允玟說朱棣的壞話，而雄英歷來和朱棣的感情要好，自然聽不得。朱元璋問朱允玟為什么要說朱棣是酷吏，朱允玟不卑不亢地說，朝廷當與士林百姓共天下，而非與酷吏共天下。
他的話最終讓朱元璋下詔，將朱棣拘禁待勘，鐵鉉也被捉拿議罪，錦衣衛暫歸大都督府管。鐵鉉被施以酷刑，但他誓死不畫押認罪，朱元璋竟然定了他一個絞監侯，賜全尸。他此舉就是把朱棣的退路全都堵死了，胡惟庸摸不透朱元璋的心思。馬皇后到朱元璋那兒大鬧一場，也沒能改變朱元璋的心意，朱棣被貶為庶人，收回燕王寶冊及府邸，妙云攜子歸魏國公府別居。十二皇子等人，都去求朱元璋開恩。
太子希望老丈人能幫鐵鉉和燕王一把，但老丈人不肯，此時若幫，就是為自己樹敵。燕王府內宮馬和送妙云和高熾去魏國公府，看著年幼的兒子，妙云決定去幫朱棣。
天下大雨，妙云冒雨來求見馬皇后，海別去雨中撐傘問她，為了朱棣這么做是否值得。妙云只是說她不是自己，她不懂得。馬皇后走出去一看，兒媳跪在雨中，她覺得心疼極了。終于看到了馬皇后，妙云心神松懈暈倒在地。太醫診治后告訴馬皇后，燕王妃有喜了，但是身體虛弱，而且感染了風寒。馬皇后叮囑他務必照顧好妙云，別看燕王現在沒落，但如若有誰敢怠慢燕王妃，她定饒不了他。
馬皇后將朱元璋叫來，遣退了宮人，她憤怒地拿著一個雞毛撣子打朱元璋。待冷靜下來后，她才把妙云這陣子的經歷說出。朱高熾在北平時生了病，妙云帶著他在北平和京師之間奔波，朱高熾身子骨變弱，以后不能再騎馬習武，現在就連妙云也病倒了。馬皇后很生氣，覺得這是朱元璋的錯，他不顧兒子兒媳和孫子們的死活。宮里，太子的各妃子也都前來和朱元璋求情，希望他開恩，對燕王從輕發落。
妙云醒來后，也一同跪在朱元璋和馬皇后的面前，請求陛下開恩。朱元璋最終下詔，將朱棣押往慧濟寺，讓他聽佛經養性。朱亮祖聽聞，趕緊去找胡惟庸，胡惟庸讓他寫下奏表，讓陛下明正典刑，胡惟庸等人在上面簽名。陛下對燕王這般，胡惟庸看出來他對朱棣到底還是大有不同的。胡惟庸讓手下的官員，今年好好納上一年稅，凡事小心為上。朱棣被帶往惠濟寺，他意外地發現道衍在這里。
道衍此人膽大敢言，而且還敢做，算算時間，往年管稅的官員要到京師了。道衍表示，燕王等的時機要到了。妙云提出替皇后去惠濟寺祈福，馬皇后答應了，朱元璋也應允，不過在去之前，他讓妙云來跟自己見一面。燕王得知妙云來寺中祈福，急匆匆跑去見她，兩人緊緊相擁。涂節的眼線將此事告訴涂節，他便連夜寫了一卷紙張。朱元璋給十二皇子謀了一個新差事，竟是親軍指揮使司指揮副使，也就是錦衣衛指揮副使。他參見太子的時候，太子十分意外，同時又有些生氣。
此時，事情已經漸漸露出端倪，皇帝和朱棣下了一盤很大的棋，就是等那些上京師繳納官糧的官員進入京師。李景隆和徐允恭下令封鎖全城，妙云也知道了事情全部，溫柔地幫朱棣戴好官帽和腰帶。隨后，朱棣下令封鎖全城驛館和客棧，凡事進城繳納官糧的官員，一律緝拿。涂節匆匆跑去胡府，告知此事。胡惟庸沒有亂陣腳，他已經吩咐了眾人今年好好納稅，不會出錯的。誰知涂節告訴他，手下的人沒有按要求做，這次還是帶空印報表來的。胡惟庸震驚，繼而大怒，情緒幾乎癲狂。
