相國要太后召集三公九卿議事，撤了嬴政的王位，將他貶為庶民，另立國君。太后不同意，而太守也站在太后這邊。相國笑太守是為自己的國丈地位考慮，逼他交出殺阿房的兇手。公孫信和范英等人說到了"長玉計劃"，公孫信決定把阿房變成第二個長樂公主，來刺殺嬴政。公孫信命人專門保護阿房的安全，還要對阿房曉之以理、動之以情，最后交她練習用短刃。范英推薦了逸云。而逸云此時正坐在水邊回憶她和蒙恬在一起的點點滴滴。
趙國使臣來秦，向太后獻上了千年靈芝煉就的靈丹一顆，并附上了煉丹的方法。太后命嫪毐妥善收藏。太后不禁感嘆夏無且和夏玉房煉丹未成卻遭遇不測。彤雄回到咸陽來見彤肆，彤肆擔心大王借兵反咸陽的事，彤雄則不以為然。彤雄用一些事要挾彤肆，彤肆答應讓他當護軍都尉。彤肆讓彤雄去找王后彤酈以謀求更高的職位。
彤雄找到王后，并呈獻了太守賞給他的王后的舊物---一條舊汗巾，他以為王后會賞給他百兩黃金。王后問了彤雄執行太守規定的任務的情況。聽說連大王也包括在太守要謀反的計劃中，王后沒動聲色。彤雄對王后口出狂言，還妄想自己住在大王的寢宮之中。彤酈命人取大王的酒具來招待彤雄。
相國來找太后問大王的下落，太后并沒有告訴他，反而有意無意地兜圈子。相國想用和太后多年來的情份打動她，太后卻不以為然。太后不讓相國過問大王的事，并請相國走了。見到相國在太后面前失了勢，嫪毐很得意。
彤雄用大王的金杯喝酒，他覺得酒的味道略有不同。彤酈說什么毒也毒不死他。彤雄回想起上次在虎關中毒的事，頗不以為然，仍然以為自己命大。聽說大王為阿房上斷頭臺的樣子，彤酈不禁啐了一口。不一會兒，彤雄毒發，感覺疼痛難忍。彤雄拔了劍欲殺彤酈，卻沒有力量了。終于他被毒死了。
嫪毐趁太后睡著的時候打算偷吃趙國進貢的靈丹，不料卻被太后發現了。太后命人將他倒立起來吐出藥丸，士兵建議剖開肚子取出藥丸，嫪毐反抗逃走，士兵去捉。王后彤酈來見太后的時候被嫪毐撞倒，王后稟報了殺阿房的兇手已經伏法的消息，并向太后請求親自去上庸接大王回來，太后同意了。聽了太后說被偷的東西，彤酈不解其意。
公孫信聽了上庸方面的消息，他安慰阿房大王并沒有死，而公主去見大王也不是要為了行刺。阿房請求自己去勸大王兵不血刃，勸他放棄一切變回小木匠和她在一起。但是公孫信卻說遲了。阿房問自己什么時候可以見到爹和師兄，公孫信只好騙她說他們傷勢重，暫時不宜見面。
太后來看相國，發現他醉臥在椅子上。太后和相國聊天，太后說出了自己對于相國的觀察，相國也表示了自己的情感專一。太后請相國諒解自己最近脾氣不好。相國認為大王不會只要彤雄一個人的首級，他是要和相國、太后算舊賬。太后說出了事情的真相，她想還政于大王。而相國卻責備她忘了以呂易嬴的誓言。相國堅決反對讓大王回宮。太后和相國說到了嫪毐，太后后悔自己因為情欲而無法自拔。相國發現嫪毐變成了另外一個自己，他要鏟除他，但是太后卻說相國低估了嫪毐。相國一心要除掉嫪毐，太后讓他小心。
正當相國和太后擁抱在一起的時候，相府管事稟報了大王回宮的消息，要求打掃明月宮停放水晶棺材。相國和太后一驚。
