徐階，高拱為挽回裕王在皇上面前失寵的局面，勸裕王出馬督戰。裕王請命，得到皇上準許。嚴世蕃等處處設局，要置裕王于死地。李行義深夜來到嚴府將一劇毒藥包交給嚴世蕃，并交代此藥包可使裕王全軍的軍糧腐爛，嚴世蕃會意。裕王出征要帶隨軍太醫，太醫院無人愿意出征。正在告假的李時珍主動請纓，裕王將信將疑，免強同意。因李時珍曾跟隨景王令裕王很是反感。
臨行前，李時珍和斯語與孩子話別，安排了家事，又來到黃一豐處告別。黃一豐反復叮囑李時珍，敵我交戰非同兒戲，要他注意安全，為了家人平安返回。
就在嘉靖為裕王送行之際，有人偷換了軍隊的藥品車輛。
裕王、高拱率兵抵達邊關豐連城。韃靼人很快便兵臨城下。裕王、高拱方才明白是中了嚴世蕃的圈套。高拱懷疑李時珍跟來一定不懷好意，派衛士阿木盯著他的一舉一動。李時珍準備查看軍中用藥，士兵不讓其靠近。李時珍來到裕王大帳前求見裕王，高拱出面接見了他，并羞辱他是嚴世蕃派來的走狗。被閑置起來的李時珍依舊盡職盡責，任勞任怨，查看用水是否安全，為馬夫療傷，同士卒和馬夫打成一片，心情顯得開朗起來。
接著，明軍營中有內J在軍糧中投毒，士卒紛紛病倒，豐連城危在旦夕。是夜，有箭射向韃靼王大帳，韃靼王從箭上取下信箋，得知明軍全軍染上了痢疾。韃靼王不敢相信，決定派探子明軍營地打探虛實。
明軍幾乎完全喪失了戰斗力，全軍已無可用藥品。軍醫官說出征前所帶藥品均有李時珍驗過，裕王大怒，下令拘捕李時珍，而軍中早已不見李時珍的身影，裕王高拱斷定李時珍是景王和嚴世蕃派來的內J。山中采藥的李時珍通過當地百姓尋得醫治痢疾的偏方，治好了監視他的阿木，在回城的途中，李時珍和阿木驚奇地發現，豐連城早已被韃靼人圍得水泄不通。二人冒死穿過敵人的封鎖線，回到明軍大營，將治痢疾的偏方告訴了將士們。可當他們走進主帥大帳時，高拱立即下令逮捕李時珍。阿木堅持李時珍是忠臣以死相保，并要高拱放了李時珍，自己出城去搬援兵。高拱將信將疑同意阿木出城，但李時珍不能放。
明軍將士用過李時珍尋來的偏方后，疫情得到控制。韃靼人猛烈攻城，裕王與將士同仇敵愾，浴血奮戰。阿木搬來援兵，明軍大敗韃靼人。裕王和高拱終于認識到李時珍才是堂堂正正的君子。