嘉靖授意李行義給張惠妃服食一種強身健體的丹藥。楊敬妃為了復仇，與李行義密謀決定在張惠妃的飲食中做手腳，讓丹藥和飲食相沖，使張惠妃生發毒瘡且皮膚變得粗糙。瘡毒怪異，太醫無人能治。
太醫院有規定，實習生犯小錯兩次，大錯一次將被逐出太醫院。楊洪勤為趕走李時珍，決定讓李時珍為張惠妃治病，徐長明想制止卻沒有成功。可沒想到李時珍不負眾望，治好了張惠妃的病，打破了楊洪勤的如意算盤。嘉靖要獎賞給張惠妃治病的太醫，楊洪勤卻說是太醫院集體的功勞。徐長明按張惠妃的意思安排楊洪勤告假，而讓李時珍做了她的主治醫官。
李時珍治好了張惠妃的病并用水果湯汁等辦法使惠妃恢復了往日的容顏，之后，李時珍還查出了毒瘡的病因是張惠妃服食的丹藥和近期食用鹿肉相沖，不禁心生疑惑。就在這時李行義約見了將李時珍，兄弟倆相見，悲喜交加。李時珍抱怨李行義既然還活著，為什么不讓家人知曉，李行義以自己伺候在皇上身邊隨時會有不測，不想讓家人再一次為自己傷心加以搪塞。李時珍不再計較，卻質問惠妃娘娘的丹藥和飲食，李行義承認是自己大意并要求李時珍為此事保密。李行義囑咐李時珍不要讓他人知道他們之間的關系，這讓李時珍很是不解。
張惠妃病好如初，令楊敬妃大為惱火，并遷怒于李時珍，然后自作主張與楊洪勤合謀欲將讓李時珍趕出太醫院。
李行義知道后大怒，讓楊敬妃找到楊洪勤下令一定要留住李時珍。
不久朝鮮太子來訪，李行義找到嚴世蕃并暗示他若嘉靖立裕王為太子，日后登基必定倒嚴，若立窩囊的景王為太子則對嚴家無后患，嚴世蕃茍同。自此，李行義利用嚴世蕃開始了他另一復仇的險惡計劃。
嘉靖與大臣商議接待朝鮮太子一事，按長幼秩序，本應由長子裕王出面接待，但在嚴世蕃等人的干預下，嘉靖讓裕王和景王兩位王子出面接待。由于嚴世蕃的“言傳身教”，景王在朝堂之上的表現令皇上大喜，讓眾臣驚異。當朝堂上眾臣答不出朝鮮太子隨行醫生的提問時，嘉靖十分尷尬。景王此時提出讓父皇同意他師傅李時珍來解答。李時珍的精辟陳述，使朝鮮使者心悅誠服。景王請求皇上同意讓太醫院重修《本草》，這令李時珍心花怒放。