李言聞悲憤之極，進(jìn)京求見(jiàn)蔣太后面呈李時(shí)珍的案情。嘉靖知道后命馮天馭重審此案。嚴(yán)嵩授意嚴(yán)世蕃將罪過(guò)轉(zhuǎn)嫁到荊王世子朱成翊的身上。嘉靖果然上當(dāng)，以為朱成翊是幕后黑手。太后暗示要?dú)⒁毁影?，打擊藩王，以穩(wěn)朝政。嘉靖判朱成翊極刑。
之后，嘉靖還派大太監(jiān)崔方赴災(zāi)區(qū)慰問(wèn)，并獎(jiǎng)勵(lì)李言聞家救災(zāi)有功。李言聞表明應(yīng)該得到皇上獎(jiǎng)賞的是李時(shí)珍的師傅華南。崔方見(jiàn)到華南時(shí)不由得大吃一驚，原來(lái)華南就是當(dāng)年被宮廷追殺的太醫(yī)吳浩然。崔方頓生殺機(jī)。華南自知難逃一死，便支走李時(shí)珍，臨別前囑咐李時(shí)珍要完成他重修本草的愿望。
華南求崔方放過(guò)李時(shí)珍，因?yàn)樗裁匆膊恢?。崔方答?yīng)。華南坦然赴死。
李時(shí)珍回來(lái)找不到師傅，卻發(fā)現(xiàn)了以自己名義壘起的華南的墓碑，大慟，之后又發(fā)現(xiàn)華南留給他的一本太醫(yī)院醫(yī)簿，心中頓生疑惑。
蔣太后去世，嘉靖感覺(jué)到死亡臨近，下詔選一皇家血脈的少女為自己祈福，并讓道長(zhǎng)負(fù)責(zé)煉制長(zhǎng)生不老丹藥。萇葶知道自己和李時(shí)珍塵緣已盡，于是決意出家前往。李時(shí)珍找到萇葶勸她放棄這一念頭，被萇葶拒絕。
皇宮內(nèi)建起煉丹房，道長(zhǎng)帶來(lái)兩個(gè)徒弟，萇葶發(fā)現(xiàn)其中一個(gè)徒弟就是李行義，感到詫異。李行義求萇葶為他的身份保密，并要求萇葶不要讓他的家人知道他還活著。
李時(shí)珍的好友黃一豐和玉蘭結(jié)為了夫妻。李時(shí)珍心中念念不忘萇葶，當(dāng)他偶爾從父母的談話(huà)中得知他和斯語(yǔ)早有婚約時(shí)，便開(kāi)始有意疏遠(yuǎn)斯語(yǔ)。
李行義受命修建煉丹房，乘機(jī)修建了從煉丹房直通嘉靖修道打坐秘室的通道，伺機(jī)復(fù)仇。嘉靖下詔召二百童女進(jìn)宮獻(xiàn)血作為藥引，使第一批丹藥很快煉成。就在李行義著手復(fù)仇計(jì)劃的同時(shí)，被抽血的宮女們鋌而走險(xiǎn)也決定謀殺嘉靖?？墒侵\殺失敗，參于謀殺行動(dòng)的宮女全部被凌遲處死。李行義的復(fù)仇計(jì)劃被攪，一個(gè)叫楊雪英的宮女在李行義的幫助下躲過(guò)劫難并與之相愛(ài)。