吳嵩對方林威逼利誘，然后撂下狠話就走了，方林擔心連累胡湘湘，讓她先回老家躲一躲，胡湘湘叮囑他處處小心，方林只盼著徐天佑早日清醒過來，他們聯手對付吳嵩。
黃昌云派人挾持了胡湘湘，然后來找方林談判，逼他和吳嵩合作，方林氣得咬牙切齒。郭心蘭被關在大牢，徐天佑來找她合作，答應放了她，給她戴罪立功的機會。方林垂頭喪氣回家，驚喜地發現徐天佑已經精神抖擻，還親手給他做了飯，方林才知道徐天佑一直是假裝頹廢，就是想麻痹吳嵩，趁機謀劃鏟除吳嵩的策略，吳嵩才把精力放在方林身上，方林埋怨徐天佑不該瞞著他，徐天佑擔心他露出馬腳，引起吳嵩的懷疑。
楊進升和趙俊隨后趕來，還帶來了小翠，這是徐天佑精心安排的，他們早就策劃好了一切，楊進升向方林詳細講述了他們制定的連環計，想把黃昌云制造的火器賣給敵軍，徐天佑趁機再把黃昌云殘害馬文杰的事上奏，皇上絕不會姑息養奸。徐天佑勸方林做吳嵩的預定門生，他們里應外合鏟除吳嵩，方林想起被黃昌云挾持的胡湘湘，他才勉強答應。
黃昌云斥巨資在滁州建兵工廠，可處處受滇王牽制，銷量一直上不去，他不甘心，就讓有為找其他買主，有為聯系了小翠，黃昌云迫不及待想去會一會小翠。方林急匆匆趕回家，看到胡湘湘安然無恙，他才放下心來，方林來看母親，母親一時清楚一時糊涂，根本不認識他，方林很痛心。
黃昌云來見小翠，小翠開門見山提出要兩百臺佛郎機炮，期限是三個月，把圖紙交給黃昌云，黃昌云苦苦逼問她的來歷，小翠自稱要賣給西洋人，還用奪魄勾魂香勾引黃昌云，黃昌云很快上鉤。
方林一覺醒來，看到胡湘湘給他留了一張紙條去買菜了，母親認出他，還準備了早飯，方林很感慨，后悔當初說重話傷害母親，母親覺得這一切都是吳嵩造成的，對吳嵩恨之入骨，提醒他不要和吳嵩沆瀣一氣，方林有苦難言。母親突然感覺頭癢，方林幫她梳洗，母親催他和胡湘湘盡快生個孩子。
方林突然聽到胡湘湘摔碎了碗筷，趕忙過來幫忙，胡湘湘得知母親已經恢復記憶，想做幾個小菜慶祝一下，方林來看母親的時候，發現她已經撒手人寰，方林傷心地痛不欲生。方林含悲忍淚把母親安葬，黃昌云提醒方林不要忘了明天去貢院參加科舉考試，方林要為母親守孝，黃昌云聲稱他母親十年前就死了，逼方林必須參加考試，方林對他破口大罵，黃昌云一再強調明天考完試，方林就和他是一樣的人了，胡湘湘怒不可遏，強行把方林趕走。
方林一早來貢院參加考試，整個考場只有他一個考生，方林權衡再三，一個字也沒寫就離開考場，監考官祝賀他金榜題名，方林突然倒地不起昏死過去。大夫幫方林檢查，他因為受刺激得了失心瘋，方林瘋瘋癲癲，胡言亂語，有為在門外偷看，他趕忙回去向黃昌云匯報，黃昌云懷疑方林故意而為之，想親自試探一下。
胡湘湘精心照顧方林，方林一會哭一會笑，根本不認識她，胡湘湘對他百依百順，發誓早晚治好他的病。黃昌云隨后趕來，懷疑方林在裝病。
