徐長明從李行義那里得知李時珍已經死了，斯語等人悲痛萬分。大家正在給李時珍辦喪事的時候，李時珍卻奇跡般地回來了。原來，李時珍掉下山崖之后，幸虧被八戒師父發現。李時珍與斯語相見，相擁而泣。李時珍來到大牢之中看望李行義。李行義已經被判處凌遲處死，于是他提出讓李時珍幫忙，讓他體面地死去。李時珍設法給他一杯藥酒，等到行刑時，李行義已安樂死去。
嘉靖病愈后看見發瘋的景王，便交待崔方，讓他離開人間少受些罪。然后召見李時珍，想讓他為自己尋找長壽之法，但李時珍卻向皇上提出自己已經決意要離開太醫院，回家鄉去安心修本草。嘉靖無柰，同意讓李時珍離去。李時珍離京之前，將一本醫藥筆記交給徒弟金基泰，讓他帶回朝鮮，將中華醫藥學發揚光大。
李時珍回蘄州后，費盡周折將萇葶接回，與家人團聚，然后帶著兒子建元和徒弟龐憲等人專心編修《本草》，他們還輾轉湖廣、江蘇等地，歷盡千辛萬苦，尋醫問藥，為修本草收集第一手資料。萬歷六年，六十一歲的李時珍終于完成《本草》編修，并取名《本草綱目》。
為了此書付印，李時珍帶著黃一豐東奔西走卻到處碰壁，顧先生出面請王世貞為此書寫序。萬歷十八年，金陵藏書家胡承龍見到《本草綱目》，并欣然應允出資刻印此書。此后不久，李時珍和斯語先后去世。
三年后，《本草綱目》全部刻印完畢，萇葶滿意地離去。李時珍兒子建元將這部巨著進獻給神宗皇帝，神宗派使者將《本草綱目》送往大明鄰國，并流傳至世界各地。《本草綱目》不僅對中醫藥學具有極大貢獻，而且對世界自然科學的發展也起了巨大的推動作用。