如今陳潢、靳輔二人的榮寵之盛，滿朝文武官員無人可比，全都仰仗他們治理黃河有度，近些年來沒有出過差池。所以伊桑阿想要憑借這件事情扳倒靳輔，純屬是不自量力，就連索額圖貴為百官之首又是皇親國戚，平日里也都謹言慎行。
但是索額圖堅信靳輔的盛寵并非長久，何況他整天面對著天災人禍的爛攤子，遲早會惹火上身，勸說伊桑阿坐等良機。一番話說盡，伊桑阿茅塞頓開，出言恭維索額圖足智多謀。
正當索額圖傳授自己增長見聞的經驗，忽聞圣旨將至，興致沖沖地出門迎接。原本以為是恩旨賞賜，怎知康熙居然責備索額圖妄言失檢，褫奪其保和殿大學士之職。等到傳旨官員離開后，索額圖才算是后知后覺，忍不住感慨皇帝計謀之深。
此時康熙陪同孝莊皇太后前往五臺山為黃河沿岸百姓祈福，豈料途中遭遇暴雨導致人仰馬翻，盡管康熙帶著大家克服重重困難抵達五臺山廟里，可他看著門外雷雨陣陣侵襲，面色凝重。
今年秋汛將至，康熙沒有十足信心能夠渡過難關，雖然高士奇相信靳輔和陳潢，同樣也不敢貿然篤定。事實上，陳潢早已想好對策，那便是炸毀老壩，舍大保小，通知桃源縣全體百姓遷居。
然而炸毀老壩意味著任由洪水淹沒桃源縣，于振甲身為桃源縣人，自然是不肯同意。陳潢耐心解釋王登選修建的大壩外強中空，難以抵擋洪水沖擊，若是熬過今年汛期，待到明年開春就能起到關鍵作用，如果洪水沖毀減水壩，恐怕將要禍及三省百姓。
可偏偏于振甲就是犟驢脾氣，完全不聽勸告，逼得陳潢揚言要告知靳輔下達命令。于振甲完全無懼官威，還要帶著百姓加固堤壩，反過來指責陳潢等人治河五年毫無起色，每逢汛期都要往桃源縣泄洪，令他徹底無法忍受。
之后于振甲帶領桃源縣全體百姓跪在河督府門外請命，靳輔好言相勸無果，繼而搬出王命旗牌。此物猶如圣令不可違抗，于振甲失魂落魄走到門口向大家告知結果，眾人聞言哭得撕心裂肺，哀號聲不絕于耳。
隨著降雨量越來越多，各地水位逐步上升，接二連三遭遇洪災。靳輔派人通知陳潢疏散百姓，準備往桃源縣泄洪。但是于振甲沒有選擇離開，繼而帶著自愿留下的男丁守著河道，眼看快要天亮，由于遲遲沒有泄洪的緣故，最終引來黃龍過境。
眾人見狀驚慌四散，陳潢怒急攻心昏倒在地，靳輔亦是如此。也正因于振甲的愚昧無知，徹底連累桃源縣乃至周邊三省百姓，洪水猶如猛獸吞噬數以萬計生命，無論貧賤富貴皆不能逃此劫難，處處可見餓殍滿道，食人骨肉，堪比人間煉獄。
朝堂之上，太監總管宣讀受災地區的情況，在場大臣乃至康熙聽聞無不落淚。當晚明珠來找高士奇，感嘆靳輔和陳潢治理水患失職，想必明日早朝會鬧得血雨腥風，但是他和索額圖為漕運爭奪多年，絕不可在關鍵時刻功虧一簣，想盡辦法保住他們二人。
所以明珠叮囑高士奇要跟自己互相配合好，唯有保住靳輔、陳潢才能保住彼此的身家性命，更是保住皇帝。反觀索額圖連夜召集心腹大臣們，共同商議關于聲討靳輔的事宜，務必要找到合適人選取代他和陳潢。
黃河崩堤，殃及三省，也正因于振甲的緣故，造成眾多百姓傷亡。可偏偏索額圖避之不提罪魁禍首，非要在這件事上聯名扳倒靳輔陳潢，唯有靳輔下臺才能讓出河道總督的肥差，繼而通知眾臣屆時看眼色行事。
