因為江石化工廠爆炸案在社會影響極其惡劣，陵江省政法委書記莫海言專門開會討論，很想知道大家對此有何想法。省高院院長江永認為這是一個災難和教訓，同樣也是一個契機，意味著司法改革迫在眉睫，順勢提出要改進環(huán)境司法審判體系。
最終經(jīng)過省高院研究，決定要在七星縣人民法院成立一個環(huán)境保護審判庭的試點，主要負責環(huán)境資源案的審理。曲和平找來羅遠和耿念，希望他們成為這個改革路上的先鋒，羅遠欣然接受，反觀耿念心有疑慮，恐無法起到實質性作用。
畢竟大家心里都很清楚，環(huán)境保護案最大問題就是舉證難、立案難、鑒定難，光是一次鑒定費用就要動輒上萬，乃至幾十萬。耿念認為保護環(huán)境最后靠的是監(jiān)管和執(zhí)行單位，他們作為法官只能依靠于法條，就算是有了法庭也無法解決存在的三大難題。羅遠不以為然，親口講述他曾陷入一度迷茫，險些辭職又被曲和平挽留的故事，因此鼓勵耿念勇于嘗試。
經(jīng)過二人通宵達旦地翻找資料，想到要借助公益環(huán)保組織的作用，讓他們對污染環(huán)境的行為提起環(huán)境民事公益訴訟。曲和平覺得這個辦法有點異想天開，公益組織是否符合公益訴訟原告資格是存在爭議，依照過往的訴訟案件看來是沒有希望，故而沒有同意二人的提議。
但是在羅遠和耿念的堅持下，曲和平在法院內部開會探討，大家各抒己見，觀點產(chǎn)生分歧。羅遠拿出早已收集的證據(jù)，表明江石和七星運盛的污染行為，嚴重損害了社會公共利益，并說服其他法官由大江市環(huán)保聯(lián)合會作為公益訴訟方，對案件提起環(huán)境公益訴訟。
隨后二人去環(huán)保聯(lián)合會普及司法新規(guī)，正巧碰見在聯(lián)合會的蘇卓，以及來找蘇卓的夏未冬。羅遠得知夏未冬與蘇卓關系較好，不禁嘆了口氣，感慨是應該要避險，聽得耿念一頭霧水，還在關心著他的終身大事。夏未冬把檢驗出的樣本數(shù)據(jù)交給蘇卓，令她高興不已，有了這份數(shù)據(jù)就意味著證據(jù)鏈完整形成。
年輕女大學生袁笑笑因一時善念，花錢購買了被退款的一級保護動物動物，最終被初級法院重判三年。此事一經(jīng)報道引起熱議，袁笑笑不服判決提起上訴，更有動保協(xié)會成員和學校學生自發(fā)上街聲援，紛紛跑到法院門口拉條幅抗議。負責這起案件的刑庭法官林海嵐飽受騷擾，網(wǎng)民將其個人信息曝光，害得她經(jīng)常收到威脅電話，要求她將袁笑笑案改判無罪。
楊一木夫妻沒能拿到賠償，只能在城里打工還債。蘇卓主動來找楊一木，表示這次不僅要告七星運盛化工廠，更要告祥發(fā)集團。夏未冬和羅遠在書店相遇，兩人交談甚歡，都在涉獵對方的專業(yè)領域，希望能為環(huán)境獻出一份力。
蘇卓立刻草擬起訴書送達法院，陳志強得知后勃然大怒，馮學文卻是絲毫不慌，立刻想到應對之策。在這份起訴書里，蘇卓不僅主張公益賠償，也主張對楊一木的個人經(jīng)濟賠償，羅遠告知蘇卓合并兩個主張會存在風險，因為他們是以民事公益訴訟形式提出，“公益”才是這個案件的焦點，若是堅持個人主張，環(huán)保聯(lián)合會的原告資格會更加難以被認可。楊一木聽明白羅遠的意思，愿意放棄自身賠償，希望法院給出一個公道。
省高院和中院請來法學院教授溫穎，對于環(huán)境司法進行一番探討，溫穎和律師代表鑒于案件的公益性和特殊性，如果對原告資格不做限定，勢必會造成較為惡劣的影響，留下潛在性的禍患。
