盛庸明白，就算糧道沒有被襲，南軍也無力再戰了。他答應換俘，并送回張玉尸體，以及燕軍部分仍活著的士兵，其中就有張輔。兵敗東昌，朱棣前所未有地情緒低落，朱能跟隨了他近二十年，從未見過他這副模樣。朱棣不吃不喝，妙云過來開導安慰他勝敗乃兵家常事，王保保是天下奇男子，照樣輸掉沈兒裕一戰。如今朝廷兵馬一路截殺，可朱棣仍能全師而還，朝廷已經奈何不了他了，這不是失敗，已經是勝利了。朱棣被她的話說動，終于看開了。近日妙云也頗為勞累，總是犯暈，但她不想讓朱棣因此分心，所以并未告訴他關于自己的病情。朱允炆在朝堂上高興異常，打了這么久，終于打贏了朱棣一次，他毫無君王風度，當著眾臣的面跑出大殿。
朱棣亦知，這一路走來，打了三年，燕軍雖屢戰屢勝，可從未動過朝廷的根本，朱棣已不能再等，這一回，是生是死，全看這最后一戰，他要率軍直取南京。這一回朱棣若是能入南京奉天殿，或許不會容得下黃子澄和齊泰等人，但道衍還是斗膽請他留方孝孺一命，方孝孺乃天下讀書人的楷模，若殺了則令天下讀書人失望。朱棣答應到時候會給方孝孺一條生路，他走或者留，全看他自己的選擇。朱棣率軍自館陶入山東之后，燒掉了過來的橋，意味著他們已無后路。
不遠處就是曲阜，孔孟圣人之地，朱棣下令不可叨擾。此后，燕軍避濟南，繞東昌，一路上避實就虛，齊泰在朝上稟告，認為燕軍此次是想奔京師而來。此時都督平安已和總兵何福，眼下正與燕軍在睢水對峙。齊泰斗膽建議，以魏國公為將，率軍北上，馳援平安與何福。徐允恭終于能重張帥印，可他的作戰法與何福不一致，兩人發生爭吵，只能請陛下圣裁。巧的是，燕軍進軍信號與南軍突圍信號相同，都是三聲號響，所以燕軍進攻時，南軍誤以為是突圍的信號，全軍大亂，自相踐踏，最終全軍覆沒。
朱允炆呆若木雞，以為自己已山窮水盡，齊泰卻說還有長江，他已經讓盛庸盡收長江之船只，朱棣鐵定無法渡河，可他們沒想到有人給朱棣送了船只，朱棣率軍渡江而來。黃子澄和齊泰都建議朱允炆暫避禍，暫退守湖湘，方孝孺的建議與他們截然相反，竟妄圖募兵來守南京。朱允炆沒有逃，下令讓黃子澄和齊泰出京募兵。朱棣兵臨南京城下，沒著急攻城，同時也是留給他們一個是走是留的機會。
南京城里，已經有不少千戶和百戶的手下士兵落荒而逃，徐允恭大怒，身邊的近侍斗膽直言，南京怕是守不住了。谷王朱橞說服李景隆投降，為朱棣打開了南京城的大門。徐允恭已經決定要和朱棣結怨到底，帶著京中留守司的一些將士和文官做困獸之斗。大理寺丞鄒瑾和幾位文官說徐增壽通燕，將他押進宮，崩潰發瘋的朱允炆將徐增壽殺死于殿上。燕王朱棣進南京，吩咐朱能帶人去接管各個衙門，進入宮殿后，朱棣對著一具蓋著白布的尸體演戲大哭，讓旁人都以為這具尸體是朱允炆的。
李景隆主張讓朱棣即登上位，朱棣自然不能讓他人坐實自己反叛罪名，所以一開始并沒答應。朱棣下令捉拿黃子澄和齊泰等奸臣，有舉報緝拿者賞，有包庇者，與奸黨同罪。馬和按照朱棣的要求，秘密挑選十二位中官和一百一十三位錦衣衛，三日后即可上路。朱棣說，無論朱允炆是生是死，他都不想再看見他了。
這次朝廷敗了，歸順官員有二十三人，棄官而逃者有四百六十人，朱棣早就料到會是這樣的結果，他讓朱能三日后請夏原吉過來。朱棣給夏原吉看了前元疆域圖，他有重新經營北線、改土歸流的想法，夏原吉直言，朝廷打仗花費甚多，已經無力再興戰。朱棣了解他的為人，也知道他會跟自己翻賬本，所以他早就想好，讓夏原吉去江南治理水患，并且和他約法三章，在諸業興旺、百姓安康之前，他絕對不興大兵。
夏原吉十分佩服朱棣，決定為他效力，還趁機勸諫他欲成大事，首在人和。翌日，朱棣命人帶方孝孺進宮為自己草擬登基的詔書，可方孝孺不識抬舉，寫下燕王篡逆四個后吐血，朱棣讓人把他帶下去。當看到旨上所寫之字，他十分惱怒，下令明日對齊泰等人及其家眷，明正典刑。公元1402年，明洪武三十五年六月，燕軍破南京城，建文帝朱允炆不知所蹤，作為勝利者的朱棣，以窮治奸黨為名迭興大獄，齊泰、黃子澄、方孝孺、練子寧等建文朝大臣，為朱棣所殺，殉難者眾，情形慘烈，當為壬午年，史稱“壬午殉難”。
