馬春來手下的劉參謀不小心把槍丟了，馬春來只好向馬耀南匯報，馬耀南就把劉參謀叫來仔細盤問，他支支吾吾，馬天民當眾揭穿劉參謀抽鴉片，劉參謀只好跪地求饒，承認犯了煙癮，就把一個班的戰士扔下不管，還把槍支換鴉片了，馬春來狠狠教訓劉參謀，馬耀南下令把劉參謀送軍法處，馬春來苦苦為他求情，可馬耀南堅持按照軍法處置。
那一夜，馬春來和馬耀南都一夜無眠，馬春來覺得馬耀南會念及舊情，對他的兵網開一面，可馬耀南一早就下令對劉參謀執行槍決，馬春來不服氣，對馬耀南心里產生了怨氣，馬耀南和楊立群商量加強干部戰士的政治思想工作，專門成立學習班，讓戰士們分組學習，展開批評和自我批評。
馬耀南讓戰士們暢所欲言，有人指出了劉參謀吸食鴉片的危害，還有人當面批評馬曉云隨意打罵士兵的情況，馬曉云還擅自留下繳獲的炸藥，馬曉云脾氣爆，當場久期的大發雷霆，馬耀南趕忙制止他，楊立群解釋說明馬曉云懂炸藥，才讓七團負責保存這些繳獲的物資，如果各團需要炸藥，可以向他和馬耀南提出申請，楊立群和馬耀南敦促馬曉云改掉亂罵人的壞脾氣，馬曉云只好照辦。
通過這次學習班，馬曉云覺悟大幅度提高，他主動來找楊立群申請加入共產黨，楊立群答應向上級匯報。膠濟鐵路屢遭破壞，藤野惱羞成怒，下令不惜一切代價殲滅胡鳳林的部隊，馬天民得知日軍大舉進犯胡鳳林的駐地，立刻派人通知胡鳳林趕快轉移，胡鳳林不想撤退，命令部隊雙崗雙勤加強警戒。
日軍對胡鳳林部隊的駐地展開瘋狂進攻，戰士們拼死抵抗，可是日軍炮火猛烈，戰士們傷亡慘重，胡鳳林親自上戰場，掩護王自衡大部隊后撤，雙方展開激戰，胡鳳林戰死沙場，馬耀南聽說這個噩耗，就把馬曉云和馬天民叫來商量，他們發誓要為胡鳳林報仇，馬天民想找地方安頓胡鳳林的妻子和孩子，順便也把老婆和孩子們接出來。
沈逄陵奉命對胡鳳林部隊改編為山東省保安第二十四旅，王自衡任旅長，沈逄陵提醒王自衡要和第三支隊劃清界限，站穩立場，效忠黨國，口口聲聲稱第三支隊是異黨的部隊。三支隊的戰士想通過二十四旅的防區，衛兵搬出王自衡的命令把他們攔了回來，馬天民只好去找王自衡理論，王自衡反復講明不會下這樣的命令。
馬天民看出王自衡被沈逄陵收買了，可是王自衡的防區是重要的交通要塞，馬耀南就和馬天民商量改在晚上通過。馬老夫人聽說八路軍的一個司令戰死了，她急火攻心一病不起，擔心是三個兒子遭遇不測，她派大兒媳向董叔了解情況，董叔最近身體不舒服不知道詳情，答應馬上去問清楚。
為了削弱馬耀南在魯中地區的影響力，沈逄陵向國民政府上報，讓石友三出面把孟顯龍的部隊調往河北整訓。孟顯龍很快就收到上級的命令，他不敢抗命，只好留下翟寶玉繼續和馬耀南合作抗日，馬耀南接到孟顯龍的電報，想派人去阻止他去河北，可為時已晚，馬耀南親自騎馬去追孟顯龍。
臨走前，孟顯龍反復叮囑翟寶玉，要摒棄前嫌和三支隊通力合作，馬耀南快馬加鞭一路追趕，可還是沒有追上，他只好原路返回。楊立群和姚仕民把警衛員狠狠訓斥了一頓，埋怨他不該讓馬耀南獨自出門，馬耀南很快返回來，楊立群提醒馬耀南以后不能單獨行動。
齊化文聽說孟顯龍被調走，知道馬耀南已經孤立無援，他立刻派人嚴密關注馬耀南的一舉一動。馬耀南向郭玉中匯報了魯中地區的情況，郭玉中向他傳達了上級的指示，批準馬耀南加入共產黨，并為他舉行了入黨宣誓儀式。齊化文打探到馬耀南帶一小隊在淄川一帶活動，立刻向藤野匯報，藤原立刻集結隊伍前去圍剿。與此同時，郭玉中接到報告，得知日軍正在向駐地進發，他們趕忙轉移。
郭玉中和馬耀南完成戰略轉移，郭玉中想請馬耀南到省委做統戰工作，可他放不下三支隊，郭玉中向他講明統戰工作的重要性，馬耀南才勉強答應，楊立群大為不滿，不想讓馬耀南離開三支隊，馬耀南堅持要聽從省委的安排，楊立群只好去找郭玉中抗議，口口聲聲是稱馬耀南是三支隊的靈魂，姚仕民隨后趕來，郭玉中只好做出讓步。
上級指示馬耀南成立地方政權，他就把這件事交給姚仕民全權辦理，日軍突然偷襲章丘，馬耀南猜到是沖著翟寶玉防區，就下令章丘的部隊做好戰斗準備，派馬天民通知翟寶玉做好防范。
