在戰(zhàn)斗訓(xùn)練的小智一行，和受傷的三平相遇了。三平的任務(wù)是把卷軸送到館里在途中遇到了神秘的“假面忍者”的襲擊。小智一行和三平，一起向這個(gè)館護(hù)送卷軸為目標(biāo)。然而假面忍者出現(xiàn)了進(jìn)行戰(zhàn)斗。咦？小智的呱呱泡蛙發(fā)生了變化？
路過(guò)牧場(chǎng)的小智一行人和莎莉娜的薩琪相遇了。盡管薩琪想要把莎莉娜培養(yǎng)成一流的鐵甲犀牛騎手，莎莉娜卻決意傳達(dá)出的是想要成為“神奇寶貝表演家”的想法。可是面對(duì)不肯承認(rèn)自己夢(mèng)想的媽媽，莎莉娜提出進(jìn)行“如果咩咩羊比賽能取得勝利就希望媽媽能承認(rèn)她的夢(mèng)想”的比賽的方案。到底莎莉娜的想法有沒(méi)有傳達(dá)給媽媽呢？！關(guān)乎莎莉娜命運(yùn)的咩咩羊比賽勝負(fù)去向究竟如何？！
小智一行人在旅行中遇見(jiàn)了之前在發(fā)電站的君莎小姐，后來(lái)，火箭隊(duì)和小智等人被烏賊王發(fā)現(xiàn)并被抓走。為了破壞烏賊王的最終計(jì)劃，希特隆和小次郎得到了當(dāng)?shù)匦【`的幫助。但是，小次郎的豪喇花枝的樣子......