在戰斗訓練的小智一行，和受傷的三平相遇了。三平的任務是把卷軸送到館里在途中遇到了神秘的“假面忍者”的襲擊。小智一行和三平，一起向這個館護送卷軸為目標。然而假面忍者出現了進行戰斗。咦？小智的呱呱泡蛙發生了變化？