相國和太后聽說了大王以水晶棺材成殮"阿房"。一路上煙塵滾滾，大王率軍回宮。嫪毐要用寶劍剖開肚子取出靈丹，太后制止了他。太后聽嫪毐說靈丹的藥效發揮得如此神奇，她要他把活的靈氣傳給自己。
"阿房"的靈柩被安放到了明月宮，大王、太后等人一起來到明月宮。大王要封鎖明月宮，除了他自己，任何人不得靠近。大王不停地對水晶棺材里的"阿房"?說話，他會如何乞求天地賜予她靈氣使她復活。太后安慰大王放下阿房的事，準備處理國事。大王以"阿房"的棺材發誓，凡是牽連到刺殺她的人，大王一個也不放過。嫪毐和彤肆聽得心驚膽戰。
嫪毐和太守商議了大王回宮后的情勢，太守說了自己準備兵變的情況和拉攏的大臣們索要的好處。嫪毐要太守把一切好處都先答應下來。說到韓非，他們定計抓了他處死來阻止韓國幫助大王。而給韓非定的罪名就是私下買奴。他們決不給韓非求大王特赦的機會。
逸云夜探將軍府，她看到蒙恬在寫字。范英突然出現拉逸云走，逸云走時撞到了花盆上弄出了聲音，蒙恬發覺有人帶了匕首追出。范英和逸云躍上墻頭，蒙恬的飛刀刺傷了范英的手臂。逸云帶范英到了一個山洞中，范英說了自己是在等逸云。逸云從范英的口中得知了"萬字幫"要實行的"長玉計劃"的始末。逸云表示自己無力幫上忙勸阿房刺殺大王。逸云打算自己去行刺，而范英認為她不適合。逸云要給范英上藥，卻被拒絕了。
大王和阿丹守在"阿房"的棺材旁。大王想起上次叫盧生幫阿房看她在明月宮的設立寶座的時候說的"映月而坐，天造地成；映月而臥，刁斗鏖兵。"大王和阿丹說了盧生的預測，大王越發覺得盧生的預測是靈驗的。大王感慨生死，正一籌莫展的時候，聽阿丹說趙王派人送來一顆千年靈丹，有起死回生的功效。但是被太后發現嫪毐想偷吃。大王決定想太后要靈丹救活"阿房"。
大王向太后要靈丹，太后推三阻四，就是不肯給大王。太后說靈丹丟了，大王當即揭穿了嫪毐偷吃的真相。太后被逼得沒辦法，只得讓大王在自己這里翻找。大王無可奈何地走了。逸云為范英包扎了傷口，范英問她有沒有見過阿房用針治病。范英說了公孫信要對阿房實施"靈海消塵"術，逸云感到了殘忍。逸云也想忘記過去，她被范英責問的時候，說了自己不堪回首的痛苦回憶。范英只好安慰她。
大王叫蒙恬帶一千秦鎰和十五萬精兵去向趙王再要一顆靈丹來，蒙恬領命而去。臨行前，蒙恬讓阿丹看好大王。大王等蒙恬走后還是不停地和棺材中的"阿房"?說話，說自己救活她要采取什么措施，也說了自己下令建造的宏偉工程。王賁來見大王，述說了韓非被捕而引起上庸兵圍攻太守府的事。大王要王賁代替蒙恬前去降旨放人。他也聽說了太守給韓非安的罪名。大王不禁感慨韓非如同飛蛾撲火。韓非被太守殺死在獄中，死前說出了"書生不容于秦，秦必滅亡"的話。王賁遲來了一步。
太廟早已經派人駐守，專人把韓非的尸體抬入了太廟，眾多將士也聚集在太廟，大王全身披甲，在太廟問案。太守、嫪毐被帶到太廟，他們向大王喊冤。太守說了很多為自己辯解的話。大王拿出了大臣上表的太守的罪證。太后和相國匆匆趕來太廟，遭到了阻攔。太后見有阻攔，心急如焚。嫪毐讓阿丹轉告大王讓他放了自己，免得自己嚷嚷出丑事來。大王讓人放了嫪毐，并請他到后殿去。
