李言聞悲憤之極，進京求見蔣太后面呈李時珍的案情。嘉靖知道后命馮天馭重審此案。嚴嵩授意嚴世蕃將罪過轉嫁到荊王世子朱成翊的身上。嘉靖果然上當，以為朱成翊是幕后黑手。太后暗示要殺一儆百，打擊藩王，以穩朝政。嘉靖判朱成翊極刑。
之后，嘉靖還派大太監崔方赴災區慰問，并獎勵李言聞家救災有功。李言聞表明應該得到皇上獎賞的是李時珍的師傅華南。崔方見到華南時不由得大吃一驚，原來華南就是當年被宮廷追殺的太醫吳浩然。崔方頓生殺機。華南自知難逃一死，便支走李時珍，臨別前囑咐李時珍要完成他重修本草的愿望。
華南求崔方放過李時珍，因為他什么也不知道。崔方答應。華南坦然赴死。
李時珍回來找不到師傅，卻發現了以自己名義壘起的華南的墓碑，大慟，之后又發現華南留給他的一本太醫院醫簿，心中頓生疑惑。
蔣太后去世，嘉靖感覺到死亡臨近，下詔選一皇家血脈的少女為自己祈福，并讓道長負責煉制長生不老丹藥。萇葶知道自己和李時珍塵緣已盡，于是決意出家前往。李時珍找到萇葶勸她放棄這一念頭，被萇葶拒絕。
皇宮內建起煉丹房，道長帶來兩個徒弟，萇葶發現其中一個徒弟就是李行義，感到詫異。李行義求萇葶為他的身份保密，并要求萇葶不要讓他的家人知道他還活著。
李時珍的好友黃一豐和玉蘭結為了夫妻。李時珍心中念念不忘萇葶，當他偶爾從父母的談話中得知他和斯語早有婚約時，便開始有意疏遠斯語。
李行義受命修建煉丹房，乘機修建了從煉丹房直通嘉靖修道打坐秘室的通道，伺機復仇。嘉靖下詔召二百童女進宮獻血作為藥引，使第一批丹藥很快煉成。就在李行義著手復仇計劃的同時，被抽血的宮女們鋌而走險也決定謀殺嘉靖。可是謀殺失敗，參于謀殺行動的宮女全部被凌遲處死。李行義的復仇計劃被攪，一個叫楊雪英的宮女在李行義的幫助下躲過劫難并與之相愛。