朱成翊與本地巡撫聽惠民局主管楊洪勤說宮中每年要進大量蘄艾，認為這是個賺錢的路子，于是吩咐家丁將鄉民的莊稼拔掉，強逼鄉民改種蘄艾。李時珍發現鄉民改種蘄艾后口糧沒有保障，便向父親學習種植蘄艾的方法，努力提高蘄艾產量，產量提高后可一半土地種蘄艾，一半土地還可種莊稼。
因蘄艾制作方法不對，百姓賣給惠民局的蘄艾又被如數退回，百姓怨聲載道。李時珍在鄰村走訪學習蘄艾制作方法時得知附近山上住著一位制艾高人，便獨自上山尋找求教。幾經周折，終于如愿見得一個叫華南的高人，也就是
李時珍守在華南屋外不肯離去，最后，華南被李時珍的誠心和人品感動，答應收李時珍為徒。
李行義發現蘄州出現了幾例肺瘟，因為此瘟疫非官府的阿膠不能治愈，于是趕緊報告惠民局。惠民局主管楊洪勤聯合知府和巡撫趁機向朝廷要錢，將幾例的肺瘟患者謊報為幾萬例，于是，朝廷下撥買阿膠除疫的銀兩全進了這三人的腰包。楊洪勤拿著大把的銀票到京城找到嚴世蕃，買了個太醫院院判的官銜。楊洪勤的下屬李堂提拔為蘄州惠民局主管。
不久，一場規模空前的肺瘟再次席卷蘄州，而朝廷除疫的銀子早已下撥。楊洪勤無奈之下找到嚴世蕃問計，嚴世蕃要求他發動當地藥商捐錢捐藥。藥商無計可施，只好用假阿膠充數。
李行義發現惠民局用假藥除役，義憤填膺。李時珍得知瘟疫在整個蘄州蔓延，想請華南下山相救。華南似有隱情，不愿下山。李時珍無奈之下只身下山救助染病的百姓，就在李時珍與施舍假藥的官員發生沖突時，華南突然出現，幫李時珍擺脫困境。沒有阿膠，李時珍與華南用羅漢果研制出一種藥有很好療效，疫情得到有效的控制。
福成藥行的何三一伙仿效李時珍的除役藥丸，制假販假，害死不少百姓，李行義與黃一豐決定要找到他們出售假藥的把柄。李行義只身前往福成藥行，發現那里正在大量制作假阿膠，不料被何三發覺打昏。當何三派人將昏厥的李行義拖至郊外的懸崖頂正準備拋下懸崖時，李行義被一直在暗中保護他的舅舅老焦相救。老焦帶著李行義回到了久別的京城，從此，李行義在舅舅老焦的指引下踏上了一條復仇的不歸路。