明朝洪武初年，皇帝朱元璋推行新政，肅清吏治，提出“殺盡貪官”的口號，決心建立清正廉潔的王朝。不想，其家鄉濠州發生了以高峰、黃綱等農民為首的暴亂。御審中，黃綱招認造反的原因是“千戶”黎洪強、張道光克扣修城勞工的糧餉，以致修城的一千多勞工餓死病死數十人。
工部左侍郎韓鐸否認黃綱所說情況，向朱元璋進言，對高峰和黃綱等人嚴厲鎮壓。刑部尚書唐鐸稟報，根據工部營膳所所丞鄭士元揭發，韓鐸上任后，伙同工部郎中丁嗣忠、翁經正、員外郎胡順華、姚能玉等官員，不僅賣放工匠，還克扣工匠伙食，盜賣蘆柴木炭等物資，私分非法所得款項。至于高峰和黃綱等農民造反引發的“濠州之亂”，也與韓鐸對部下過分縱容有關。朱元璋查辦涉案的丁嗣忠、翁經正、胡順華、姚能玉等四人。韓鐸事情敗露被殺，
工部營膳所所丞鄭士元揭發韓鐸、丁嗣忠、翁經正等人貪污有功，獲得朱元璋特別召見。鄭士元以為告發韓鐸等人貪贓枉法一事被駁回，身穿打了補丁的舊黑袍上殿請罪。朱元璋見其清廉奉公，不但沒有降罪，反而賞賜兩千貫錢給他貼補家用，并升其為監察御史。
鄭士元雖然得到賞賜，卻將錢財封存，以示清廉。朱元璋到其家中探望時看到鄭士元果然克勤克儉，對其更加信任。風聞秦淮河上經常出現商人賄賂官員的“花船”，朱元璋遂帶鄭士元微服私訪。在臨河的一家酒肆，兩人遇到教書先生韓宜可。韓宜可指認一條停在碼頭上的大船，告訴朱元璋，該船就很可能是條“花船”。朱元璋為查明實情，帶鄭士元和一名護衛軍官乘小船追上大船，對船家謊稱商人，登上該船。岸上的韓宜可看著朱元璋等人上了船，不知是吉是兇。
朱元璋等人登上大船，進入大艙，艙內四周坐滿官員，茶幾上擺滿吃食酒水，官員們各擁美JI。荊州知府林萬泉見有陌生人上船，責令通判李元生上前詢問。朱元璋自稱是在京任職的官員，騙過李元生，進入大船內的單艙查看。
暗訪中，朱元璋在一間單艙內撞見徽州知府康清壽和大同知府周大為狎JI。待朱元璋離開后，周大為忽然想起剛才見到的人好像是皇帝朱元璋，遂拉著康清壽找到“花船”的莊家林萬泉通報情況。林萬泉，伙同康清壽和通州知府吳至清等人欲意弒君自保。隨從軍官覺察到船上氣氛不對，勸朱元璋馬上離開“花船”，朱元璋卻執意不肯。
林萬泉、康清壽等人集合了隨身帶領的貼身士兵正要行動，朱元璋等人出現在大艙門口。朱元璋的突然出震懾住了船上了士兵和官員，以康清壽為首的眾人紛紛跪倒在船頭。此時，岸上已經集了無數士兵。
及至大船靠岸，朱元璋命令對船上的官員，驗明身份，盡數押解大理寺。見朱元璋上岸，韓宜可擠上前來謝罪。朱元璋欣賞韓的膽識的才學，當場封他為監察御史，希望他和鄭士元一樣能夠協助自己糾劾J邪、整肅官風。
鑒于“花船”一案是根據鄭士元通報的民間“風聞”查獲，朱元璋決定恢復風聞言事制度，在午門外設立“登聞鼓”，民間有冤情者，可直接敲登聞鼓向皇上申訴。刑部尚書唐鐸和鄭士元、韓宜可等人均表示贊同。朱元璋余興未減，還想聽聽其他“風聞”，鄭士元稟報定遠知縣朱桓在任上敲詐勒索貪贓枉法的傳聞。由于朱桓是朱元璋的侄子，文武官員聽鄭士元說完無不驚愕。韓宜可表示也曾聽說朱桓借皇親國戚之威望在民間為非作歹的傳聞。朱元璋遂派鄭士元和韓宜可在赴潞州途中順便查訪定遠縣的傳聞，表示如果傳聞屬實，要對朱桓嚴懲不貸。
剛到定遠縣城門口，鄭士元和韓宜可見到朱桓送父親朱六九出城。他們從百姓口中得知，朱六九進京去見皇上朱元璋。
在定遠縣，鄭韓兩人調查民情，獲知當地稅收問題嚴重。按朝廷規定，稅收為三十稅一，而定遠縣則按三十稅三征收，另外還對茶葉、鹽、油、布匹等加征稅收。
朱桓曾在廬州府任職知府，因為貪污和強J民女，被人告發。朱元璋本來要殺朱桓，后因堂兄朱六九求情，饒過朱桓死罪，貶到定遠縣。朱桓遭到貶謫，非但沒有悔改，依然仗勢欺人，濫收捐稅，為非作歹。課稅局大使吳金德是朱桓妻子吳氏的哥哥，平日里投其所好，不僅幫助朱桓征收苛捐雜稅，還幫他尋找美貌女子。這天，吳金德帶朱桓來到邀月酒店，見幫工小琴貌美，朱桓頓生歹意，強行把小琴帶到酒店后面的房間施暴。
鄭士元和韓宜可調查民情來到邀月酒店。聽到后面房間有女孩子的叫喊聲，鄭士元查問究竟。在酒店放風的吳金德百般遮掩。等朱桓得逞后從后面出來，兩從匆匆離去。