李時珍被景王在朝堂之上當眾稱作師傅很詫異，景王謙恭一定要拜李時珍為師，兩人談論重修《本草》一事。李時珍對景王十分敬重，且充滿期望。
朝鮮太子在參觀太醫院時突然暈倒，經李時珍就治，病情好轉。朝鮮太醫金基泰對李時珍的出色表現十分敬佩，要拜李時珍為師。李時珍表明自已只是一名實習醫師，還沒有資格收徒。
三個月的實習期滿后，李時珍順利拿到太醫院頒發的行醫腰牌。此時山東上報發生瘟疫，皇上招大臣商議，決定派李時珍去山東除疫。
李時珍帶著一班人馬去疫區與來京城的斯語一行擦肩而過。斯語在京城的家中遇到自稱李時珍徒弟的金基泰，得知李時珍的去向。斯語把孩子交給黃一豐和玉蘭照看去找李時珍，金基泰執意隨行。
疫區不斷擴大，重災區已被官府隔離，李時珍冒死在重災區救治百姓，得知斯語也來到疫區，便來到臨時用來隔離疫區的護城河邊與斯語隔河相會。官府規定隔離區一律只進不出，疫區尚未染病的災民想逃出疫區被官兵射殺無數。李時珍為安撫百姓，當眾飲用被污染的河水，說自己也染病毒，大限只有七天，要百姓相信他七天定能治好染病的百姓。暴亂平息。李時珍吩咐斯語和金基泰，能治好瘟疫的藥方尚缺靈芝，讓他們無論如何要在七天之內找回靈芝。
斯語和金基泰奔走深山，驚奇地發現本是盛產靈芝的地方卻找不見靈芝，一位采藥老農告訴他們靈芝已被朝廷征收。二人趕緊抄近路追趕朝廷征收靈芝的車隊，斯語從山上摔下來被萇葶率領的車隊相救，萇葶得知李時珍尚在疫區，火速趕來。李時珍此時已感染了疫情，情形危急。萇葶做主將御藥靈芝全捐獻給了疫區。斯語和金基泰說動官員進入隔離區，李時珍和百姓得救，疫情也得到了控制。
有人告李時珍動用御藥，罪當殺頭，可是皇上念李時珍除疫有功，提拔為太醫院吏目，賞白銀百兩藥材百斗。李時珍和家人團聚，在李時珍幫助下，黃一豐和玉蘭開起了藥膳館，生意紅火。