康熙十五年間，時逢暴雨，黃河水患泛濫，毀堤淹田，先后共有數十處河口潰決，已然危及到洪澤湖。倘若任由水勢一路而下，里下河七洲縣成為澤國不說，還會導致糧草斷送，六十萬將士難守邊疆。
也正因河道久治不善，康熙勃然大怒，吏部監官明珠急忙進宮面圣，保和殿大學士索額圖緊隨其后。二人乃是入關肱股之臣，亦是圓滑世故的人精，深諳皇帝心結所在，召集馬匹車行，漕運改為陸運，確保能夠平安抵達前方。
果然康熙聞言稍安，傳旨各省河道衙門以及巡撫總督，遣送軍民修筑大壩，就算短期內無法徹底解決問題，也要盡量補偏救弊。如此一來，黃河總督王光裕責任重大，康熙命令他務必守住河道，潰決者，依照失城罪論處。
此刻洪水猶如猛獸襲擊河工，場面極其混亂，眾人爭相逃竄。安徽巡撫靳輔奉旨巡查，率領官兵參與到護岸隊伍。康熙跪拜太廟懇請列祖列宗保佑，唯有黎民百姓安寧，江山方能永固，大清基業不會毀于一旦。
只可惜天災來勢洶洶，河工們搶險堵口如同蜉蝣撼樹，遇難人數猛增，生前沒有餉銀，死后又無安家費，親眷鬧得不可開交。反觀王光裕躲著不肯露面，貪得肚滿腸肥居然堅稱沒錢，總想著寫奏折上報朝廷討賞。
雖然黃河河道暫且保住，但是汛期還未結束，朝廷大臣紛紛請命前往黃河效力，眾人搶著出風頭，說得比唱的還好聽。事實上，朝廷每年給河工撥款，為的是養兵千日用兵一時，可在關鍵時刻，王光裕這個老兵想要臨陣脫逃。
索額圖正要寫信給王光裕，管家知曉此人并不忠心，主動為其獻計。靳輔安撫遇難河工親眷，號召大家留下堅守河道，如若河道潰決，必會禍及無辜，他愿以身作則，只有解決水患才能告慰犧牲河工的在天之靈。
王家師爺親自來見靳輔，表示黃河遲早守不住，建議他盡快撤離，順便在圣上面前為王光裕美言幾句。然而靳輔果斷回絕，吩咐工頭郭河叔將師爺送來的人參燉湯給大家補身體，又讓師爺回去通知王光裕趕緊送餉銀，否則后果嚴重。
黃河洪水再次裹挾大量泥沙涌來，如此反復護堤總歸不是長久計策，靳輔當即決定炸堤泄洪。兒子靳治豫身先士卒帶領勇士前往，緊接對面傳來巨響，黃龍過境保住河岸，靳輔看著他們的身影消失在漫漫長河之中，忍不住落下欣慰又悲痛的淚水。
如今前線打仗勝負難料，后方鬧災民心動蕩，正值內外交困，康熙為此日夜憂心。孝莊皇太后想到昭妃娘家世受國恩，遏必隆又是從龍入關的重臣，所以建議康熙應當冊封皇后，畢竟穩固朝野需得依仗老旗主的支持。
康熙沒有聽從孝莊皇太后的安排，找個借口先行離開，召見明珠入宮，逼問關于王光裕的品行操守。朝臣之間關系盤根錯節，利益共存大于同僚之情，明珠自然也不例外，他早在面圣之前就想好對策，膽戰心驚應付過去。
正所謂謀事在人成事在天，康熙沒有過多追究王光裕，殊不知天高皇帝遠，王光裕仗著自己的身份橫行無忌，全然一副土皇帝的做派。這天王光裕帶領官兵浩浩蕩蕩來到黃河道，河工們滿是喜悅地聚集成圈，里三層外三層，王光?？此剖莵硭宛A銀，實則是來問罪。
正因黃河水患危急，靳輔還未上報朝廷，直接炸毀河堤，正中王光裕下懷。趁此之際，王光裕亮出王命旗牌和尚方寶劍，直接給靳輔按上莫須有的罪名，意欲先斬后奏。在場眾人怒不可遏，群而圍攻王光裕的馬車隊伍，結果發現箱子里空空如也，根本沒有餉銀。
此時洪峰沖破沿岸，數以千萬計百姓遭受滅頂之災，家園盡毀，傷亡慘重。靳輔生死未卜，反倒是王光裕貪墨無能導致黃河大決，這等罪魁禍首居然死里逃生，還向朝廷污蔑靳輔吞占河工安家銀兩，中飽私囊。
康熙信以為真，下令生要見人死要見尸，必須依法給靳輔治罪。索額圖上奏監斬王光裕，明珠建議當務之急應當開倉賑濟，何況六省糧食緊缺，防止災民驚擾京師?？滴跛尖馄?，決定讓王光裕戴罪辦事，伺機修復河堤，等汛期過后問責。
靳治豫劃著木筏營救災民，雖然遇到郭河叔，卻還是沒有父親的下落。大量浮尸入目，場面慘不忍睹，男童哭聲幽幽傳來，正當靳治豫循聲趕往，近在咫尺，怎知房屋塌毀，眼睜睜看著男童沉入水底，無力癱坐痛哭。
如今七洲縣官員集體彈劾王光裕，若是康熙繼續視若罔聞恐怕難以服眾，明珠和索額圖低頭合計，索性在康熙面前唱一出紅白臉，阻止康熙深入追查牽連自身?？僧斂滴鯗蕚湟纪豕庠Ｗ镄?，明珠又急忙提醒康熙三思，以免落下殺人有方、治河無力的名聲。
一語道破眼下形勢，康熙暫且擱置定罪王光裕，便讓明珠陪自己上演周瑜打黃蓋，演給朝中大臣看，還給他照葫蘆畫大餅。遂于同年十月，康熙派遣工部尚書冀如錫、戶部侍郎伊桑阿巡視調查，朝政清才能黃河清，王光裕不是主要之人，關鍵在于他背后的蛀蟲。