自從決堤之后，陳潢接連三日高燒不退，躺在床上渾渾噩噩，反復念叨著蕭家渡。靳輔召集河道官員們，再三強調自己會承擔此次責任，無論何人接任河道總督，務必要都繼續開展工程。
當晚康熙看著天下長河沙盤圖，思忖明日如何應付那些亂臣賊子，又該如何保住靳輔。反觀靳輔探望完陳潢，回到家里安慰夫人，若是圣上降旨遣送他流放烏里雅蘇臺，至少他們夫妻還能和兒子團聚，果然瓜爾佳氏破涕而笑。
次日早朝暗流涌動，臣子們還未發言，高士奇和伊桑阿已是爭執不休，索額圖附議靳輔治理黃河失職，導致萬千百姓流離失所，不殺不足以正朝威平民憤。正當明珠準備要開口回擊，豈料眾臣紛紛跪在地上，異口同聲奏請康熙下令處斬。
康熙表示金科玉律不殺無罪之人，所謂靳輔之罪全是臆斷之詞，索額圖聞言召來候補布政使崔維雅，由他親自呈上狀告靳輔的二十四條大罪。此人曾是河道總督，略懂河務，后來被彈劾受賄撤職，可見其人品劣跡斑斑，不值得信服。
未等崔維雅說完二十四條罪行，康熙先行宣布退朝，之后連夜批閱彈劾靳輔的奏章，為此心力交瘁。索額圖又來向康熙建議治罪靳輔，明珠緊隨其后，與他在康熙面前吵了起來，到最后高士奇出謀劃策，建議委派欽差調查實情。
最終康熙任命伊桑阿前往河道勘驗，隨行之人里還有崔維雅和宋之明，崔維雅獻給康熙一本治河方略，聲稱乃是自己多年心血著作而成。康熙懶得翻閱，命令崔維雅帶著彈劾奏折和著作，合同靳輔陳潢二人商議，以濟河工。
離開皇宮后，明珠斥責高士奇不該支持崔維雅隨行，顯然這些人此行目的必定會給河督府鬧翻天。然而高士奇心里自有注意，倘若一味和索額圖爭口舌之快，毫無任何用處，既然崔維雅是索額圖的心腹，他若是去河道勘驗肯定不敢胡作非為。
于振甲繼續坐在家里三省吾身，唯獨這次黑白雙子都沒有落進碗里，全因他一念之差，利民又禍民。官差突然上門將他帶走，奉命送至京師問罪，于振甲沒有反抗，并且還向母親道別。
桃源縣老百姓攔住去路，險些和官差發生沖突，直到于振甲奪過火槍喝令百姓讓道，這才徹底震懾住他們。于母匆忙趕來叮囑兒子，希望他切記做人不忘初心，只要對得起自己就好。
伊桑阿來到河督府亮明欽差身份，親自帶人前往河道勘驗，果斷拒絕靳輔隨行。陳潢躺在床上悶悶不樂，生氣他不該婦人之仁，靳輔也承認自己在這件事情存在過錯，如果當初阻止于振甲就不會落到現在的地步。
但是靳輔覺得崔維雅的奏折沒有任何高明之處，提醒陳潢抓緊時間看看內容，保不齊待會就要有一場交鋒。正如靳輔所料，崔維雅意欲當眾刁難，而他立馬召集所有河道官員，展開雙方的治河理念。
雖然崔維雅當官多年，可是對于治水也是一知半解，書里的內容在外行看來比較高深，但凡懂得治水的官員都能挑出諸多問題。陳潢見招拆招，接連指出書里的嚴重錯誤，嘲諷他著書不夠嚴謹，實乃欺君之罪。
崔維雅覺得面子掛不住，硬著頭皮和陳潢理論，豈料陳潢有理有據，甚至還將他的二十四條大罪貶得體無完膚，惹得在場人哄然大笑。崔維雅惱羞成怒，情急之下口不擇言，到最后就連伊桑阿都保不住他。
