因為有李時珍的藥膳方子和斯語的手藝，黃一豐的藥膳館——十珍齋的生意一直很好，這讓小財主丁冬強十分眼紅，于是他在十珍齋的對面也開了一家藥膳館百珍齋。很快，百珍齋和十珍齋雙方爭搶生意打起價格戰。黃一豐眼看生意不好，開始逛Du場和JI院。他老婆玉蘭知道后，便和他大鬧了一場。在李時珍和斯語的勸說下，兩人總算和好如初。丁冬強找來當地黑老大大鍋堂幫忙，欲將十珍齋趕出京城。大鍋堂帶人砸了十珍齋的場子，黃一豐帶景王徐管家和侍衛將大鍋堂一伙制伏。
嘉靖來到煉丹房，李行義和萇葶分別向皇上建言重修《本草》，嘉靖決定拔壹萬兩銀子給李時珍啟動編修《本草》工程。李時珍大喜，以為自己畢生愿望就要實現了。
李行義為了控制景王，給他服食成癮的火麻仁丹藥。一旦停服此藥，景王便會發病，丑態百出。一次，正好讓嘉靖見到，嘉靖對景王失去信心，于是賜湖廣德安府為景王封地，讓其病好后離京。李時珍奉皇命為景王治病，景王情緒失控，趕走了李時珍。景王一時沖動之下收買殺手謀害裕王，結果沒能傷及裕王，卻將同行的高拱剌成重傷。這引起了嘉靖的強烈不滿。
李行義希望嘉靖的兒子們以及嘉靖父子之間自相殘殺，現在他想毒死裕王然后嫁禍于景王，于是他去與嚴世蕃密商，利用裕王例行檢查的機會，以治病為名從中下藥，達到讓裕王慢性中毒致死的目的。嚴世蕃不知李行義的詭計，他只是想毒死了裕王便保住了景王從而也就保住了自己，于是交待楊洪勤辦理此事。
楊洪勤依計來給裕王查病，他把脈后告訴裕王已患風寒，開了“藥方”。嚴世蕃擔心李時珍發現楊洪勤“藥方”里的秘密，決定對李時珍開刀。李行義得知后，找到李時珍勸他離開京城兩年。李時珍心系重修《本草》大業，沒有答應。
李時珍加緊查找資料，做好編修《本草》的準備工作。他常常廢寢忘食，斯語默默照顧著他。
百珍齋老板丁冬強找到玉蘭，告訴她黃一豐在JI院，玉蘭找到黃大吵大鬧。李時珍的兩個兒子從書院回家途中被人邦票，索要二萬兩銀子，黃、李兩家拿出全部家當依然不夠，這不禁讓他們焦急萬分。金基泰也趕來想辦法救師傅的兒子。