相國被激怒了，他要點兵來對付大王。相國硬把太后拉走了，太后很是放心不下嫪毐在里面胡言亂語。阿丹要伺候嫪毐卻被他推開，大王親自為他捶腿。嫪毐說出了阿房是因為撞見自己和太后行云布雨才離開咸陽的，而后大王也知道了他是個假閹人的事，親手閹割了嫪毐后殺了他。嫪毐的慘叫聲傳到了外面，彤肆聽得戰戰兢兢。
王后求見大王，并帶來了金杯之酒。王后被準許進了太廟，大王讓她賜彤肆一杯金杯之酒。太守還是不住地哀求彤酈求大王放了他。彤酈迫于無奈，哀求大王，眾大臣也求大王開恩。而大王說起了韓非的冤屈，要彤酈去求韓非，如果沒有風吹燭動就算他答應了。彤酈向韓非的尸體悲切地陳述著，然而天空電閃雷鳴，韓非的眼睛睜大了。彤肆知道自己沒有了再活下去的可能，主動喝了毒酒。大王親自用手重新把韓非的眼皮闔上了。
范英帶逸云來見公孫信，見公孫信正給人用針灸。公孫信聽逸云和范英說了咸陽方面的情況，感到大快人心。逸云見到了被"靈海消塵"的阿房，阿房木訥著沒有任何反應。逸云也知道了對阿房用針控制的步驟，看著被控制的阿房，逸云難過不已。
蒙恬在校場點兵，他想起了大王要他向趙王要靈丹的囑托。秦軍浩浩蕩蕩地殺奔趙國。大王在宮中急等蒙恬，坐立不安。阿丹把自己見過水晶棺材盛殮人的變化說給大王聽，大王終于笑了。阿丹勸大王寬心一些。太后要來見大王，大王不準，后來阿丹去叫太后才得見面。大王見了太后的面，并不請安。太后感謝大王沒有治她的罪。聽說太后要到華陽宮，大王要太后去荒涼的芬陽宮去，而且不準太后帶人。大王表明了自己對太后的強硬態度也表示一定要處死呂不韋的決心。太后捧著大王扔給她的盧生所留的袍子，默默地走了。大王跪地叩頭，泣不成聲。
逸云等人教阿房聽見嬴政的狼嗥就用刀刺殺，逸云示范給了阿房看。李忠說李云吼得不像，他自己吼起來的時候，阿房沖著他下刀來了。公孫信知道針灸的實驗成功了。大王到天牢去看了蒙恬押來做人質的趙國眾多世子和公主，也聽說了還有半丸丹藥在長樂公主那里。大王下令二十日內不找到長樂公主，他就要日殺趙國人質一人。
逸云夜探將軍府，她偷聽蒙恬、王賁和蒙武談論關押趙國人質的事。王賁也問了有關長樂公主的一些事。蒙恬以為大王說殺人質的話只是空話，而王賁卻看出大王是認真的。最后蒙恬等人決定張貼布告尋找長樂公主。逸云聽到了蒙恬調侃自己和她的一段情。當聽王賁說他訓練的輕功好手的時候，逸云投擲飛刀扎在了桌子上。蒙恬等人追了出去，他故意擋了王賁一下放走了逸云。逸云被飛刀刺傷。逸云告訴公孫信，即刻讓"長樂公主"入宮。
李云、李忠護送"長樂公主"來見大王。聽說靈丹并不在公主身上，大王很生氣，告訴了他們后果。阿丹安排"長樂公主"在甘泉宮住下。大王看著水晶棺材里的"阿房"悲痛不已，發出狼嗥，"長樂公主"聽到了，拿起匕首尋找聲源。大王似乎覺得有人來，出來查看的時候看見了和阿房長相極其相似的"長樂公主"，誤以為是阿房，驚喜莫名。