蘆焱重傷不治，治療他的醫(yī)生說只能保證屠先生問起話來他還能喘氣。時(shí)光告訴門栓他將蘆焱釘進(jìn)了箱子里，為了給他這條腿報(bào)仇。門栓說時(shí)光該記恨的不該是蘆焱而該是他。時(shí)光問起了藏在心底多時(shí)的疑問，他問門栓只打傷他的腿而不打死他是不是為了讓他養(yǎng)好傷去打日本人。門栓說還想拿活時(shí)光換回活青山，還有他們是朋友。門栓和青山一直在幫他，幫他認(rèn)清抗戰(zhàn)統(tǒng)一的必要性。時(shí)光打心底抗拒他的這番大義凜然的陳詞濫調(diào)，門栓氣息奄奄地重復(fù)著：“時(shí)光，我們是朋友。”
探望了門栓，時(shí)光來到關(guān)押九宮的刑房。天天砍人的人是最害怕挨打的人，九宮被上了刑，痛得大叫。九宮說他是在中國長大的日本孩子，連母語都說不利落的可憐蟲。他邊忍著痛，邊大喊著：時(shí)光，我羨慕你啊。沒能忍過多少刑法，九宮格便招了所有的事。時(shí)光心里明白，并非九宮不漢子，而是夾在日本人與他們中間，九宮早就不想抗了。在一年前阿部堪治便與若水達(dá)成密議，利用共產(chǎn)黨的種子挑起若水和天目山的沖突讓他們矛盾激化，等屠先生的勢(shì)力將若水的勢(shì)力吃掉以為他們實(shí)力耗盡，趁屠先生掉以輕心之時(shí)一鍋端掉他的勢(shì)力。九宮死死求饒，時(shí)光卻不念舊情。他反嘴說他恨他們，時(shí)光一槍結(jié)果了他的命。
屠先生的手下將門栓和蘆焱帶到他的面前。他倆唱著雙簧明里暗里諷刺屠先生，屠先生卻不動(dòng)一點(diǎn)聲色。門栓救了屠先生的命，于是他為門栓準(zhǔn)備了專門為青山和若水的槍，裝的是他親自鑄造的子彈。不管怎樣，門栓是必須要死的，他覺得這對(duì)于門栓來說是一種福利。門栓不畏生死，只嘶啞著嗓子問：“先生，你把我們殺光之后會(huì)去殺日本人嗎？”屠先生猶疑不決，避重就輕地說：“我會(huì)去殺你想殺的人，去死吧。”隨即開槍，門栓應(yīng)聲而倒。而對(duì)于蘆焱，屠先生并不打算讓他死，他決定就此放了蘆焱，讓蘆焱因?yàn)榇读钔苏哪甑纳钪匦麻_始流動(dòng)，做回一個(gè)普普通通的人。他也回應(yīng)了昨晚蘆焱的要求——一個(gè)箱子兀地打開，蘆淼的尸體萎頓倒地。蘆焱忍著淚水，告誡自己不要哭，不要讓別人看他笑話。蘆焱與屠先生像兩個(gè)熟識(shí)的人拉家常一般談?wù)撝J淼，他靜靜站起身，突然朝屠先生撲去。時(shí)光利落的身形攔在時(shí)光面前，一拳打得蘆焱大吐苦水，他警告時(shí)光不要再向前走一步。蘆焱笑了笑，將青山留給他的毒藥交給了屠先生，他實(shí)在太該死了，所以蘆焱真誠地祝他早日赴死。屠先生下令割掉蘆焱的耳朵然后放他走，時(shí)光心有不忍然而終究沒有說什么。
屠先生放走蘆焱只不過是想與若水做一筆交易。蘆焱被套住頭袋仍在樹林里，若水只帶著一輛車一個(gè)司機(jī)便光明正大、毫無遮掩地出現(xiàn)了。他想拿自己的命換兒子的命。
