李行義的失蹤使李家焦急萬分，四處尋找。當他們在郊外的懸崖頂找到李行義的一只鞋后，相信李行義已經遇害，李家陷入了深深地悲痛之中。李時珍決定找出真兇，為弟弟報仇雪恨。他在黃一豐的幫助下來到惠民局藥材庫，找到了假阿膠等一批假藥。正當李時珍帶著“證據”，準備離開惠民局時卻被惠民局主管李堂發現。李時珍將計就計，掌握了惠民局制假販假等犯罪證據。李堂摸不清虛實，也不敢輕易加害李時珍，眼睜睜看著李時珍離去。李時珍到知府衙門狀告惠民局。知府得知自己一伙的罪惡行徑已經暴露，老羞成怒，授意李堂殺人滅口。是夜，張村有人來請李時珍出診，不料半道跳出殺手將他砍倒，并扔進村頭廢屋。斯語見李時珍夜深未歸，去張村尋找。經好心人指引，斯語終于在村頭的廢屋找到了奄奄一息的李時珍。斯語割血相救，李時珍得以生還。
李時珍在斯語和家人的照顧下身體慢慢康復，他說動父親支持他繼續告下去。他到了巡撫衙門狀告福成藥行與惠民局勾結貪污朝廷除疫銀兩、制假販假，使得瘟疫蔓延、百姓死傷無數。巡撫暗示李時珍不要再告。朱成翊也找到李時珍，以成全李時珍和萇葶的婚事為條件讓李時珍撤訴，遭到李時珍的拒絕。
很快，巡撫便用假的人證物證告李時珍出售假藥害死人命，將其緝拿歸案。危急之時，顧先生出面帶領眾鄉紳為李時珍求情。巡撫有所收斂，卻暗中找嚴世蕃問計。嚴府明示先定罪再說，巡撫隨即判李時珍秋后問斬。顧先生趕緊給親家刑部尚書馮天馭寫信求救，馮天馭研究卷宗后覺得案情重大，似乎與嚴家有牽連，隨即請內閣大臣夏言定奪，夏大人正愁找不到拿捏嚴嵩的把柄，下令徹查此案。
欽差大臣馮天馭到達蘄州，引起當地官府的恐慌。朱成翊勾結巡撫想殺李時珍滅口，可李時珍命大福大，又被馮天馭相救。很快，馮天馭便在蘄州查明了案情真相，讓朝野震動。
嚴世蕃哭求其父嚴嵩保命，嚴嵩無奈帶嚴世蕃去夏言府跪求開恩。夏言一時心軟，暗示馮天馭舍卒保車，放過嚴家。馮天馭無奈，只得將蘄州惠民局李堂和福成藥行何三打入死牢，判李時珍流放西域。