一九四二年，重慶中央大學，數學教授孔方正在學校中洗漱，這時候他們聽到廣播中正在播放八路軍與日軍的交戰，戰火已經蔓延到了慈水，因為戰力不及日軍，孔教授的老家慈水淪陷。但孔教授的注意力全落在了廣播內容上，他表示，這條廣播暴露了八路軍的兵工廠位置，無疑是給敵人找到兵工廠提供了便利。
果然在他們擔憂的時候，日軍的軍事專家橫尾闊已經在研究八路的兵工廠位置，他熟知孫子兵法，也與孔方想得一樣，他已經派人去尋找兵工廠來了。而孔方現在最擔心的是自己的弟弟孔圓，孔圓是地下共產黨，經常執行一些秘密行動，所以長期與孔方聯系較少，如果橫尾闊真的找到兵工廠，那孔圓他們就會有危險。而孔方的父親是個精明的生意人，帶著妹妹一起生活，這倒是讓孔方一點都不擔心。
孔方在學校中上課，同學們因為戰亂人心惶惶，孔方用數學計算出警報的時間，他的推算非常準確，同學們在聽到警報的瞬間就想要離開教室，卻被他沉著冷靜地攔下了。學生們一時間不相信孔方的計算，孔方便用實際事實給同學們上了一課，誰都沒有想到孔教授可以根據生活數據算出某學生的約會地點。很快警報就如約響起，只有孔方臨危不亂。
另一邊慈水，日本人根據商鋪找上了孔方家中，橫尾闊特別喜歡這里的風土人情，看上了孔家人的店鋪所寫的字，想要與寫字之人結識一下。橫尾闊的手下已經找上了孔老板，逼他交出家中的糧食，就在孔先生要被槍擊的時候，他的女兒在外打碎了一個茶杯蓋子，打斷了他們之間緊張的氛圍。
不幸的是，孔老板女兒女扮男裝被日軍識破，他想要帶走孔老板的女兒，讓孔老板拿糧食換人，孔老板一路哀求都沒能救下女兒。就在這時，橫尾闊帶著人出現在他們的面前，沈長官看到他竟然就不敢動手了，橫尾闊與孔老板交涉，在知道寫字之人是孔老板女兒的以后，不動聲色地轉身，命令沈長官放了孔老板的女兒。出了孔家，橫尾闊就教訓了自己不守規矩的沈長官，隨后便坐車離開，
孔方在關注日軍的行動，同時還不斷關注著橫尾闊的消息，因為無法理解孔方計算事情的思路，在他說出這些話以后，他被海音嫌棄了幾句，但他也不惱怒，只是讓海音別再吃安眠藥，海音沒想到他會算到自己的習慣，為了不再讓他教訓自己，海音直接吻上了孔方。另一邊日軍在橫尾闊的帶領下，開始向八路的兵工廠前進，孔圓帶的兵發現了異常，立馬通知孔圓，他們抓到了幾個正在畫圖拍照，觀察地形的人，其中一個因為反抗被槍斃，另一個則在威脅下全盤托出。
孔圓很自信自己可以解決掉前來探路的日本兵，于是沒有將此事匯報給前線的軍隊，孔圓身為連長，對自己手下的兵管教很有一套。
唐飛唐科長回來的時候，方廳長趕緊找借口與他一起逃走，不然還真不好對付剛才那個難纏的人，唐飛唐科長將所有警衛都叫到了樓前，方廳長親自出馬，就是為了幫他們把鮑里斯抓回來，說不定還能狠狠撈上一筆。他們走后，警察廳廳長加藤就來到了警局，方世寶被人指著鼻子罵，加藤非常不高興，雖然加藤與李先生的兒子有特殊的關系，他安撫了李先生，看看他們抓人究竟有什么理由。
另一邊方廳長的人已經沖進了鮑里斯的住宅，鮑里斯已經離開，壁爐中的灰塵已經沒有了溫度，他們懷疑鮑里斯是蘇聯的間諜，方世寶聽聞蔡科長的工作以后，意識到這件事性質有變。等他們回到警察廳中，加藤上來就質問他們為什么拘留李子龍，在得知他們帶了三個科的人去抓一個鮑里斯的時候，更加生氣，他直接命令他們將此事交到特務科。
唐飛唐科長遇到劉翻譯，要把李子龍轉交給他，通過他得到信息，李子龍只是他們科的一個線人，隨后他與吳科長一起商談此事，懷疑鮑里斯肯定就是間諜，為了不連累方科長，他與吳科長打算分頭去找李子龍聊一聊。唐飛唐飛唐科長又給保安局的科長蔡夢打了電話，將李子龍和鮑里斯的事情告訴了她，并告知她接下來的情況，蔡夢囑咐唐飛不能將她出賣出去。
福原非常生氣，蔡夢告訴他是李子龍將事情透露出去，這才讓鮑里斯逃走，有關瓦吉姆的案子都已經全權交給了保安局，但福原不想輕舉妄動，打算讓他們先內部調查一下。另一邊吳科長再次與李子龍交談，故意把鮑里斯逃跑的事情告訴李子龍，李子龍也非常驚訝，他們猜測李子龍并不知道鮑里斯可能是間諜這一事。
