獨立營分成兩股軍隊，李化成帶領的一隊假扮國民黨，唐運龍帶領的一隊則聲東擊西，策應李化成的特別行動小組，協助其順利突破敵人封鎖線。李化成到達國民黨軍駐扎地后，在醫務兵營帳中并未發現奎寧，但得知婁富貴家中有治療瘧疾的特效藥奎寧。紅軍在駐扎地拿走了醫藥箱和食物，隨后炸了此處離去。
李化成的特別行動小組假扮國民黨人士，再次突破縣保安團封鎖，堂而皇之來到縣里。還張貼了“革命紅旗永不倒”的字條。陳天佑跑來慰問婁富貴等一幫地主，一幫地主熱情的恭維著陳天佑，表明了想要大干一場的意愿。大家一塊吃菜喝酒，賓主各歡。飯罷，陳天佑帶著隊伍離去，地主們又賄賂了馮禿子，望他在夏收時多多出力。
李化成帶著隊伍趕到婁府，處決了婁富貴，找到了奎寧。其他地主看著婁富貴被殺的場面，都是瑟瑟發抖。呂臻病情惡化，為了不讓李化成看見自己重病的樣子，她留下一封訣別信，獨自離開獨立營。李化成等人帶著奎寧回到營地，生病的戰士獲救。大頭欣喜若狂的拿著奎寧奔向汪小小，汪小小露出笑容。而李化成也同樣狂喜的來到呂臻住所，卻發現呂臻出走，瘋狂尋找后，終于在一處山洞里找到昏迷不醒的呂臻。李化成將她帶回營地，悉心照料。
李化成很擔心呂臻出事，邊握著她的手哭，邊訴說著自己的真情。他告訴昏迷的呂臻，自己美好的明天就是革命勝利后，他攬著她，去蘇維埃政府領結婚證。他保證自己種的地是全村最好的，他們再生幾個小孩，這就是他美好的明天。他哭著請求呂臻一定要醒過來。
胡嫂告別溪兜嫂，準備去月流向閩西南軍政委員會匯報游擊區的情況。駝背被馮禿子威脅后叛變，將溪兜嫂偽造證據一事告訴了馮禿子。馮禿子向情報科長告密，揭發溪兜嫂的共產黨員身份，情報科長將溪兜嫂逮捕。溪兜嫂誤以為此事是陳天佑所為，大罵著他是叛徒。事后，陳天佑來找了馮禿子，大罵他找死搶自己的功勞，馮禿子不甘心的認錯，陳天佑威脅他之后離開。馮禿子又來到胡嫂住處，發現胡嫂已經離開。
呂臻病愈，拿出離開營地時在國民黨軍據點撿到的一張報紙，告知大家半個月前紅軍主力已經到達陜北吳起鎮。李化成提議趁國民黨軍士氣低落，利用晝伏夜出的戰術把何明仁的數萬軍隊拖垮在金豐大山里。獨立營于深夜時分對敵軍的薄弱據點實施侵擾。
夏季攻勢這張網眼看被撕破，而國民黨的先頭部隊也失利，讓國民黨軍直接損失了一個連。何明仁有一個不詳的預感，黨國的現在從未像這樣風雨飄搖，他不敢往下想。正當此時，何明仁得知溪兜嫂掌握游擊隊的接頭暗號、時間及營地位置等信息，立即親自審問溪兜嫂。駝背正在審訊室，向溪兜嫂認錯，求她說出接頭暗號，這時接到消息，要把溪兜嫂押進山，接受何明仁的親自審問。
陳天佑派馮禿子經由下都據點給何明仁部隊運送物資，馮禿子得知護送全程都很安全后，欣然答應；另一邊，李化成命林木根、王興旺等去往下都據點“接應物資”，林木根一聽要和馮禿子斗爭，立即表示這個任務誰也不要跟自己爭。
馮禿子為了“污蔑”陳天佑詐降，殺掉了幾個跟隨進山的保安團成員。還發出“活捉林木根賞50大洋，拿到林木根尸首賞30大洋”的告示。王興旺等人故意綁了林木根來見馮禿子，林木根被帶進帳篷，馮禿子看見他后狂笑起來，既得意又猖狂。他正發狠話要把林木根閹了，再把他的肉一刀一刀割下，突然，外面共軍的槍聲響起，游擊隊互相配合，馮禿子被林木根親手處決。
參謀長匯報下都據點被劫的消息，目的是為了一批物資。參謀長表示這說明山區里還有大批游擊軍。何明仁再次來審訊了溪兜嫂，何明仁以全國上下呼吁國共兩黨再次合作、聯合抗日為由，誘騙溪兜嫂將國民黨談判代表帶去獨立營營地。溪兜嫂受騙上當，帶領幾個“代表”到達營地后，何明仁派出的大批后續部隊沿著“代表”留下的路標趕來。溪兜嫂得知受騙上當，一把掙開押她的紅軍，快速跑往營地報信，被國民黨軍槍殺。獨立營悲憤不已，將溪兜嫂葬了，向她致敬。