黃昌云抓了一把土喂給方林，他毫不猶豫吃下去，還假裝吃的很開心，黃昌云還是不相信方林已經瘋了，威脅要把胡湘湘的眼睛毒瞎，方林依舊無動于衷，黃昌云用斷腸草制成的毒藥把胡湘湘毒瞎，然后帶人回去向吳嵩復命，吳嵩覺得方林已經沒有利用價值，就讓他自生自滅。吳嵩隨口問起兵器坊的生意情況，黃昌云自稱最近接了一個大買賣。
胡家樹找大夫為胡湘湘治眼睛，結果都不見成效，胡湘湘一心只想治好方林的病，胡家樹承諾砸鍋賣鐵也要治好他。方林眼睜睜看著胡湘湘的眼睛被毒瞎，為了鏟除吳嵩及其黨羽，方林只能暫時隱忍騙過黃昌云，他發誓盡快鏟除吳嵩為胡湘湘報仇。
小翠得知黃昌云已經安排工人加班加點完成了二十臺佛郎機大炮，就把她和黃昌云簽訂的合約拿來交給方林，方林派楊進升帶幾個生面孔的人去兵器坊接貨，然后運到柳乘龍閑置的倉庫，再讓趙俊負責把這些大炮送到敵軍軍營。
吳嵩想皇上匯報了馬文杰的死訊，把罪名都推到李志和滇王小舅子身上，沒想到徐天佑已經把吳嵩，黃昌云和滇王所作所為上奏皇上，皇上當面揭穿他的女婿黃昌云在做軍火生意，吳嵩百般狡辯，皇上把徐天佑叫來，徐天佑一一列舉了吳嵩幾宗罪，吳嵩大喊冤枉。皇上把趙俊叫來，趙俊帶來敵軍使用火炮的殘骸，證實和明軍使用的一模一樣，
皇上得知方林已經查明黃昌云和敵軍勾結的證據，就讓他當面說清楚，方林如實匯報，皇上氣得大發雷霆，當場罷免吳嵩所有職務，把他押進大牢。皇上奉徐天佑為欽差大臣，盡快把黃昌云抓捕歸案。
黃昌云得知吳嵩被抓，立刻讓有為幫忙收拾金銀珠寶，由于數量太大，他們倆根本搬不動，黃昌云不甘心把辛苦得來的東西拱手讓人，結果被徐天佑堵在家里，黃昌云大喊冤枉，徐天佑下令把他關進大牢。黃昌云在牢里大呼小叫，方林突然來看他，黃昌云對方林惡語相向，大罵他無情，竟然置妻子安危于不顧，方林一心就想鏟除吳嵩和黃昌云，黃昌云自我安慰，以為自己才是勝者，方林提醒他不要自欺欺人，然后憤然離開。黃昌云知道自己氣數已盡，不由地想起他對上官云兒見死不救的往事，心里充滿自責。
黃昌云今天要被斬首，吳鈺文來到刑場為他送行，黃昌云追悔莫及，拜托吳鈺文好好把他們倆的孩子養大承認，他聽了聽孩子的心跳，還給孩子取名“青蓮”或者“重生”，希望孩子不要學他，吳鈺文因為傷心過度暈了過去。
楊進升來給黃昌云送行，黃昌云連連向他認錯，楊進升把上官云兒死而復生的消息告訴他，黃昌云頓時驚呆了，他苦苦哀求楊進升幫忙照顧吳鈺文和孩子，楊進升滿口答應，提醒他下輩子好好做人，他們還可以做兄弟。時辰已到，徐天佑下了斬首令，沒等刀斧手行刑，天上突然烏云密布，電閃雷鳴，黃昌云被雷電活活劈死。
方林求李時藝為胡湘湘療傷，胡湘湘得知方林已經恢復如初，求李時藝帶她去京城，李時藝滿口答應。皇上派人把徐天佑，方林，趙俊和楊進升一起找來，對他們論功行賞。皇上把自己御駕親征的寶刀賜給趙俊，楊進升只想要回被官府沒收的牌匾，皇上當場寫了“積善之家”送給楊進升，他們倆對皇上感恩戴德。