索額圖的如意算盤落空，完全沒有料到崔維雅居然是這等庸才，如今康熙看過會議記錄，急招靳輔和陳潢進京，此時若不扳倒二人，恐怕之后為時已晚。伊桑阿覺得機會還能再等，當務之急應該拉攏些懂點河務的臣子，著重培養勢力必然會讓皇帝忌憚，索額圖思來想去，答應讓崔維雅去廣西接任布政使。
伊桑阿依舊是添油加醋地匯報著河道勘查結果，建議將靳輔、陳潢以及下河道眾官員從重治罪，罰沒家產，賠修工程。康熙完全沒有聽進去，三言兩語打發伊桑阿，并且在崔維雅的著作上標注失望二字，明珠見狀偷笑。
待早朝結束，于振甲跪在門外請奏面圣，遲遲未得回應，居然直接闖入大殿。康熙倒也沒有因此大發雷霆，而是斥責他自以為冒死護堤乃是英勇之舉，實則是在乎自己的名聲，根本不管百姓死活。
可惜于振甲固執己見，絲毫意識不到自己的過錯，此刻索額圖奏報瘟疫蔓延山東和安徽，朝野內外沒有人愿意運送藥品糧食。于振甲聞言毛遂自薦，并且在康熙和索額圖交談時，屢屢插話，康熙為之不滿，喝令他滾出去。
于振甲離開時遺落鞋底子，光著腳走回住處，當晚索額圖奉命來給他送長靴。然而等到次日，于振甲居然直接將靴子退還給康熙，表示自己身份不配擁有這么好的靴子，若是得此物必然會野心膨脹，妄想著升官加爵。
數日后，圣旨傳至河督府，召靳輔入宮與合議賠修，選拔隨行官員。靳輔知道陳潢心性，不愿讓他牽連其中，但是陳潢質疑要跟他前往，尤其聽聞圣意是讓自己掏錢修建大壩，直言還不如在京城里坐牢。
如今京師城外全都是三省乞討難民，康熙帶著于振甲便裝來此，無非是希望他能明白所為清官，并非是指清廉，更多還要斷食清明公正。僅憑現在于振甲的所作所為，完全配不上清官，當他看著難民大娘的處境，忍不住難過落淚。
靳輔入宮面圣，看到站在旁邊的于振甲，表示自己千錯萬錯，最大的錯便是沒能砍下他的狗頭。此話一出，于振甲大怒指責靳輔治河失職，二人針鋒相對倒是沖散康熙想要敘舊的傷感情緒。
也正因于振甲還在執迷不悟，康熙宣布升任他為四品道合銜，御賜尚方寶劍，統領三省救災事宜，遇到貪官污吏都可以先斬后奏。康熙此舉明升暗降，實則借他之手懲治害群之馬，順便看清自己犯下的過錯。
可對于靳輔，康熙始終信賴有加，甚至還質問他為何遲遲沒有遞來自辯的奏報，顯然是不相信自己能夠保他無恙。這次黃河決堤，康熙認為靳輔罪不至死，唯獨是過于急進，顯然忘記治河乃至長久大業。靳輔明白康熙的用心良苦，為之感動不已，君臣之間誤會解開，冰釋前嫌。
明珠和高士奇商議對策時，沒想到康熙突然登門，嚇得明珠趕忙躲進屏風后面。康熙注意到桌案上的茶杯，不動聲色提及靳輔的處理結果，吩咐高士奇領銜呈上奏報，擬旨寫明合適的理由，可以讓靳輔、陳潢二人戴罪回去繼續修補蕭家渡。
等到康熙離開之后，高士奇來到屏風處，發現明珠坐在椅子上發愣，緊接長舒一口氣，表示他們已經渡過這道坎，保住了頭頂的烏紗帽。而在另一邊，于振甲大張旗鼓地回到桃源縣，在百姓們的簇擁下，回家拜見母親。