小智與瑅耶魯諾在進入白熱化階段的夏令營里爭第一。下一個項目是收集各個檢查點的印章，以終點為目標的小精靈定向越野競賽。小智一行人齊心協力順利地前進著，但是由于濃霧在中途與柚麗嘉走散了。
夏令營的最后一天戰斗！到這里小智和瑅耶魯諾隊共同競爭著首位，決賽前，瑅耶魯諾隊對去找喬伊治療神奇寶貝，但是，出現扮演廚師潛入夏令營的火箭隊欺騙！瑅耶魯諾隊的神奇寶貝被帶走了。瑅耶魯諾隊最終能取回神奇寶貝嗎？然后，夏令營決賽勝利進入殿堂的是那個隊
娑羅市到達，可爾妮小智等人久違的再會。神奇寶貝夏令營瑅耶魯諾教的“節奏戰法”沒有完成的狀態進行道館戰。小智在莎莉娜的擔心中，后往精通塔走去。在小智一行了解超進化的那天晚上，空空伯秘傳書被火箭對奪去了！決戰前夜的大騷動！最終，秘傳書可以從火箭隊奪回了嗎！？