王興旺帶人偵查得知，國民黨有一個團的隊伍，且有多項重兵器。李化成下令摘除“代表”留下的舊路標，刻上新路標，將敵人困在深山里。并充分運用游擊戰術，在夜晚敵人休息的時候襲擊敵人，為溪兜嫂報仇。
國民黨一個團被小小的獨立營打得抱頭鼠竄，這讓何明仁很憤怒。多次戰敗，讓何明仁不由慨嘆毛澤東是一個軍事奇才，感嘆共產黨對信仰的堅守、游擊戰術的偉大和古田會議決議的重要作用。何明仁來到空無一人的獨立營營地，看到營地上埋葬的紅軍戰士的墳墓，叫著“這是一只什么樣的隊伍”，惱羞成怒，暈倒在地。至此，國民黨軍夏季攻勢草草收場。
寒冬來臨，何明仁大病初愈，全國上下對國共兩黨團結一致、停止內戰、聯合抗日的呼聲越來越高漲。但蔣介石仍然堅持“攘外必先安內”的政策，隨后發生了震驚全國的“西安事變”。何明仁接到衛司令電話，得知蔣介石已經和共產黨簽署了停止內戰、聯合抗日的六項協議，但仍堅持在停戰命令正式下達前繼續對紅軍游擊隊進行“圍剿”。何明仁忿忿不平，他深知就此放過共軍將貽害無窮。激動表示，只要一天不下達命令，就一天不能放松圍剿，決不能讓紅旗在他的眼皮子下繼續飄揚。
閩西南軍政委員會根據黨中央“聯蔣抗日”的新方針向全區游擊隊發布命令，命令區內游擊隊停止對國民黨軍的進攻。獨立營成員們不明白為什么要聯蔣抗日，這樣對不起他們逝去的英魂。李化成無表情告訴大家，命令就是命令。大家紛紛叫著想不通，李化成斥責大家想不通也得想得通，他們是執行革命任務的政治集團，是黨的槍桿子，必須服從黨的命令。大家漸漸無聲。呂臻宣讀工作計劃，重申共黨性質，宣布增補嚴家財為獨立營營部成員。
共軍執行命令，但國民黨軍并未放松對游擊區的嚴密封鎖，正值雪天，獨立營饑寒交迫，再次陷入絕境。陳天佑以土豪劣紳犒勞前線國民黨軍戰士的名義準備了一批物資，交給了司務長莊善仁去辦。莊善仁和王興旺暗中通消息，保安團的大部分成員已經被他們策動，天要變回來了。
在深山里生存日久，紅軍一個個都像野人一般，留著長頭發長胡子。唐運龍將自己的入黨申請書拿給喜喜看，喜喜從他的入黨申請書中看到了他的心路歷程，申請做他的入黨介紹人，唐運龍高興答應。大家伙聚在火堆前，暢想著新中國成立的那一天，家家居者有其屋，少有所學，老有所養，家家幸福美滿。李化成告訴大家，國共決定正式停戰，可以光明正大下山領物資，他們明天就下山。
駝背被陳天佑叫過來，陳天佑告訴他溪兜嫂進山第二天被打死之事，駝背不由痛哭，感到自己是作孽。陳天佑給駝背安排了一個保安團的差事。莊善仁帶著被拉攏進游擊隊的保安團團丁和先前招進保安團的駝背一起送進山去。
李化成帶人堂而皇之來到國軍營地，表示已經停戰，他是來商量事兒的。國軍營長看到李化成等人的尊容，不由感慨是幫野人。李化成和國黨營長宋科杰商量讓借個道運點吃喝，李化成軟硬兼施，先說起國共兩黨的同脈同源，后又威脅稱他們紅軍是光腳的。宋科杰終于答應讓他們借道。二連順利接到物資，莊善仁歸隊，駝背認罪，保安團團丁紛紛表示愿意加入紅軍隊伍。
獨立營接應回程再次經過國民黨軍據點時，國民黨軍上校接到上峰命令，要利用最后時機堅決消滅紅軍。雙方發生激戰，李化成肩胛骨中彈，包括孫大成、唐運龍在內的19名紅軍戰士犧牲，駝背與國民黨軍同歸于盡。危急關頭，陳天佑帶領被策反的保安團及時趕到，化解危機。與此同時，閩北、閩東、閩中地區的地方武裝、游擊隊也對企圖繼續堅持內戰的國民黨軍發動了一場大規模的戰役，迫使國民黨軍回到談判桌前，共商抗日大計。蘇喬民帶領李化成、陳天佑與何明仁談判。在國共兩黨摒棄前嫌、共同抗日的大背景下，獨立營被改編為國民革命軍陸軍新編第四軍第二支隊第一團，并被授予閩西模范團的軍旗，踏上了北上抗日的征程……