由于黏美露龍被火箭隊襲擊而身負重傷。夜晚，蟲系神奇寶貝們帶走了皮卡丘等神奇寶貝！！小智們背后蠢動的可疑的黑影的真實身份是…？
和火箭隊的戰斗使流氓熊貓攻擊小智等人。混亂中柚麗嘉的大家走散了！柚麗嘉和喵喵被藤蔓捆在了一起，到底柚麗嘉和喵喵能否回到同伴身邊！？
在森林里迷路了小智一行。到達有妖怪傳聞中的可怕的地方恐怖房屋。連續發生的奇怪現象，消失的伙伴們、另人害怕的真相是!?
