朱允炆這個做法，讓朱棣感到氣憤，卻又沒有任何辦法，只得叮囑三個兒子替自己入京吊孝，可他的話里分明不同意。明眼人都看得出來，朱允炆這是想以燕王的三個兒子為質，約束燕王的行為。燕王同道衍大師談話，近日朱允炆已經讓黃子澄和齊泰同參國事，雖然沒有明說要設立丞相，可朱棣認為他這是巧立名目，改弦更張，可父皇薨逝不過一個月，朱允炆就敢這么做。另，朱允炆的年號已經定下，名為建文。開國皇帝為武帝，繼者為文，這本無可厚非，可朱棣是個武人。
道衍差人抄了先帝的遺詔，根據遺詔上所說，現在朱棣能節制安排的兵馬，恐怕只有護衛王府的三衛兵馬了。朱棣才剛剛失去父皇，根本無暇看遺詔，更不知道還有這回事。道衍不得不提醒他，新帝登基要推行新政，首先要集中事權，那么第一個要對付的就是像朱棣這些德高望重的宗王。看到朱棣身陷悲痛，道衍一時情急，對他沒有了該有的禮節，這倒是讓朱棣清醒。很快，建文帝朱允炆叫來大臣商討該如何削藩，該什么時候削藩。徐允恭想說服他不削藩，可他話還沒說完，就被朱允炆打斷了。
燕世子及其兩個郡王都在京師，朱允炆不怕朱棣，因此先從五叔周王下手，他把這個棘手的差事交給了李景隆。周王被抓后，朱棣寫了一封奏表，不偏不倚，道衍大師說這封奏表極好，日后朝廷如果繼續削藩，只能先削那些時有不法的宗王，如果要對朱棣削藩，那天下都可看到朱棣的冤屈了。馬和進來稟告朱棣，他在花園外看到了葛長史，朱棣略微一想，便讓馬和把這封奏表交給葛長史，然后讓葛長史將奏表帶回京師。聽完朱棣的奏表，鐵鉉臉色凝重，夏原吉亦看透了，燕王此后必不會自安的。
不久之后，建文帝連削四王。道衍再次提醒朱棣，這四位親王曾有不法事，因此從建文帝的角度來看，他做得沒錯。接下來，朱允炆要動的是湘王朱柏，盛庸負責此事。可當他趕到湘王府，卻看到府上火光一片，湘王朱柏攜其王妃，自焚而死。朱允炆這才意識到事情的嚴重性，可方孝孺還讓他繼續議湘王的罪，畢竟朝廷的體面要緊。朱允炆自小與湘王朱柏一起長大，不可謂沒有感情，因此湘王死了，他亦非常痛苦，可這也是他一手造成的。
朱棣聽到此噩耗，又看到朝廷給湘王惡謚，竟悲至吐血，不久后生病發瘋。鐵鉉有本啟奏，為湘王和燕王鳴不平，夏原吉等官員跟著附議。下朝后，朱允炆立刻下旨將鐵鉉和盛庸貶離朝廷。王府養起了鵝，對外理由充分，實則是借鵝叫聲掩蓋地下密室的打鐵聲。朝廷張昺張大人來看朱棣，實際上是試探其是否真的裝瘋賣傻。燕王妃則將朱棣的脈案和幾位郎中的住處都告訴這幾位大人，并讓他們代呈朝廷，望陛下準允朱棣的三個兒子回來看看他們的父親。
山東是北平南下的必經之地，所以鐵鉉選擇在山東任職。夏原吉聽懂了鐵鉉的意思，他說朝廷怕是用不到鐵鉉了，因為陛下近日在大量調撥軍資，他已經先下手為強了。朱允炆已經準允燕世子攜其兄弟回北平，他還故作關心狀叮囑他們回去好好照顧朱棣。朱棣的二兒子朱高煦偷了徐允恭的馬，拋兄棄弟獨自回了北平。不久后，海別和烏蘭圖雅也離開了京師，身后是依依不舍的朱允炆。妙錦和徐增壽送燕世子等人上馬，目送他們離開。
斥候傳回消息給北平，后軍都督府都督僉事耿瓛，是長興侯的三子，率步騎三萬，已進駐山海關。朱棣看得清清楚楚，長興侯的長子娶了朱允炆的親姐姐，所以在朱允炆的眼中，這才是自己人，朝廷圍在北平外的軍力已有九萬余眾。本以為朱棣手里還有燕山三衛的一萬六千兵馬，但張武進來告訴他，都司那邊剛得到消息，朝廷已下令調燕山三衛赴開平統歸宋忠節制，另調兩衛邊軍接管北平城防。不僅如此，陳亨也轉任大寧行都司都指揮使。
朱棣得知朱高煦回來的消息，便詢問朱高熾和朱高燧是否回來。對于拋兄棄弟，單獨回北平的朱高煦，妙云恨鐵不成鋼，生氣地鞭打他，后被朱棣阻止。隨后，朱高熾和朱高燧也回來了，令人意外的是，隨同他們回來的還有海別。海別同朱棣說了一些話，都是關于先帝臨終前所說的話，朱棣相信她所說的是真的，他也有信心能守好北平。朱允炆下令，捉拿道衍及其燕王府一干不法官員，張大人和謝大人隨同軍隊一起前行。