因為河工經費浩繁，迄無成效，百姓皆受其困，伊桑阿和冀如錫抵達河督府后，顧不得休整直接勘詳工事。王光裕唯恐暴露馬腳，全程遮掩回避問題，干擾他們調查進展。當天晚上，王光裕給兩位大人安排菜宴接風洗塵，百姓疾苦流離失所，他作為父母官居然吃得這么豐富，自然是引起伊桑阿的注意。
伊桑阿故意提及河堤銀兩用度，負責駱馬湖的官員支支吾吾，回答問題漏洞百出，王光裕為阻止他繼續說漏嘴，佯裝震怒將他撤職。也正因如此，官員索性破罐子破摔，當場公開王光裕近些年來的貪腐之舉。
王光裕自知罪行坐實，想要向伊桑阿行賄，懇求他能幫忙隱瞞。伊桑阿表態明天再議，實則是趁著王光裕放松警惕，連夜和冀如錫回京奏明情況，證實河道總督王光裕提報虛假，以致河工潰壞。
也正因康熙決定擴大范圍察審，此事沒有轉機，索額圖先下手為強，派人通知王光裕自行了斷，方可保全家三族安然無恙。王光裕知曉這份保障是三分真七分偽，所以將重要賬本交給小女柔兒保管，叮囑她絕不能讓任何人看到，賬本關乎身家性命。
隨著河督府失火，王光裕畏罪服毒，康熙明白幕后主謀顯然是急不可耐，他和明珠的君臣戲碼也該正式上演。索額圖當真以為康熙遷怒明珠，心里很是得意，繼而提交一份新任河督的名單，已然落入康熙設下的圈套。
江寧知府于振甲巡河途中發現靳輔，瞧著他一息尚存，生命無礙，繼而上報朝廷，奉詔遞解進京。明相師爺匆忙趕來，自稱是依家主之命護送靳輔，恭恭敬敬的諂媚相引起于振甲內心不滿，義正辭嚴回懟師爺。
臨行前一夜，于振甲遭母親責備，獨坐房間反思自身，一念靳輔年邁頗為同情，不該有此婦人之仁，枉顧靳輔貪贓壞法的事實；二則聽聞圣意命他遞解靳輔入京，心中竟有竊喜，居然產生無恥的升遷之念；三是拒絕母親送給自己的雞蛋，欺心瞞騙之舉，當真是禽獸不如。
三省吾身過后，于振甲低頭細瞧，黑石子多于白石子，看來他距離圣人等同天地懸殊。正因這般失落，于振甲前往牢房探望靳輔，意外撞見師爺勸說靳輔寫下供詞，明珠愿在圣上面前替他洗罪。
靳輔自認對得起古往圣賢，家國法度，所以無處落筆。于振甲心生疑惑不吐不快，好奇靳輔身為巡撫威風八面，偏要請纓治理黃河，落得如斯田地。然而靳輔實言回應，并未取信于振甲，累累罪行成為他留給眾人的印象。
趕赴京師路上，靳輔認真研讀治河文章，連連感嘆妙極，奈何作者陳天一默默無聞，也不知是古圣留下的遺作，抑或隱士高人親筆著寫。于振甲嘲諷靳輔枉讀圣賢書，圣意難測還想著治理黃河，雖然他和靳輔觀念分歧較大，好在都是為國為民。
途徑黃河道口處，靳輔發現尋死之人，正要出手阻攔，一名男子突然冒出水面，輕而易舉將其救回岸上。此人不懼水險自稱河伯轉世，說完轉身離去，于振甲連連咋舌真是瘋子，唯獨靳輔心生敬佩，對他有所改觀。
入住云梯客棧再次偶遇男子，交談過后才知他正是治河文章的原作者陳潢，因為母親在河里生了他，從而取之易經里的天一生水，化名為陳天一。靳輔贊嘆陳潢才華，想要將這本書呈現給圣上，希望陳潢能為黃河效力，盡展所長，怎知陳潢委婉拒絕。
師爺注意到靳輔和陳潢的談話內容，安排官兵想辦法趕走這些參加科考的學子，其中就有江南第一才子高士奇、明朝相國后人徐乾學，以及看似貌不驚人的陳潢。三人手頭拮據，同住一間客房，全靠高士奇平日里占卜算命，巧舌如簧地騙取富商銀兩。
陳潢站在門口觀測風向，推斷水患很快就要結束，殊不知災難已經降臨自身。客棧伙計聽從師爺的安排，隨便找個理由將他們趕出客棧，也不在乎之前欠下的幾兩銀子。三人無處可去，撐著一把破傘來到破廟，自視清高的高士奇對墻壁上的詩句評頭論足，徐乾學感嘆同人不同命，為官者高床軟枕，美酒佳肴，倒是他們寒窗苦讀數載，凄涼落身至此。
于振甲看不慣明珠趕走學子的做法，索性搬去和靳輔同住，打著地鋪開始自省吾身。靳輔見他執著善惡是非，舉例古人事跡定功過，隋煬帝開鑿運河，耗費國力民生，罪在當代功在千秋，反觀許由品行看似高潔，本身是個治世大才，為追求名聲躲進深山隱居，絲毫不在乎百姓安危。
古人都道大仁不仁，這句話的道理需得細思琢磨，于振甲深受啟發，恍然大悟，想不到靳輔竟然會有如此見地。當初于振甲覺得為官者應該區分善惡，可在靳輔看來，大丈夫當為者為，若是利國利民，為何還要強附道德枷鎖。