涂節如喪家之犬跑出胡府，朱柏隨后帶錦衣衛前來捉拿了胡惟庸。看到這次證據確鑿，涂節臨陣倒戈，向朱棣跪下說要揭發胡惟庸。官員們帶著空印報表上來，為的就是偽造賬目，這次連人帶證據，被抓了個現行。朱元璋讓朱棣和朱標跟自己一起吃飯，注意到他們擠眉弄眼，朱元璋說自己沒給朱柏官印，等這事忙完，就再讓他少摻和錦衣衛的事。朱元璋還讓太子不要埋怨朱棣將此事瞞著他，此事朱棣以退為進，就連朱元璋也沒想到，總算是收獲滿滿。
朱標心事重重，妙云才嫁給朱棣幾年，她都相信朱棣的為人，可自己卻不相信自己一手帶大的弟弟，他不免為此感到慚愧。
朱元璋傳口諭，命朱棣即刻入宮。朱元璋給他看了一本賬冊，這次帶空印表上來的人名都在上面，足足有一千七百多人，朱元璋叫朱棣過來，就是想問問他，該如何處置這些人。朱棣于是表示，對于貪污多的、官級大的，通通殺掉，至于那些脅從的，可以發配軍流。朱標的意見與他不同，朱棣解釋道，這一千七百多人，如若通通殺掉，其家眷也會被發配，大部分可能死在途中，算起來至少是幾萬條人命。
京中留守司來報，他們已經拿下永嘉侯父子，這是朱標下的令，他認為應當要對朝廷軍貴有個震懾。明初，明太祖因官員空印貪墨，大舉蕩滌官場，連坐及軍流者數以萬計，此為明初之：空印案，而胡惟庸則成了君權與相權斗爭的犧牲品。一干淮西公侯去求見韓國公，希望他能為淮西文武公侯多擔待，韓國公沒有見他們，但還是讓呂大人幫忙，去獄中勸胡惟庸“上路”，給淮西文武公侯一條活路。
胡惟庸曾想過老相國會讓誰來勸說自己上路，但他沒想到是呂大人。胡惟庸雖說沒有將來了，但呂大人用身后之名勸動了胡惟庸。呂大人走后，胡惟庸就讓人拿來紙硯筆墨。寫下一紙奏表，同時上交的還有各位王公從胡惟庸那里拿好處的賬冊記錄。朱標看到后震驚不已，看來他把決定權交給了朱元璋，是對各公侯大動干戈，還是就此化了，全看朱元璋。這個胡惟庸非常聰明，朱元璋已經不能再給胡惟庸什么了，他決定賜胡惟庸自盡。
妙云再次暈倒，這個案子牽扯了太多了，總歸是朱棣造成的殺孽，馬皇后叮囑他去惠濟寺祈福。時間很快過去，足月的妙云生產，竟然是難產，不過好在妙云挺了過來，生下了二子朱高熙。此次案子造成了很多官員的空缺，呂大人負責吏部事宜，不得不采取措施廣招士子任官。士子方孝孺攜母進京，成為了禮部祠部主事。他謹奏要寬刑獄廢苛法等舉措，直指當朝三大弊政的一紙上書，徹底引爆了劍拔弩張的朝局，更把原來處在漩渦中的朱棣和錦衣衛，徹底推到了風口浪尖。
戶部亦上書聯署，鐵鉉亦跟隨戶部夏原吉夏大人，寫上自己的名字。官員緊缺，朱元璋不得不讓前朝進士，如今八十二歲的徐輝任戶部尚書。老相國不忍見陛下如此為難，有重新入仕途的想法。張玉告訴朱棣，這次百官上奏，在陛下心中的分量要比上一次高出許多，畢竟這次彈劾錦衣衛的大多數是在空印案和胡逆案中全身而退的官員。朱棣沒把這件事告訴妙云，但過去看生病的朱高熾時，還是看到了那本彈劾奏折。
在妙云的建議下，朱棣打算進宮讓父皇和太子允許他卸下錦衣衛的差事，到北平就藩。方孝孺的父親方克勤在濟寧做過知府，因空印案受牽連而死。他來拿回父親的靈柩，道衍和朱棣說方孝孺的身份。一場空印案，牽扯了太多人，即便是朱棣，也知道如今的大明，這根弦崩得太緊了。