經(jīng)過省高院環(huán)境司法改革小組的認真討論研究，最終同意羅遠和耿念的提議，可以在程序規(guī)則上做出一些創(chuàng)新的嘗試，在此基礎上做出了調整和規(guī)范制度。羅遠開庭受理祥發(fā)被訴案件，馮學文自以為案件結果毫無懸念，沒想到司法改革讓他們轉勝為敗。馮學文約老同學曲和平吃飯，順便打趣溫穎的兒子羅遠是青出于藍，曲和平礙于身份避嫌委婉推辭。
正當羅遠和耿念向曲和平等人匯報工作，林海嵐突然過來請曲和平指導金雕案。曲和平根據(jù)當前輿情表達了幾個觀點，林海嵐則是有些固執(zhí)己見，認為法官辦案講的是事實基礎，法律準繩，任何輿論都無法動搖。
羅遠借此機會申請與林海嵐一同審理金雕案，期望通過這件案子有所學習。曲和平因羅遠借調在中院，不好直接答復，便讓副院長田禮華來做定奪。最終，田禮華決定由羅遠、林海嵐和耿念三人組成合議庭，林海嵐擔任審判長。
如今審判庭已認可原告資格，意味著勝訴幾率增加，修復環(huán)境才是案件的核心。蘇卓感激夏未冬的幫助，夏未冬坦言幫助蘇卓也是幫助自己，因她認為科技是把雙刃劍，既能夠讓石頭開花，也能讓花朵永無綻放之日。
回到學校，蘇卓發(fā)現(xiàn)同學們在收集老師簽名，雖請愿書對判決起不到作用，但他們想要向法院證明袁笑笑是好人，應給予機會。夏未冬深受觸動，果斷在請愿書上簽字，倘若事實認定是果，何不成全這個因。
羅遠主動拜訪耿媽媽，并在其經(jīng)營的餐館用餐。耿念聽聞羅遠曾經(jīng)談過一個女朋友，已經(jīng)到了談婚論嫁的地步，結果突然提出分手，為此感到好奇。羅遠解釋因女方打官司求助，自己為避嫌而拒絕，導致感情破裂?，F(xiàn)在羅遠更專注于金雕案，耿念建議他與林海嵐實地考察，以作出準確判斷。
陳志強生氣手下人沒有擺平楊一木，差點把祥發(fā)集團搭進去。馮學文認為對方是有備而來，等著用他們的案子來樹立典型，建議及時止損，并分析當前形勢，如果不是他及時替陳志強切割江石與祥發(fā)，集團恐已深陷困境。果然陳志強消了氣，詢問馮學文有何對策，馮學文篤定法院不會受理，保護環(huán)境固然是一個好想法，可經(jīng)濟開發(fā)區(qū)離不開化工企業(yè)，領導們自然不會同意丟掉這塊肥肉。
正如馮學文所料，市里主抓經(jīng)濟的領導因省院開了先例，擔憂經(jīng)濟受影響，紛紛跑去向莫海言倒苦水。莫海言提醒曲和平在環(huán)保上把握分寸，以保護為主，曲和平承諾不負所托。同時，戴崇光拜訪陵江翠峰集團老板，希望推動鳳凰嶺市經(jīng)濟。
羅遠和林海嵐到袁笑笑家，見其陽臺生態(tài)自然，收養(yǎng)眾多小鳥，足以可見對方是一個保護動物的善良女孩。其男友方啟帶領同學圍堵羅遠，不滿他們的判決，羅遠普及違法買賣金雕后果時，被樓上鄰居用一盆水從頭澆透到腳。夏未冬和蘇卓通過直播目睹此幕。
金雕案當事人欲換律師，寧妮希望蘇卓接手以打響名聲。蘇卓拒絕，認為若袁笑笑真心愛動物，就不應參與買賣。回程中，司機為袁笑笑抱不平，三年對于這個孩子判得太重。林海嵐和羅遠再次意見不合，羅遠認為案情有討論空間，法律應有溫度；林海嵐則堅持犯罪事實已成立。
二次開庭前夕，馮學文不接電話，楊運盛及其律師也缺席。耿念說明開庭審判如期進行，以還楊一木公道。羅遠提醒耿念找偶像戴崇光幫忙。戴崇光知道耿念的來意，私下里約陳志強見面，勸其直面問題，不應逃避，配合法院審查并賠償。陳志強得知戴崇光找過翠峰集團，提及設備的問題，戴崇光提醒他解決當前麻煩，別再節(jié)外生枝。
夏未冬和羅遠照常約在圖書館看書，忽然想到他被潑水的畫面，忍不住笑出聲。在袁笑笑這件事情上，夏未冬有著不同見解，她拿螺螄被捕撈過程引導羅遠透過表象看本質，羅遠恍然大悟，主動添加夏未冬的聯(lián)系方式。隨后，二人去找專家了解金雕，認為普及金雕知識至關重要。