李子龍告訴劉翻譯，自己沒有占到蔡夢的便宜，反倒被蔡夢給耍了，劉翻譯沒有留情地給了他一拳，讓他長點記性。而加藤在鮑里斯逃了以后，攬下了所有的責任，開始與方世寶方廳長開始討論鮑里斯為何會提前逃走，他們的審查重點就是唐飛唐科長，方世寶在不明不白的時候就簽下了審查令。
劉翻譯在調查了門衛以后，得知唐飛并沒有離開過，那個時間段來往的只有樂一樂的老板秦德龍，雖然如此，加藤還是沒有放過唐飛，打算讓李子龍去調查唐飛，劉翻譯一點意見都不敢有。審查并不是沒有過，但這一次審查唐飛的卻是李子龍，很有可能就是在報復他們，唐飛知道，這一定是他們在尋找替罪羊，誰屈打成招了，誰就得背鍋。唐飛將廳長方世寶安置地妥妥當當，自己則去接受他們的審查。
李子龍給加藤送了茶葉，加藤對他一番興師問罪，李子龍也不敢有不滿的情緒，他離開后，加藤就打開了茶葉，里面竟然全是錢。加藤愿意給李子龍撐腰，允許他加倍報復回去，加藤還暗示李子龍要針對刑事科中的某個人，李子龍非常上道。李子龍自己也知道，他將是最有嫌疑的人。
刑事科幾人來到審訊室，唐飛猜測其他三人會先被動手，讓他們不要恐慌，還故意讓吳科長與李子龍搞好關系。何勝故意挑釁李子龍，唐飛也沒有看著李子龍對他們動手，主動承擔了責任，讓李子龍放了其余三人，李子龍沒有猶豫，直接留下了吳科長一人。
李子龍也沒有想到這一變故，李子龍竟然沒有留下自己，而是把吳鵬吳科長留下了。李子龍把吳鵬帶到了刑房，打算給他送刑，唐飛知道以后讓他們千萬不要輕舉妄動，不然嫌疑會更大，隨后何勝就把收來的保證金送來，竟比上個月多了三萬。沒過一會兒，就有人打來電話，說發現了鮑里斯，來電的人是秦德龍，他向唐飛告密，他們就打算先去試探一番。
李子龍審問吳鵬他將鮑里斯的事情告訴了誰，其實就是想讓吳鵬污蔑唐飛。另一邊唐飛已經到了樂一樂，他讓手下去會一會那個人，唐飛則與秦德龍單獨聊天。秦德龍告知零三號的撤退以后很愧疚，所以給唐飛也安排了撤退，但唐飛不肯離開，他要不是有絕對把握，也不會走這一步。另外他在這里都已經干了那么久，不能半途而廢，若是他走了，罪名就坐實了，唐飛堅決不離開。
李子龍并不是沒有腦子的，質問受過刑的吳鵬，吳鵬受其壓迫，說出唐飛并沒有整理材料的事實，緊接著李子龍就大張旗鼓地來到樂一樂找唐飛。唐飛要被帶走，臨走前，他還與秦德龍演了場小戲，打消別人對秦德龍的懷疑，回到辦公室中，就聽到電話聲，李子龍沒讓唐飛接電話，何勝則接了蔡夢的電話，懇求蔡夢救救唐飛。
唐飛進審訊室的時候，吳鵬剛走出來，調查的內容已經都被送到了加藤面前，他也開始懷疑唐飛和鮑里斯是一伙的，事實上他并沒有懷疑鮑里斯，但如果唐飛是間諜，那他就立了大功。蔡夢找上福原，急著要把鮑里斯的案件接手，因為李子龍是主審，他心懷報復，這是其中一個原因，另一個原因則是唐飛，福原和她一樣，其實也很關心唐飛，福原有些猶豫不決。
唐飛是秦德龍等人的最高領導，唐飛不撤退，他們也堅決按兵不動。此時唐飛正在接受酷刑，李子龍剛才的聰明勁現在一點都沒了，對著唐飛就問是不是他給鮑里斯通風報信，詫異地是，唐飛竟然承認了自己是共產黨，李子龍立馬激動地去找加藤科長。另一邊福原已經同意蔡夢去聯系白井科長，加藤在得知唐飛承認是共產黨以后，便讓李子龍對他用電刑。幸好劉翻譯及時趕到，救下了差點被電死的唐飛。
加藤得知福原來電，也猜到了保安局要來接受此案，對于蔡夢的要求，加藤沒有阻攔，便將唐飛交給了蔡夢，蔡夢放了唐飛，然后找上李子龍。唐飛只在李子龍面前承認了自己是共產黨，劉翻譯卻對蔡夢表示，他們大部分人都不相信唐飛是共產黨，吳鵬也改口，唐飛為了讓吳鵬活命，所以故意讓他污蔑自己。蔡夢誘惑唐飛，若是他真想去保安局，就必須按她的命令來辦事。
方世寶在蔡夢的威脅下，也在文件上簽上了字，將鮑里斯一案交給了保安局，蔡夢調查出了唐飛等人是被屈打成招，這一次加藤濫用死刑全是出于私心，既然蔡夢他們主動申請此案，他也不再插手。蔡夢故意拿槍指向唐飛，嚇了唐飛一大跳，事實上她是要恭喜唐飛的，因為審訊此案，還需要唐飛與她一起去保安局辦事。唐飛裝作是個唯利是圖的人，蔡夢并沒有多疑，與唐飛道別。