侍衛賽威、賽虎將刺客小燕子五花大綁，帶到皇后的景仁宮問罪，皇后終于抓到小燕子犯錯的把柄，見獵心喜，讓容嬤嬤教訓小燕子，小燕子全身被捆綁得像粽子一般，無力還擊，被容嬤嬤左右開弓，打了好多耳光。頓時大喊︰皇阿瑪救命……皇后得意的看著她冷笑，好整以暇的說道︰進了景仁宮，皇上救不了你的命了！
同時，漱芳齋的四個小太監，都豁出去，不顧一切，飛奔到延禧宮，跪地磕頭，哭喊著求乾隆趕快去景仁宮，救救被抓走的格格……乾隆被驚醒，大驚之下，立刻趕到景仁宮，見到已經被打到面頰紅腫，五花大綁的小燕子，頓時對皇后大為不滿。但，皇后振振有詞，乾隆知道小燕子翻墻，又是心痛，又是頭痛，只得先把小燕子帶回延禧宮問個清楚。
小燕子被帶回延禧宮，看到乾隆心痛的眼神，聽到乾隆溫和的詢問，小燕子感動莫名，真情流露的向乾隆哀訴自己的委屈，并懇求出宮探望友人的心愿，但乾隆卻和小燕子交換讀書的條件，令小燕子無可奈何！
鬧了一夜翻墻挨打的小燕子，在御花園嘰哩咕嚕，喃喃自語，煩惱乾隆居然還要她讀，不知何時才能出宮？正在低頭急走時，卻不慎撞到了拿著畫架的班杰明，這班杰明只要碰到小燕子就會出狀況，這次也難免，在一連串的狀況下，班杰明竟然被小燕子一撞，又撞進了池塘里……
小燕子巧遇永琪和爾泰，懇求永琪能幫助她出宮，以便探望她的結拜姊妹夏紫薇。當小燕子說出紫薇的名字時，爾泰心中也證實了小燕子是位「假格格」，情勢讓爾泰為小燕子的前景感到擔憂，但永琪卻憂慮小燕子與皇后為敵的處境，小燕子突然感覺自己進入了四面楚歌的危險狀態。
居住在福家的紫薇，傷勢漸漸康復，也漸漸顯露了她自身的才情，更讓爾康對紫薇一往情深和心疼。兩人幾度交心，情愫逐漸加深。但是，紫薇的操守和人品，使爾康不敢冒犯……
小燕子為保住自己的腦袋，決定勇闖如意館，以便毀掉在班杰明手上的那張街頭畫像——會砍腦袋的證據。小燕子經過白天的地形勘查，趁著寧靜的深夜，輕巧的躍入如意館，在畫室里東翻西找，就是找不到那張把柄，但卻被埋伏在如意館的班杰明嚇得狼狽奔逃，班杰明伸手，利落的抓住了她……
小燕子被班杰明逮到，知道逃不掉了，覺得人人可以要她的腦袋，她又逃不出皇宮，不禁悲從中來，在班杰明面前落淚了。這樣的小燕子讓班杰明眩惑，經過一場交心之后，兩人在宮外的誤會冰釋，班杰明也向小燕子保證會全力保住她的腦袋。兩人從此成為哥們。
爾康為解除紫薇心中許多謎團，決定要讓紫薇和小燕子會面。隔日爾泰毅然的告訴小燕子，紫薇就在學士府，小燕子震驚后崩潰的大哭，并誠實的說出自己一路病得迷糊，一路沉醉在父愛懷抱的震撼歷程，小燕子對紫薇深感歉意，急于脫身卻不得章法懊惱至極，永琪知道真相后無比的震撼。
