長葶等人擔心裕王的病無藥可救，勸李時珍別插手此事。李時珍不聽勸告，堅持醫者就要治病救人的宗旨。李時珍發現裕王有中毒癥狀，冒險使用奇方，最后終于把裕王從死亡邊緣拉了回來。
李時珍一次又一次地破壞了李行義和嚴世蕃的詭計，這讓他們很是惱火，于是他們設下圈套，讓李時珍誤闖萇葶為皇上祈福的禁地，犯下欺君死罪。皇上知道此事后欲將李時珍處死。萇葶為了保全李時珍的性命，同時減輕自已的罪責，將自已雙眼毒瞎，還將自己和李時珍的過去講給嘉靖聽。皇上聽了萇葶的故事，放了李時珍。李時珍和斯語對長葶的自殘愧疚不已。
這時裕王病情又出現反復，李時珍再次給裕王診治，并發現了裕王中毒的原因跟師傅華南記載的武宗皇帝中毒的原因完全一樣。
崔方準備提審楊洪勤，發現楊已死于牢中。崔方將楊洪勤為裕王所開藥方交于皇上，并告訴皇上這副藥方與當年武宗皇帝的藥方完全一樣。嘉靖知道，只有皇族才有機會看到這個藥方，這次裕王中毒一定是景王無疑，為保全皇家臉面，嘉靖決定讓景王停修《本草》立即出京。景王決定垂死掙扎，找到嚴世蕃要拉他跟自己謀反。嚴世蕃馬上將此消息告訴了父親嚴嵩，嚴家父子為求自保，當即決定向皇上告秘，出賣景王。
李時珍發現景王所用丹藥中有致人上癮的火麻仁，便找到李行義質問。而此時的李行義正準備對嘉靖下毒手，他知道最后關頭已經來臨，不能讓李時珍再阻攔自己的復仇大計，便將李時珍約出郊外，勸李時珍不要管自己的事。李時珍則勸李行義擺脫心魔，回頭是岸，兩人發生爭執，混亂中李行義將李時珍推下山崖。
崔方通過小太監馮謹知道了李行義與楊敬妃的J情，并發現了煉丹秘室的丹藥有劇毒，便馬上報告皇上。嘉靖在一天之內得知李行義和景王這兩個自己最親近的人原來都在暗地里要背叛自己，這無異于晴天霹靂，嘉靖的精神瀕臨崩潰。
嘉靖回過神來之后，決定嚴懲背叛者。景王被關入大牢，從此瘋了。在皇宮大殿，嘉靖當著李行義的面將有毒丹藥賜給楊敬妃吃下，眼睜睜看著她吐血而亡。然后嘉靖質問李行義為什么要害自己。李行義如實相告，自已是為家人復仇。嘉靖將李行義關入死牢，自己也因此一病不起，傳李時珍前來醫治，卻發現李時珍已失蹤。
斯語和黃一豐等人四處尋找未果，焦急萬分。