奸臣的家眷被充入教坊司，徐妙錦驚詫不已。朱棣抓了鐵鉉，但對他并無責怪，反倒是希望他能來幫自己。然而鐵鉉已非當初的鐵鉉，朱元璋賜字后，他就名為鐵鼎石，行事作風和處事態度，已經和朱棣天差地別。鐵鉉效忠于興宗皇帝（朱標），如果他要登基，那么絕不能再留興宗皇帝的名號，而忠臣不能侍二主，鐵鉉不愿與朱棣同路了。朱棣本想留他一命，發配海南，可鐵鉉已經一心求死，朱棣如了他的意，下令將他斬殺。匆匆趕來的道衍，到底還是晚了一步。
朱棣準備懲治第二批逆臣，徐允恭的名字在列，朱棣沒有打算要殺他，但決定將他幽禁府中，閉門思過。徐妙云已經失去了一個弟弟，朱棣還要這樣對徐允恭，她崩潰大哭，朱棣承諾會善待增壽的兒子。朱棣將自己的年號定為永樂，次日準備即位，翰林編修楊子榮提醒他先去謁陵，朱棣這才記起來，讓人轉身去陵墓，拜完之后又去了東陵，抱著朱標的牌位大哭。七月，朱棣在南京繼皇帝位，是為大明永樂皇帝，由此開啟了煊赫一時的“永樂盛世”。
十二萬軍民，十月辛勞，在夏原吉的帶領下終于治好水患。朱棣下旨疏水所經縣，蠲免永樂二三年的賦稅。朱棣即位兩年多，雖有求治太速之嫌，但經營海外、創設內閣、昌明文教、削除諸藩，大明已經是蒸蒸日上之勢。京中也已經在造寶船，后來夏原吉問起學生楊子榮此事，楊子榮表示朱棣想大有為。夏原吉轉移了話題，談到陛下讓楊子榮改名的事。夏原吉回京，碰上朱棣要和內閣議事，沒能見他。看到榮國公來了武英殿，夏原吉猜到他們要商討漠北之事。
伯顏帖木兒不滿現在的大汗，他從烏蘭圖雅和海別口中得知，昭宗皇帝嫡孫本雅失里在哈烈，他是正宗的世祖皇帝血胤，伯顏當即下令讓人去哈烈尋找本雅失里。楊子榮諫言，此時不應興大兵，朱棣聽從他的建議，轉而下旨讓都司屯田儲積、操兵養馬，以備不時之需。另著使者前往和林，告知韃靼大汗，若知禮儀互通好，定當視為一家，天下同好，但對方從未回復過一個字。朱棣讓解春雨寫的書應編得差不多，但多有一些悖逆之言，他建議刪掉。朱棣卻讓他一字不刪地留下，他和妙云等不及要看。
夏原吉替上海生員葉宗行向朱棣獻治水的長久之策，朱棣龍顏大悅，晉升葉宗行為錢塘知縣。他沒讓吏部查勘葉宗行，全因為夏原吉信得過葉宗行，朱棣也信得過夏原吉。夏原吉還有疑惑讓朱棣解答，朱棣似乎知道他想問什么，讓他陪自己用了午膳再說。夏原吉已經知道龍江船廠造船的事情，朱棣自認為那是造船，不是興大工。他想把江南和陜西的平民一并遷到北平和山東，只要他們把地開出來，?他還可以效仿太祖舊例，永不起科。這是利國利民的盛舉，夏原吉代兩地謝朱棣隆恩。
為充國庫，朱棣廣屯種，裁冗食，皆經國之道，但要緩解國家財計，單單靠這兩條，是遠遠不夠的。朱棣讓他繼續說下去，夏原吉補充，平賦役、嚴鹽法、錢鈔之禁、清倉場等數策可用，朱棣很高興，讓他列個奏本給他。解春雨從新科進士里挑選了二十八人出來，進翰林院讀書，可他們連捕蛇者說都背不出來，朱棣十分生氣，發配他們去戍邊。事后解春雨問夏原吉，剛才朱棣雷霆作色之時，為何他一言不發。夏原吉認為，不知稼穡之難，不懂民間之苦，讓他們去戍邊吃吃苦也好。
妙云問起這二十八進士的事，朱棣一一同她說明，倒也有幾分道理。不久之后，朱棣賜道濟還俗，并賜名廣孝，沒想到道衍竟然跑了。大師的姐姐把道衍攆了出來，朱棣讓馬和將道衍請來這兒。道衍諫言，太祖二十六子，為由懿文太子朱標可比朱棣，但這大明朝未必經得起三代雄主的折騰，所以繼承朱棣位置的人，必須是心甘情愿承認自己不如朱棣，這樣才能罷兵休武，讓大明朝休養生息。道衍所言不無道理，最終朱棣定朱高熾為太子。
朱棣賜名馬和一個鄭字，選他當出海的正使，要海外諸國，誠心實意地來交好，并不許他擅動刀兵。同時朱棣交代鄭和繼續暗中查訪朱允炆下落，還讓他在海外遍尋名醫來大明朝為皇后診治身體。而那二十八名進士已經回到京師，他們已知朱棣的用意，朱棣便賜教，允許他們重新回翰林院讀書，只有讀好書，才能當好官，做好人。永樂三年到宣德八年，鄭和下西洋，進行了中國古代規模最大、船只和海員最多，時間最久的海上航行。朱棣試圖通過派遣鄭和下西洋的舉措和外交模式，達到以不動兵戈方式實現威服眾邦的美好愿望。
妙云的身體每況愈下，還沒到散朝的時候，朱棣就跑來關切慰問。今天日頭好，朱棣陪她出去走走，聊起了以前的事情。