小智一行人四處尋找失蹤的小軟但還是找不到。柚麗嘉擔心得一點食欲也沒有，還鬧脾氣。希特隆答應她明天早上再去找小軟。隔天，正當他們要出發時，希特隆拿出了他的得意發明——“絕對會找到小軟1號”。之后，希特隆的發明竟然到達火箭隊正在休息的地方，并為了捕捉小軟而拍打他們的臉，武藏受不了而把它踢壞，還引出了一堆毒骷蛙。小智一行人遇到他們，只好逃跑。在逃跑時，他們不慎掉下懸崖，雖然希特隆的機械手救到大家，卻救不了柚麗嘉。這時，希特隆的掘掘兔跳下去救她，雖然救到了，自己卻受傷了。于是大家趕緊把掘掘兔送到寶可夢中心。喬伊小姐必須到后山采“信子蘭”（草藥），但過于繁忙而沒時間。柚麗嘉為了補償而跑去后山，但卻遇到了毒蜈蚣，幸好小智他們及時發現并趕上了。最后，小智一行人找到了信子蘭，并交給喬伊小姐來醫治掘掘兔。這時，小軟又回到了柚麗嘉的身邊。
在小智一行人休息時，小智的嗡蝠遇到了斗笠菇，并因破壞了斗笠菇原想送給花葉蒂的花而使斗笠菇生氣后，因斗笠菇而出現中毒癥狀。幸好小智一行人發現后遇上了花葉蒂，花葉蒂對嗡蝠使用了芳香療法，讓它恢復。嗡蝠和花葉蒂成為了好朋友，卻使在一旁看著的斗笠菇感到嫉妒，而攻擊嗡蝠。之后，斗笠菇向花葉蒂告白，但失敗。它不甘心，于是把花葉蒂帶走。嗡蝠向斗笠菇提出挑戰，他們決定單挑，但嗡蝠總是被攻擊。在快要失敗時，花葉蒂阻止斗笠菇繼續攻擊。突然，火箭隊把斗笠菇和花葉蒂捉走了。?這時，希特隆使用了他的發明來尋找它們。雖然途中突然爆炸了，不過最后靠著嗡蝠的超音波找到了。在和火箭隊戰斗時，小智讓嗡蝠和柚麗嘉去拯救斗笠菇和花葉蒂。嗡蝠不斷的對籠子使用沖擊。在一次又一次的失敗后，嗡蝠學會了特技演員，并成功打破了籠子。最后，火箭隊會被打飛了。花葉蒂也回到隊伍中。就這樣，小智一行人繼續了旅程。
小智一行人在寶可夢中心休息時，莎莉娜得知她被邀請到皮耶爾舉辦的舞會。寶可夢訓練家和神奇寶貝必須男女配對才能參加這個舞會，莎莉娜原想和小智一起參加，但由于莎莉娜的伊布只和希特隆的掘掘兔合得來，因此莎莉娜只好和希特隆一起參加。在他們抵達舞會的舉辦地點時，他們碰見了米茹菲和她的胖甜妮。沒有舞伴的米茹菲和胖甜妮要求小智與他的皮卡丘和她們一起參加，小智答應了。舞會開始了，莎莉娜很想和小智跳舞，但卻遲遲找不到機會。好不容易能和小智一起跳舞，舞會卻暫停了,以主要活動——雙打戰斗來代替。而小智、莎莉娜和米茹菲、小次郎被選為戰斗對手。小智和莎莉娜能勝利嗎？