黃一豐偷偷將十珍齋的牌子賣給丁冬強，可贖金還是不夠。黃一豐和玉蘭勸李時珍把修《本草》的一萬兩銀子先拿出來贖兒子，可李時珍沒有答應。
李時珍萬般無奈，找到李行義幫忙，李行義讓他不要著急，答應想辦法。李行義找到錦衣衛的雷子哥出面查找，孩子很快救出。綁匪原是黃一豐結義的把兄弟張軍。李時珍帶著斯語來見李行義表示感謝。
李行義救孩子的事引起崔方的懷疑。李行義意識到李時珍必須盡快離開太醫院，不然會影響自己的復仇大計。
李時珍的兩個兒子雖然救回來了，但是他們還常常從睡夢中驚醒。這讓斯語感到京城不是久呆之地。李行義找到斯語，讓她勸李時珍趕快離開京城，不然孩子還會有危險。斯語下定決心帶孩子們離開，李時珍堅持留下修《本草》，一家人含淚離散。
張惠妃和楊敬妃為了爭寵斗得不可開交，張惠妃懷孕，楊敬妃心情狂燥，擔心自已地位不保，找到李行義求助。李行義來到張惠妃府上，假裝關心其飲食起居，設下圈套，并推薦李時珍為其把脈，以保胎兒安全。張惠妃對李行義的指點心存感激。
張惠妃因服用李時珍開的保胎藥而流產，皇上大怒，欲治罪李時珍，李行義勸皇上將李時珍發配民間，將功補過，皇上照準。
李時珍知道自己是被冤枉了，但卻有口難辯。李行義前來為李時珍送行，李時珍行至半道私自返回京城，潛入黃一豐處，想將自已的冤情查清。
李時珍找到金基泰，讓其從太醫院偷出張惠妃用過的藥渣和藥灌，未能得手。李時珍被丁冬強發現，并馬上報告了官府。官方四處搜查李時珍，長葶將李時珍藏到白云觀的密室里。
斯語回到家鄉后放心不下李時珍，再次重返京城，得知李時珍的遭遇，為他擔心不已。