若水看出他的司機(jī)打算賣主求榮，使了個(gè)小計(jì)先下手為強(qiáng)將他殺了。自此，若水身邊最后一個(gè)手下也不在了，真真正正地變成了眾叛親離。他只剩一個(gè)兒子了，他決心要救下他的小兒子。蘆焱知道屠先生放他走就是為了引若水上鉤，救子心切的若水明知山有虎，偏向虎山行。蘆焱勸父親快走，若水說自己有最后的絕招。他大步走出幾步，朝屠先生所在的方位跪了下去，重重磕了幾個(gè)響頭，他大聲說自己徹底服輸，甘愿認(rèn)漢奸罪名換兒子一條命。屠先生聽到手下的匯報(bào)，打算做成這筆命換命的交易。若水舍棄了他的命、他的名、他一輩子還有他的驕傲，只為了換他兒子的命，依他的性子這不會(huì)是陰謀。他吩咐手下等若水死了便給重慶呈文：若水通日，轉(zhuǎn)而親共，我方星夜追捕，被時(shí)光擊斃于紅白交界的兩棵樹。
時(shí)光端坐在后排車椅上，他旁邊九宮靜靜地坐著，不像是死去倒像是睡著了。跟隨他的兩個(gè)人，門栓和九宮，如今都死了。他對(duì)九宮只有同情沒有友情，對(duì)門栓只有友情沒有同情。他同情連母語都說不利索的九宮為了給所謂的天皇效命而混沌的一生。他對(duì)再也不能聽到的九宮說，去殺了阿部堪治吧，有志氣點(diǎn)。車行駛到阿部堪治軍部的門口，時(shí)光將九宮的尸體推了下去，隨即絕塵而去。阿部堪治的手下將九宮的尸體拖走，還在車中的九宮默默倒數(shù)著，倏地按下按鈕，九宮的尸體爆炸了，炸死了阿部堪治。
若水父子兩相扶持著預(yù)備向西北徒步而行，屠先生下令放任若水將他的兒子送到兩棵樹。蘆焱為父親撿劈柴之時(shí)，遇上了時(shí)光。時(shí)光自殺了青山和小家之后，了無牽掛，對(duì)事情看得越發(fā)地清醒。他告訴蘆焱，他會(huì)在若水過了黃河便對(duì)他動(dòng)手。經(jīng)過這一系列的變故，時(shí)光的心已經(jīng)悄然發(fā)生了變化，他開始追問自己活著的意義，追問蘆焱為什么能一直堅(jiān)持著活下去。蘆焱說自己有朋友有家人，牽掛的人便是他活下去的動(dòng)力。時(shí)光跟他不一樣，他幫不了時(shí)光。蘆焱背起柴火轉(zhuǎn)身就走。時(shí)光舉起槍，叱喝一聲：“站住！”蘆焱頓了頓，仍然踉踉蹌蹌地走了。
來到西北，若水感慨好生荒涼，好生寂寞。他怕的就是荒涼，就是寂寞。前面就是黃河，若水也知道時(shí)光對(duì)蘆焱說的話，但他仍然執(zhí)意要渡黃河。時(shí)光與雙車尾隨而來，雙車煞有介事地跪下來，朝前拜了拜。時(shí)光訝異地問他這是做什么，雙車說黃河是中華之河、媽媽河，不管是長江還是黃河都是一樣的，該拜一拜。時(shí)光忽然從雙車身上明白了一個(gè)道理：長江黃河其實(shí)都一樣的，就像很多生離死別對(duì)于每一個(gè)中國人來說都是一樣的。時(shí)光也跪了下來，向黃河拜了三拜。
若水父子來到兩棵樹，時(shí)光卻獨(dú)自待在教堂。他對(duì)自己的人生產(chǎn)生了懷疑，他不怕與屠先生作戰(zhàn)，他知道，屠先生也知道。只是一旦失去屠先生他將一無所有。他不知道為什么要活著，也不知道為什么要死。手下向他匯報(bào)若水已過了黃河，他卻不為所動(dòng)，他將手槍抵在了自己的腦袋上。
蘆焱語無倫次地讓雙車放了他父親，殺了他。若水給雙車使了個(gè)顏色，說要求用屠先生迫切想知道的大把秘密換他只囚不殺的承諾，雙車答應(yīng)上報(bào)屠先生。蘆焱以為父親真給自己留了后手，傻呵呵地笑。時(shí)光的手下突然說時(shí)光不見了，若水大笑屠先生的太子爺出岔子了。剛出關(guān)的蘆焱突然明白若水不是有后路，而是希望兒子踏踏實(shí)實(shí)地上路。