馬天民快馬加鞭來到翟寶玉的防區，可守衛的士兵不許他進門，馬天民大聲提醒翟寶玉，可他卻不以為然，日軍對翟寶玉的部隊展開瘋狂進攻，他們被打得措手不及，馬耀南聞訊，就派馬曉云帶隊前去增援，馬曉云帶隊趕往防區，看到那里被炸成一片廢墟，迎面遇到呂洗塵帶著工兵營的戰士突出重圍，得知翟寶玉的部隊傷亡慘重，他們和大部隊失去聯系，馬耀南隨后趕來，呂洗塵想帶著工兵營加入三支隊，馬耀南當即決定把他們改編為獨立營，呂洗塵出任營長兼教導員。
中日在武漢展開大會戰，最終武漢失守，日軍的戰線越來越長，藤野為了給前線籌集軍需和物資，對魯中地區的八路軍進行大規模圍剿，齊化文聽說鄒平只剩下八路軍一個營的兵力，他立刻向藤野報信，藤野下令對鄒平進行突襲，很快占領了鄒平縣城，馬耀南不想和日軍硬拼，想保存實力，擇機而行，立刻派人通知馬尚明趕快撤離，馬耀南派馬天民通知駐守長山縣的馬春來做好撤離的準備，可他堅決不干，發誓和日軍決一死戰。
沈逄陵派高宏遠和張國千前往長山城勸說馬春來倒戈，馬春來不想背叛馬耀南，高宏遠和張國千苦苦規勸，向他講明利害關系，馬春來也心動了。就在這時，齊化文來找馬春來，趁機打探長山縣城的防守情況，他立刻回來想藤野報告，長山縣城易守難攻，可馬春來疏于防范，而且武器也是東拼西湊的，齊化文還畫出長山城的布防圖。
馬曉云聽說沈逄陵派人勸說馬春來，擔心他會倒戈，馬耀南堅信馬春來的人品，讓馬天民去找馬春來談一談。馬天民很快返回來向馬耀南匯報，他發現馬春來口氣大變，日軍派人喬裝改扮混進長山城，把守城的士兵全部打死，把城門打開，日軍長驅直入占領長山城，馬春來被打得措手不及，率領官兵艱難突圍，可是日軍炮火猛烈，戰士們傷亡慘重，宋貴祥帶兵前去增援，把鬼子增援的部隊引到一邊，馬春來才知道上了沈逄陵的當，他親自上陣和日軍展開激戰，最后子彈打光，他身受重傷，被日軍團團圍住，他拉響手榴彈和日軍同歸于盡。
馬天民率部隊來長山縣城增援，發現縣城已經失守，馬春來英勇犧牲，宋貴祥得知馬春來全軍覆沒的消息，立刻帶隊去找沈逄陵復命，韓北旺帶領六團的戰士殺出重圍，馬不停蹄來投奔馬耀南，馬耀南任命他為六團團長。
齊化文打聽到馬天民的妻子和孩子們躲在胡家莊，立刻帶日偽軍前去搜查，多虧胡鳳林妻子事先發現，趕忙把他們母子三人藏到玉米秸稈堆里，偽軍里里外外搜查了一遍，沒有發現任何異常就走了，馬天民妻子和胡妻告辭，帶著兩個孩子立刻離開胡家莊。
孟顯龍的離開，再加上長山城的失守，以及馬春來的犧牲，軍心渙散，馬耀南陷入前所未有的困境，他拜讀了毛澤東的《論持久戰》，感覺頓開毛塞，立刻組織召開軍事會議，結合書中的觀點，檢討過去的教訓，楊立群當即決定從城市戰略轉移到農村，對部隊積極整訓，在敵后和日軍展開持久戰，游擊戰。
部隊整訓結束以后，馬耀南奉命帶領警衛營和七團返回鄒平和長山一帶展開游擊戰，楊立群率特務團和使團前往臨淄，姚仕民帶領長秋獨立營繼續留在原地駐扎，馬耀南號召大家齊心協力和日軍抗戰到底。
馬耀南派馬天民為部隊籌糧籌錢，他連夜來找妻子幫忙，讓她把孩子們送回娘家，馬天民帶著妻子來投奔郭會長，郭會長趕忙讓廚房給他們準備飯菜，還拿出二百塊大洋打發馬天民，借口兵荒馬亂不敢收留他們夫婦，馬天民連連解釋不是為錢，賭氣要帶著妻子離開，郭會長只好又拿出200塊大洋，馬天民還是賴著不走，郭會長只好答應出兩千塊大洋才把他們倆打發走。
馬曉云奉命破壞鬼子的運輸補給線，他事先帶人在高苑縣城偵查情況，很快找到日軍的布防圖，帶特別行動隊夜襲高苑縣城，神不知鬼不覺闖進偽軍的駐地，把他們一舉抓獲，馬曉云帶人闖進維持會會長劉恩澤的家里，當場把他抓起來，劉恩澤苦苦懇求馬曉云放過他的老婆和孩子，馬曉云親自處決了劉恩澤，齊化文得知這個消息，嚇得六神無主。之后不久，馬曉云炸毀了日軍運輸線，藤野很惱火。
馬耀南接到中共中央的指示，讓三支隊選送62位干部到魯南“山東抗日軍政干部學校”和延安“抗日軍政大學”學習，馬耀南和楊立群很快擬定了名單，讓鮑主任帶隊前往。