里從皇宮出逃的太醫吳浩然，他卻斷然據絕了李時珍拜師學醫的請求。
公元1521年四月二十一日，朱厚熜抵京登基，年號嘉靖。登基后的第六天，大臣張慎聯合眾臣上書，要求嘉靖尊孝宗為皇考，尊父親興獻王為皇叔考，母親蔣王妃為皇叔母。蔣王妃得知消息，勃然大怒，拒絕進宮，并且一病不起。李言聞照料太妃有功，被嘉靖封為九品吏目，徐長明被封為八品太醫。
在這場長達三年的“大禮儀”之爭中，朝中與嘉靖作對的大臣有的被貶官，有的被流放，更多的被杖斃。正直忠勇的李言聞為幾位杖刑受傷的大臣療傷，并且暗地里將杖刑致死“罪臣”張慎之子張行義收為養子，改名為李行義。這惹怒了蔣太妃，且被逐出京城。李言聞攜李時珍和養子李行義回到家鄉蘄州。
十多年之后，李時珍和義弟李行義，還有李言聞收養的好友之女斯語都長大成人。李行義跟著李言聞學習醫術，李時珍則按照父親的要求一心科舉，只能暗地里偷學醫術。李時珍入書院的第一天因搶了荊王世子朱成翊的風頭，從此便成了朱成翊的眼中釘。在書院時間越長他與朱成翊的積怨越深。在王府的干預下，李時珍不得不退出書院，回家自學。
不久，朱成翊的愛妃因喝了李言聞開的藥后暴亡。朱成翊要斬李言聞，幸虧荊王府郡主朱萇葶出面求情。朱成翊答應給李家三天時間找出原因，否則定斬不饒。李時珍和李行義通過朱萇葶找到世子妃用過的藥渣，發現里面少了一味叫黃精的藥，而多了一味不知名的藥，這讓兄弟倆大為疑惑！