若水連聲催促兒子快走，好好活下去。蘆焱正依依不舍地準(zhǔn)備離開，天目山的人說屠先生來電：在場(chǎng)職務(wù)最高者擊殺若水，火速尋找時(shí)光。蘆焱果斷又轉(zhuǎn)了回來，若水勸兒子好好活著，做一個(gè)好人。人沒了陰謀的時(shí)候，才會(huì)記得起他最初的理想：少年的中國沒有學(xué)校。嘭地一聲，蘆焱眼睜睜地看著自己的父親倒在雙車的槍下，他默默接上父親沒說完的話：他的學(xué)校是山川和大地。而后蘆焱轉(zhuǎn)身離開，面向著黃河無聲痛哭。雙車找不到時(shí)光的蹤跡，看著自己空空的手心，念叨：時(shí)光只會(huì)流逝，人怎可能找得到時(shí)光呢？
時(shí)光正式向屠先生開戰(zhàn)，打一場(chǎng)屬于自己的戰(zhàn)爭(zhēng)，他再也不會(huì)回到屠先生的身邊，一直戰(zhàn)到他最后一口氣。為了青山，時(shí)光騎著馬找到蘆焱，決心載他一程。他很羨慕蘆焱，一直都知道自己想要去往什么地方，從未改變，而他并不知道自己要去哪。蘆焱信了他的說辭，說從前想去延安，但現(xiàn)在不想去了，他想去一棵樹，把一棵樹變成延安，再把兩棵樹變成延安。如果還有三棵樹，四棵樹，五棵樹，他都要把它們都變成延安。為了自己存在的意義，也為了為他父親的救贖。時(shí)光騎上馬，朝蘆焱伸出了手。蘆焱抓住那只朝自己伸過來的手，兩人一馬同行來到了一棵樹。蘆焱的生活剛剛開始了，時(shí)光的人生也正式開始了。他聽從蘆焱的話，不尋死，不賭氣，去找尋自己想要的東西。
與時(shí)光分道揚(yáng)鑣之后，蘆焱回到睽違已久的一棵樹，朝空曠無人的空地大喊：“野豆子，花機(jī)關(guān)，你們出來，老子一個(gè)打你們?nèi)齻€(gè)！快出來，再不出來，老子一個(gè)打你們?nèi)齻€(gè)！”然而無人應(yīng)聲，蘆焱昏倒在地上。一棵樹的鄉(xiāng)親們發(fā)現(xiàn)了蘆焱圍了上來，叫著他昔日的化名何思齊何先生。他們又打起賭來，賭蘆焱這次是不是死了。蘆焱緩緩睜開眼睛，聽著他們爭(zhēng)執(zhí)吵鬧的聲音。一切還如當(dāng)初一樣，真好。
半年后，蘆焱收到了來自延安的郵包。大家爭(zhēng)著搶著拆開蘆焱的包裹，便是當(dāng)日蘆焱托卞融寄過來的教科書。一日，蘆焱獨(dú)自站在荒涼的草原上，身著樸素的卞融出現(xiàn)在他的面前。他輕聲說：“你來了。”卞融輕聲回答：“我來了。”一棵樹通了郵件，但淪陷區(qū)和國統(tǒng)區(qū)沒有通郵件，她是親自將書背到了延安，然后寄到一棵樹。除了書，還有她自己，還有藥。
卞融在蘆焱的身邊席地而坐，聽他嘮叨著一棵樹的瑣事，什么野豆子能背整篇課文了，什么花兒背著百歲牌位又出嫁了。卞融輕輕笑道：“別再嘮叨了。”蘆焱擁著卞融，回答：“不再嘮叨。”
南京街頭，車水馬龍。一個(gè)衣衫襤褸的婦人對(duì)施舍的路人連聲道謝，時(shí)光對(duì)著自己手中的照片，模樣頗有幾分相像。時(shí)光緩步走過去，詢問她是不是有個(gè)女兒姓薛。婦人說是。而后時(shí)光問她的女兒叫什么，婦人輕聲說：“杜鵑。”時(shí)光輕聲重復(fù)著小家最初的名字，泣不成聲。小家離開了，她給時(shí)光留下了如此貴重的酬勞：一個(gè)媽媽，一個(gè)家。時(shí)光朝婦人連磕幾個(gè)頭，哽咽：媽媽，我是杜鵑的男人。跟我回家，兒子來看你了。
夕陽無限好，人們終將又要迎來另一個(gè)嶄新的日出。好家伙們又要繼續(xù)出發(fā)。