方林只想早日回老家照顧胡湘湘，皇上提醒他不要錯過鄉試，想在殿試的時候見到他，徐天佑只有一個請求，求皇上盡快把吳嵩斬首示眾，皇上把其他人都支走，只剩下徐天佑一個人，當面拆穿吳嵩通敵賣國的罪名是徐天佑偽造的，把吳嵩貶為庶民，沒收他家所有財產，徐天佑求皇上為郭云平反，皇上滿口答應，徐天佑想要宮里的天香豆蔻丸救郭心蘭，才知道先皇受傷后已經服用了，徐天佑只好作罷。皇上讓徐天佑入內閣，希望他靠自己的本事做首輔。
徐天佑走出皇宮，方林，趙俊和楊進升一直在等他，他們已經成功扳倒吳嵩，也為那些死難者報了仇。方林和徐天佑來為死難兄弟掃墓，徐天佑勸方林向胡湘湘實話實說，方林想瞞她一輩子，胡湘湘讓衙役攙著他來找方林，無意中聽到方林和徐天佑的談話，才知道方林為了鏟除吳嵩裝瘋，胡湘湘頓時心灰意冷，讓衙役扶著她離開了。
方林和徐天佑回到住處，李時藝隨后趕來，方林得知李時藝已經把胡湘湘的眼睛治好了大半，胡湘湘讓人送她來找方林，想給方林一個驚喜。就在這時，衙役給方林送來胡湘湘的信，胡湘湘已經離他而去，方林不由地想起他和胡湘湘相識以來的一幕幕往事，心里百感交集，方林急忙去追胡湘湘。
徐天佑向李時藝打聽最后一刻天香豆蔻丸的下落，李時藝也不知情，他把天香豆蔻的種子交給徐天佑，并且講明這些種子不能用水澆，也不能見光，李時藝用盡了所有的辦法都種不出來，徐天佑發誓不惜一切代價種出來救郭心蘭。徐天佑想帶方林入閣做事，方林對此不感興趣，他只想找到胡湘湘，徐天佑也不再勉強。徐天佑跋山涉水，終于找到一個適合天香豆蔻生存的涵洞，他把種子一一種下去。
寒來暑往，轉眼一年過去了，徐天佑種下的種子沒有發芽，他急得捶胸頓足，不小心把手指砸破，鮮血滴在地上。徐天佑夢到自己終于把天香豆蔻種出來，他第一時間趕回去，給郭心蘭喂下，郭心蘭漸漸恢復了意識，感謝徐天佑為她所做的一切，她勸徐天佑醒一醒。
徐天佑迷迷糊糊醒來，才發現剛才做了一場夢，他驚喜地看到滴血的地方長出了一顆天香豆蔻，徐天佑才恍然大悟，原來血能讓種植發芽，他二話沒說就把手指弄傷，用鮮血灌溉種子。
轉眼十幾年過去了，楊進升的生意越做越大，他和上官云兒恩愛有加，女兒小敏也已經長大，方林走遍大江南北，也打聽不到胡湘湘的下落，他回到滁州來和楊進升敘舊，楊進升鼓勵他不要心急。
上官云兒給方林端上來一碗飯，方林嘗了一口覺得味道很熟悉，楊進升就讓上官云兒把廚子帶來，方林驚喜地發現她就是胡湘湘，而且胡湘湘的眼睛已經治好，方林悲喜交加，連連向她賠罪，胡湘湘早就原諒他了，可又不知道他在哪里，胡湘湘氣得哭笑不得，罵他太傻，方林發誓永遠和她在一起，胡湘湘想做狀元夫人，方林只好再去參加科考。
方林不負眾望考上舉人，他遠遠看到吳嵩在沿街乞討，就買了兩個包子給他，吳嵩對他感激涕零，然后歡呼著跑走了，方林心有戚戚焉。徐天佑和郭心蘭攔住方林，祝賀他考中進士，胡湘湘隨后跟來，得知方林中了進士，開心地手舞足蹈，郭心蘭邀請他們去家里吃飯。
全劇終