小智和三色堇來到了卡洛斯地方的密阿雷市，急著想挑戰三色堇妹妹道館的小智因為無法聯絡而十分沮喪，在得知這里也有道館十分興奮，和三色堇分別后，便直接向密阿雷道館前進，在路上，小智遇見了許多認識和不認識的神奇寶貝，這讓他更加地按耐不住。到達道館后，小智因為沒有收集足夠的徽章而掉入道館的機關，被直接送出道館的外部，眼看就要摔了下去，路過的希特隆和柚麗嘉救下了小智和皮卡丘，之后，柚麗嘉提議讓希特隆和小智做神奇寶貝對戰，眼看小智就要獲得勝利，火箭隊三人住跑出來搗亂，這時跟著小智多時的呱呱泡蛙也出來幫忙，擊退火箭隊后，呱呱泡蛙因為體力不支倒了下去，小智抱起它前往布拉塔諾博士的研究所。
小智抱著衰弱的呱呱泡蛙來到布拉塔諾博士的研究所，在蘇菲的治療下，呱呱泡蛙逐漸恢復健康，布拉塔諾博士也將呱呱泡蛙過去不斷逃離訓練家的經過告訴小智。布拉塔諾博士帶小智、希特隆與柚麗嘉參觀研究所，談到自己研究神奇寶貝的進化，并談到超進化的可能性，他的烈咬陸鯊就是他的研究的對象。此時竊聽到超進化訊息的火箭隊，偽裝成研究人士進入研究所，并趁機將控制神奇寶貝的裝置丟向呱呱泡蛙，烈咬陸鯊挺身而出而遭受裝置控制，痛苦難當的烈咬陸鯊開始發狂攻擊，破壞研究所與炸飛火箭隊后，便沖至密阿雷市的街上四處破壞，最后爬上了幻彩水晶塔。小智與呱呱泡蛙為拯救烈咬陸鯊也爬上幻彩水晶塔，但烈咬陸鯊依然不斷攻擊，就在即將從塔頂跌落的時候，呱呱泡蛙利用泡沫黏住烈咬陸鯊的雙腳，皮卡丘也趁勢用鐵尾打破控制裝置，烈咬陸鯊才終于恢復。皮卡丘卻不小心從塔頂墜落，小智奮不顧身跳下抱住皮卡丘，此時火焰雞現身救了小智與皮卡丘，事情才圓滿落幕。為表達感謝，布拉塔諾博士將卡洛斯地方的神奇寶貝圖鑒送給小智，小智也收服到想一起旅行的呱呱泡蛙，準備踏上旅程。
小智在希特隆和柚麗嘉的帶領下，在神奇寶貝中心登記參加卡洛斯地方聯盟，并決定前往白檀市挑戰道館訓練家紫羅蘭，而希特隆和柚莉嘉也表示希望與小智一同旅行，三人便一同經由4號道路前往白檀市。三人在路上遇上了咚咚鼠，在希特隆同意下柚麗嘉決定收養咚咚鼠，但忽然出現的小箭雀搶走咚咚鼠的食物，使得咚咚鼠哭泣著逃走。小智的呱呱泡蛙因為無法忍受小箭雀的野蠻而主動攻擊，但攻無法對抗在天空自由飛翔的小箭雀，小箭雀極快的速度也讓小智決定收服它。希特隆使用機器發出音波想吸引小箭雀靠近，卻引來一大群大針鋒來攻擊，最后機器爆炸三人跌落山谷。看到周遭地形的小智，決定讓呱呱泡蛙利用地形的高低差來與小箭雀進行空戰，最后順利打敗并收服小箭雀，三人繼續向白檀市前進。同時莎莉娜到達了密阿雷市的研究所準備并挑選自己的初學者神奇寶貝。