小智一行人在旅行途中的荒野，遇見了尋求幫助的受傷的跳跳豬，跳跳豬們原本在荒野中的綠洲和平的生活著，但是噗噗豬的出現(xiàn)，使得跳跳豬們都被欺負(fù)，只有自己逃了出去，小智一行人決定幫助跳跳豬，最后被幕后黑手火箭隊所設(shè)置的籠子關(guān)了起來。從牢籠中溜出去的咚咚鼠和黏黏寶與噗噗豬進(jìn)行對戰(zhàn)！這時黏黏寶的樣子！？
旅行的途中，路過卡洛斯發(fā)電站的附近的小智一行往發(fā)電站走去。然而接近發(fā)電站的皮卡丘們發(fā)生異常！其實火箭團(tuán)占領(lǐng)發(fā)電所操縱電系神奇寶貝！小智的神奇寶貝們們幫助發(fā)電站的人員？說起來希特隆有什么煩惱的樣子……？
與小智一行的戰(zhàn)斗，小次郎喵喵和走散了的武藏果然翁。掉到河里被醫(yī)生的救了。于是武藏和醫(yī)生一見鐘情！…在愛與惡的中間苦惱的武藏，火箭隊變成怎樣！？