朱棣以天子之叔，卻不能保旦夕之命，被逼到如此地步，還有什么不可為，朱棣欲策反張謝，可兩人不愿意，最后被朱棣斬首。其余的軍士，忌憚朱棣，結果追隨了他。文人不識趣，這些武人倒更識相一些。公元1399年，明建文元年七月，朱棣以八百親衛在北平起事，北平守軍倒戈相從，靖難之役爆發。朱棣起兵，事出有因，因此追隨他的軍士眾多，他的理由亦非常充分。朱允炆十分生氣，方孝孺卻賀他，聲稱燕王朱棣已經自絕于先帝和天下，陛下可無憂矣。
宋忠騙手底下的燕山三衛說朱棣已經殺害了他們的家人，因此起兵后，燕山三衛無人來投。朱棣勝券在握，根本不擔心。次日，燕山三衛的諸多家人眷屬隨同朱棣一起前去，呼喊燕山三衛開城門投降。剎那間，宋忠就被殺了，燕山三衛倒向朱棣。朱允炆宣曹國公李景隆覲見，李景隆卻建議陛下召魏國公徐允恭入宮覲見。徐允恭提到了寧王朵顏三衛，同時表示自己愿意為陛下分憂，前往寧王處接管寧王兵馬，可朱允炆仍然防著他，所以沒答應。
朱允炆在朝上下旨后，提醒長興侯勿讓自己擔上殺叔之名，皇太后呂氏為此不滿，覺得兒子這是婦人之仁，朱允炆不以為意。而朱棣聽聞此事，嘲諷自己竟然不知道還有如此孝順的侄兒，寧王朱權分給陳亨的兵馬不多，朵顏三衛亦不在其列，理由是附近有元人騎兵出沒，不可派出去太多軍衛。朝廷的二十萬兵馬在真定和松亭關止步不前，朱權也敢首鼠兩端，朱允炆不免擔心，屆時會有別的藩王對朝廷生出輕視之心。
如果諸藩合流，朱允炆自知這個皇帝便無法自處了，所以這一仗無論如何都要打，他擬諭旨給長興侯，令他務必持重用兵。朱棣手法詭譎，在對付雄縣和莫州時，不費一兵一卒，便把這兩處兵馬全部端了。張武和張玉的兒子張輔在此戰中，功不可沒。長興侯耿炳文得知此事，大發雷霆，他下令將這些失責的將領拉下去等候朝廷發落。此戰，長興侯已然盡失先機，他下令讓顧成率軍回師真定，三日后在城外合營。
朱棣允許耿炳文和顧成兩部軍馬合營，張玉不解。朱棣解釋說，耿炳文素來用兵謹慎，他若是守真定，他肯定會在城外下寨，到時候哪些兵該進城，哪些兵留在城外，則是一個學問。朱棣之所以無視他們合營，是想讓耿炳文覺得他見好就收，不敢輕舉妄動，然后耿炳文就敢把全部大軍都留在真定城外。耿炳文所部本就是各地抽調軍馬，不相統屬，朱棣利用這一點，適時出兵，此戰可定。
長興侯剛下達好命令，就聽到外邊一陣喧嘩，有人偷襲大營，眼見場面難以控制，在屬下掩護下，耿炳文跑掉了，可老將軍顧成被抓。朱棣并未為難他，相反，對他尊敬有加，命人趕緊給他松綁，送下去休息。耿炳文打算死守真定，朱棣了解他守城的功夫頗深，當機立斷班師回營，不再耗時在真定城。朱棣明白，此后朝廷必舉全力興戰，而燕軍軍士加起來也才十萬，打是打不過的，朱棣下令讓張玉統率大軍返回北平，同時帶回顧成，叮囑燕王妃好生照顧顧老將軍。
看到燕王妃對自己禮遇有加，顧成終于動搖，倒向了燕王這一邊。朝廷這邊，方孝孺建議對逆徒嚴加懲治，治顧成之罪。很快，朱允炆在朝上下旨，捕拿顧成等人，旨到之日，就地斬殺。至于長興侯耿炳文，等選定另外大將軍后，回京聽勘。朱棣帶了張玉之子張輔去見陳亨老將軍，陳亨不便出行，讓鄭亨代替自己與朱棣見面。鄭亨告訴朱棣，顧成老先生的四子皆被陛下斬首，而陳亨已經決定誓死追隨燕王。
鄭亨代為轉告朱棣，陳亨說此時不宜去找寧王，自興兵以來，寧王持觀望態度，若朱棣貿然找上門去，寧王可能會對他不利。但大寧是一定要去的，只是不是現在，等朝廷大兵來襲之日，就是朱棣進軍寧王大軍之時。道衍建議朱棣讓妙云寫封信給徐允恭，朱棣知道妙云會為難，卻不知她早就寫好了信，只希望朱棣到時候留徐允恭一命。朱棣問她為何確信自己會贏，妙云信誓旦旦地說，自父皇和先太子之后，便無人再是朱棣的對手了。
妙云的離間計生效，妙錦也不著痕跡地將特地剪開的信給了宮里太監，朱允炆于是看到了妙云寫給徐允恭的信，齊泰諫言，不可派魏國公去討伐燕王。而這個大將軍的人選，自然落到了李景隆的頭上。李景隆將大軍停在了河間府，徐允恭立刻進宮，向朱允炆提進軍建議。他所提議的用兵法，聽起來不錯，終是說服了朱允炆，朱允炆立即下旨傳給河間府的李景隆，讓他即刻出發前往北平。