海岸釣神奇寶貝的小智，毒拉蜜妮攻擊使皮卡丘中毒，路過的夫婦幫助治療。原來兩人是水中考古學者，在這一帶考察的沉沒豪華客輪。發現海流從這片海域穿過。小智一行幫助調查。另一方面，聽說有豪華客船財寶火箭隊的影子接近了???。