金雕案開庭前，羅遠前往看守所與袁笑笑會面，了解她喜歡小動物的原因，以及救助金雕背后的故事。在法院外，羅遠向聲援抗議的人群分發(fā)金雕的資料，告知他們金雕被圈養(yǎng)買賣的風險，才是導致袁笑笑被判刑三年的真正原因。
羅遠認為，如果人們真的愛護動物，應該通過網(wǎng)絡普及知識，幫助野生動物回歸自然棲息地，同時也是對袁笑笑最大的善意和支持。隨后，他將資料交給林海嵐，承認三年刑期屬于合理范圍，兩人終于冰釋前嫌。
這天晚上，蘇卓對袁笑笑等人有了改觀，夏未冬也認真考慮羅遠的話。袁笑笑的未來并非完全由判決決定，而是在她違法的那一刻起就已經(jīng)受到影響，如果這個案子能促使其他人不再重蹈覆轍，那么判決就有了意義。夏未冬看出羅遠心里難受，用他說過的話來安慰他。
隨后金雕案在中級人民法院開庭審理，林海嵐當庭宣布維持原判，袁笑笑和父母難受不已。另一方面，羅遠對七星運盛化工廠進行了審判，因其非法處理污水業(yè)務，需承擔百萬元生態(tài)環(huán)境修復費用。同時，鳳凰嶺祥發(fā)集團和江石化工廠因生產(chǎn)廢料管理不當，間接導致生態(tài)環(huán)境污染，需要承擔五萬余元的修復費用。
江石化工廠的幾名主犯被公開審判，因犯非法儲存危險物質罪、環(huán)境污染罪和單位行賄罪，判處罰金一千三百萬元。原工廠總經(jīng)理石磊數(shù)罪并罰，被判處有期徒刑二十年，辛陽因提供虛假證明文件罪獲刑一年。這一判決發(fā)出，大快人心，莫海言帶領一干領導召開發(fā)布會，著重強調保護生態(tài)環(huán)境的重要性。
盡管事情告一段落，羅遠和耿念仍心事重重，化工廠對生態(tài)環(huán)境的傷害最大，但賠償最少、判刑最輕，而無辜的袁笑笑卻要為此付出三年的青春，令他們難以接受。正因如此，羅遠更加希望有環(huán)境法庭的存在，只有接觸越來越多的環(huán)境案件，才能給后來人積累寶貴經(jīng)驗和完善的司法體系。
在丹頂鶴生態(tài)場，羅遠遇到了當義工的夏未冬，得知他父親曾為守護丹頂鶴而犧牲。夏未冬曾對大自然充滿憎惡，但后來理解了父親的愛，并改變了大學專業(yè)。羅遠從她的講述中，對她有了更深的認識。
隨著環(huán)保庭在七星縣人民法院的成立，羅遠和耿念第一時間報到，并見到了院長劉文燕。只是羅遠從未想過他們的辦公室如此簡陋，劉文燕解釋院里辦公室比較緊張，再加上環(huán)保試點趕得匆忙，一時半會找不到更好的辦公室，委屈他們先對付下。
除了助理龐云和書記員聶聞以外，林海嵐也應邀加入，由羅遠擔任代理庭長。盡管辦公室被安排在一間破舊的門房，大家仍是干勁十足，忙活一整天將房間收拾干凈，集體拍了一張合影照。夏未冬和蘇卓交流環(huán)保法庭，蘇卓對此并不看好。
耿念下班后與妻子徐飛回家，母親劉慧珊得知兒子又被調回縣里，兒媳婦還要考護士編制，心里頗為不悅。夫妻倆結婚十年還沒有孩子，劉慧珊免不得抱怨一番，氣氛顯得格外壓抑。而林海嵐在疲憊地回家后，看到體貼的丈夫關逸，心情得到了緩解。
羅遠邀請夏未冬共進晚餐，意外收到夏未冬送的花。夏未冬對饒斌的離世始終難以釋懷，羅遠表示環(huán)保庭的意義在于避免類似事件再次發(fā)生。然而，環(huán)保庭在成立初期并未如預期般忙碌，一連多日都未能接到案件。
正當大家感到失望之際，劉文燕院長為他們送來了一份卷宗，可當他們看見內容與垃圾囤積的鄰里糾紛有關，不免有些失落。盡管如此，耿念還是帶著羅遠前去處理，兩人剛到現(xiàn)場就被一群人包圍，住戶們紛紛表達對郭水清夫妻倆的不滿情緒，抱怨他們夫妻已經(jīng)兩個月沒有出門，卻不斷地往樓道里丟棄垃圾，拒絕與鄰居溝通。