李時珍的痛苦和茫然使斯語感覺到自己成了李時珍感情上最為沉重的負擔，于是決定遠嫁他鄉。就在斯語含淚嫁人時，李時珍幡然醒悟，追回了斯語，兩人終于結為夫妻。
嘉靖康復后決定搬去西苑萬壽宮，朝中大小事務由嚴嵩代為料理。離開皇宮前他特意召見了楊雪英，并且將她留在身邊加以寵幸。李行義在冰冷的宮中剛剛萌生起來的愛情，又被嘉靖占有，新仇舊恨使李行義怒火中燒。
太子在冊封大典時因服用丹藥而亡。李行義按舅舅老焦的苦肉計供出道長和老焦，道長和老焦被處死，李行義贏得嘉靖信任，被提升為道長。楊雪英為嘉靖懷上龍種，被皇上冊封為敬妃。不料遭情同姐妹的張惠妃暗害，楊雪英流產，從此被嘉靖冷落。
又是十幾年過去了，已經三十多歲的李時珍告別父母妻兒，來到楚王府擔任奉祠正一職，因為治好了楚王兒子的怪病，得到楚王的賞識。
李時珍為了完成修本草大業，請求楚王推薦自己進太醫院。楚王答應了，推薦李時珍進京報考太醫院，并告訴他考太醫院要過嚴世蕃這一關。
李時珍來到京城，在高拱府上找到了父親的舊友太醫院院使徐長明，并與徐長明一道為高拱診斷出多年的頑疾，深得高拱賞識。李時珍在高拱的引見下拜會了裕王，裕王樂意推薦李時珍進太醫院。李時珍的推薦信經楊洪勤之手送到嚴世蕃手上，嚴世蕃氣急敗壞，暗示楊洪勤在考場上好好“對待”李時珍。
太醫院考場上，李時珍大明醫圣李時珍分集劇情介紹?第一個交卷，楊洪勤正欲做手腳，恰好徐長走進考場，表示要與楊洪勤共同監考。前面各科考試李時珍考試成績均在大明醫圣李時珍分集劇情介紹?第一，但最后一輪辨藥考試中，因為楊洪勤偷梁換柱，使得李時珍中計失誤。李時珍的名字被嚴世蕃從考生中劃掉。后來，因為裕王和高拱出面力保李時珍，嚴嵩為了平衡各方勢力，命楊洪勤將李時珍錄取為太醫院實習醫師。李時珍終于如愿進了太醫院。
接著，被錄用的實習醫師們在楊洪勤的帶領下熟悉每一項宮廷禮儀和太醫院的規矩。在實習過程中，李時珍虛心求教，隱忍苦學。