小燕子處境堪慮但卻對皇宮充滿好奇。一日，跟蹤永琪、爾泰來到射擊場，被射擊場禁衛軍的英武氣勢所吸引，在那兒嘰哩咕嚕大吹牛。殊不知乾隆已經來到她的身后，聽到她自封為神射手，十分好笑，也十分好奇。竟然破例的讓小燕子進了女人禁區的射擊場。和永琪、爾康、爾泰、班杰明等人比賽了一場非常有趣的射擊，乾隆更一時興起，親自表演了令人刮目相看的射擊神技。這一幕，皇后親眼目睹，見小燕子屢享特權，逐漸擄獲乾隆的歡心更是憤憤不已。
小燕子漸漸得到乾隆的歡心，這讓真假格格的騙局更顯危機，永琪決定先到福家一探紫薇。當永琪和紫薇兄妹相見之后，百感交集，他已不知不覺喜歡了小燕子，只能請求紫薇顧及小燕子的安危三思而行。
在宮中的小燕子，天天活在對紫薇的歉疚中，而唯一可以分攤小燕子心事的唯有班杰明。一日，班杰明發現小燕子在皇宮一隅看落日，不由自主陪著她聊天。四個太監在一旁偷看，小凳子最迷西游記，悄悄告訴其它太監，班杰明黃頭發，黃寒毛，一定是孫悟空變來保護格格的。其它太監說那有這么大只的孫猴子？幾個嘰嘰咕咕，爭論不休。
一旁看落日的小燕子忽然發現，班杰明的小名是班杰，跟斑鳩諧音，不覺大喜。認為斑鳩和小燕子是同宗，都是鳥類家族。班杰明迷惑在小燕子的笑語中，欣然接受斑鳩這個稱呼。但是，小燕子悄悄對他說︰以后不可以隨便翻跟斗！他問為什么，小燕子調皮的說道︰因為中國有句俏皮話，斑鳩翻跟斗，是賣弄花屁股！班杰明不禁又好笑又好氣。但是，從此，小燕子就喊班杰明為斑鳩。兩人的情誼，也更進了一步。
班杰明這才明白小燕子在捉弄自己，最后默然了"斑鳩"這稱號，但不許她在別人面前賣弄，這時五阿哥來找小燕子說有話和她說，班杰明識趣的離開了，五阿哥和小燕子談起了紫薇，說她有深度有涵養，對于這件事很傷心。
小燕子回到漱芳齋要給紫薇寫信，卻怎么也寫不好，扔了滿地廢棄的紙。最后還搞了個大花臉，最后去找班杰明，告訴了他紫薇才是皇上的女兒，她才是真格格，但是自己卻辜負了她，自己成了格格，她就是想辦法把格格還給她。請求班杰明給自己畫幅畫。
小燕子把信托永琪帶給紫薇，原來大字不識幾個的小燕子托人帶來的是畫不是信，正當眾人猜不透小燕子畫中之意時，紫薇竟將小燕子的畫用詩表達出來，令眾人對紫薇的才情佩服不已，尤其是爾康。
紫薇從畫中得知小燕子乃是身受重傷才得以入宮，又知道乾隆仍未忘了自己的母親。在深思之下，紫薇決定放棄認親之事，將此秘密永藏心中。
五阿哥回到宮中告訴小燕子紫薇原諒了她，小燕子高興的大嚷大叫，但是還是想把格格還給紫薇，小燕子慶幸皇后不是五阿哥的娘親，承認了班杰明知道她所有的秘密，五阿哥很為她擔憂，讓她不要東說西說的。
乾隆為調教小燕子，命令小燕子和眾阿哥等人一同上課，班杰明也來聽紀曉嵐的課，課堂上紀曉嵐考察還珠格格，永琪和爾泰的幫忙但是她還是回答的一塌糊涂但也為平靜的課堂帶來了笑聲及活力。堂下幾個人都一起恭維小燕子詩做的很好，會打得更精彩。
回到漱芳齋幾個人給小燕子上課講解四大才子，誰想她居然把四個太監做四大才子，明月彩霞叫兩大美女，逼迫他們以后都這么稱呼自己，又招來幾人的一陣笑。