李時珍和李行義找到抓藥的藥店理論，藥店掌柜堅持自己沒有抓錯藥。眼看三天限期已到，就在他們幾乎絕望的時候，李時珍的好友黃一豐終于打聽到此藥名叫鉤吻，有劇毒。
面對王爺和世子的審問，藥店掌柜拿出一本藥書《本草別錄》證明黃精就是鉤吻，二者為同一藥。李時珍情急之下從身上掏出黃精和鉤吻，讓王府當場驗明，兩味藥分別讓兩頭牲畜吃下，結果吃了黃精的安然無事，吃了鉤吻的則當即斃命。藥店掌柜被斬，臨死前要家人燒了所有的本草書籍。世子朱成翊依舊要斬李言聞，郡主再次相救。大堂之上，李時珍發現萇葶郡主似曾相識，但一時沒想出個頭緒。李時珍從此背著父親研習古今藥書，發誓寫出一本準確的本草書籍來。
萇葶郡主為安撫哥哥失去愛妻的傷痛，找來李時珍，并和他跑遍蘄州，銷毀了全城所有藥店中被人們誤認為是黃精的鉤吻。之后，郡主和李時珍回憶起童年一次難忘的相遇，二人從此成為好友，常常出游郊外。荊王妃見郡主神情異樣，便開始給她張羅婚事。郡主堅持不嫁，提出李時珍才是自已的最愛。王妃叫來李言聞一番羞辱，要求他管束好自已的兒子。從此李時珍和萇葶都被家里嚴管起來。
世子朱成翊自愛妻去世后就常常在翠花樓酗酒鬼混。王府祭祖大典在即，世子的隨從何三求郡主出面把世子朱成翊叫回家。萇葶答應了何三的請求，但要何三帶她去見李時珍一面。李時珍和萇葶相見互訴衷腸，然后一起去翠花樓找世子。面對醉生夢死的哥哥，萇葶痛楚萬分。世子醉眼朦朧，見李時珍在場，便好一番羞辱。李時珍拂袖而去，對父親發誓不再見萇葶。
李家醫館來了一位經過特殊打扮的不速之客，堅持要李時珍為她看病。李言聞叫來李時珍，來人露出真面目，原來是朱萇葶。李時珍見是萇葶拔腿便走，萇葶一路追出來，在街上長葶摔倒把腳扭傷，李時珍才心軟地來扶起她，兩人和好如初，約定等李時珍考取功名后再嫁他。
朝中大臣嚴蒿托人來荊王府為公子嚴世蕃說媒，這正中王妃下懷，世子和王爺、王妃一起向郡主萇葶施壓，萇葶不為所動。王妃不得已答應女兒，如果李時珍考取功名，便同意這門婚事；如果李時珍考不中，萇葶便乖乖嫁到嚴家。李時珍去武昌參加鄉試，偶遇楚王世子并與他結為至交。朱成翊為拆散李時珍和萇葶這對戀人，讓何三想辦法讓李時珍落榜并身敗名裂。