李時珍來到考場，卻因錯過時間不得進場，但他急中生智利用楚王世子贈送給他的腰牌總算進去順利參加了考試。
貢院的閱卷房內，當主考官馮天馭對一份卷子大加贊賞之后，很快又看到了另一份內容與之完全相同的卷子。這讓他頓生疑惑，很快查出這兩份卷子分別是李時珍和一個叫喬生的。喬生已經不知去向，李時珍被抓來審問。面對一身正氣的李時珍，馮天馭相信不是他作弊。經過周密地調查，他終于明白是荊王府在陷害李時珍。馮天馭不敢得罪荊王府，明確告訴李時珍是冤枉的，但他也無能為力。他勸李時珍三年之后再來考試，那時一定幫他。李時珍見官場黑暗，無心涉足仕途，便斷然拒絕。
李時珍落榜還被扣上個舞弊的帽子，回到家中，幾乎崩潰。從小一起長大并一直暗戀李時珍的斯語，在李時珍房門口守了三天三夜也不見他出房門半步。萇葶出現，一番話讓李時珍含淚走出房門。斯語見狀，十分傷心。萇葶對李時珍的信任使李時珍重新燃起生活的信心，他們相約私奔遠走他鄉。朱成翊良心發現，被妹妹和李時珍的愛情所感動，幫助他們逃出了蘄州。
但是，李時珍和萇葶幾經周折，歷經磨難，終究未能逃脫王府的追捕。萇葶在路上染病，被抓回之后便臥床不起。李時珍在王府遭受酷刑，加上擔心長葶，氣郁致病已是奄奄一息。李言聞和李行義到王府求情，李行義要求自己留下代兄受罰，讓病危的哥哥回家治病，荊王準許。
荊王府派人要李言聞到王府為萇葶治病，李言聞兩難。斯語主動請纓并立下生死狀代父去王府為萇葶治病。李時珍在父母的精心照料下病情有了好轉，長葶經李行義的治療和斯語的心理療法重現生機，王爺守諾將李行義、斯語放回家中。
李時珍科考失意，愛情破滅，灰心到了極點。李言聞決定讓李時珍學醫，這讓李時珍又燃起了生活的熱望。李父教導李時珍醫藥知識和處世為人的道理。一年一度放花燈的日子到了，萇葶借口出來放花燈在湖邊與李時珍相遇。倆人約定，等明年王府祭祖大典之時再次出逃，這一年萇葶決定做個乖乖女，要李時珍好好學醫，將來好養家糊口。
福成藥店內，漂亮的村姑龐玉蘭來為弟弟求藥，被荊王府的管家何三調戲，幸得黃一豐救助。黃一豐將玉蘭引見給李時珍，由李家為其弟診治足疾。