紀錄片是南開被轟炸時的模樣，所有人看得流淚。馮友蘭告訴大家，無論去到哪里，他們一定會回到家，教育香火不能斷，要永續永存。所有人最后再看了一眼清華園，縱是不舍，還是要離去。北平淪陷后，日軍入侵清華北大，程嘉樹跟隨眾多師生撤離了校園，加入抗日宣傳救援工作。畢云霄覺得印刷這些宣傳雜志沒人看，整個人都很憋屈，而葉潤名等人此刻已經明白畢保中當初說的那些話真正的用意，決意以文字為矛為刀，喚醒民眾，只要多一個覺醒者，那中國就多一個強者。
裴遠之告訴同學們一個好消息，教育部要在長沙設立大學，他們可以繼續上學了。畢云霄雖然認為剛才同學們說的話有道理，但他還是想上戰場和日軍真刀真槍地干。程嘉樹作為考生，也可以一起去長沙，但他還沒想好。林華珺將去長沙的事告訴母親，得知葉潤名也去，林母就不反對了，還讓林華珺別擔心路費的事。程嘉樹爬上樹，和隔壁的林華珺聊天，聽完她的一番話，程嘉樹豁然開朗，心中也做好了決定。他告訴哥哥程嘉文，自己不打算去美國了，他要同學們南遷去長沙。
此次裴遠之和方悅容任務艱巨，有許多的重要資料要一并帶去長沙。次日一早，程嘉文從母親口中得知，隔壁的林母為了給林華珺湊去長沙的旅費，把房子賣給了他們。不知程嘉樹怎么勸說的母親，母親就把房契給了他，讓他拿去還給林母，錢也暫時讓林家母女用著。看到程嘉樹把房契還給母親，林華珺于是知道母親變賣了家產，她回屋拿了錢還給程嘉樹。而后和母親大吵一架，母親執著于讓她有朝一日嫁入葉家，一舉飛上枝頭變鳳凰，林華珺與她想法相悖，鬧得不歡而散。
畢云霄要參軍，被畢云峰發現，在阻止無果的情況下，畢云峰拿出兩種炸彈做比較，畢云霄忽然明白了讀書的用處。中國不缺奮勇向前的戰士，缺的是先進的武器，畢云霄是學物理的，應致力于研究更先進的武器，這樣才能幫助更多的將士。林華珺決定不去長沙，并和葉潤名提出了分手。清華物理系教授趙忠堯發現清華校園被占據，他回來對馮友蘭說自己要去拿回物理系的重要東西，如果這個東西落到日軍手里，將會是不小的打擊。做衣服的顏師傅表面上身份無異常，但實際上他是日軍的臥底，專門盯著馮友蘭這些大學教授和其他的學生動向，并將這些人的動向匯報給上級。
葉潤名無意中從程嘉樹口中得知，林華珺不去長沙的真正原因是沒錢，他立刻跑去找林華珺。此時的林華珺再次踏入清華園，這里到處都是日軍守衛，只有鄭天挺還堅守著，給每一位同學發放路費，輪到林華珺的時候，她說自己不打算去長沙了。
林華珺是鄭天挺最好的學生，她如果不去長沙，他會覺得非常可惜，他讓林華珺記住他的話，不要放棄學習。這或許是他們大家最后一次在清華園，有人提議拍照，林華珺主動請纓給大家拍照。作為拍照者，林華珺沒有入鏡和大家一起照相。葉潤名去到林家，林華珺還沒回來，葉潤名就和林母保證一定會好好照顧林華珺。林華珺回來后，葉潤名同她交談，知曉她不想再繼續讀書的真正緣由。她覺得，母親供自己讀書，是為了讓她能配得上一個更好的家庭，而讓她去長沙，是為了更好地抓住葉潤名。
葉潤名沒有多說，但他希望林華珺能想清楚她自己想要的是什么，明天他們會在六國飯店聚集然后出發，他會等林華珺到最后一刻。顏師傅告訴日本軍官，教授和學生們要逃往長沙，日軍便下令在北平的各交通要塞設卡，一律攔下所有的北平高校學生。程嘉文下了決定，父母在，不遠游，他不打算去美國了，他要留在北平陪伴二老。而方悅容也決定隨學校南遷去長沙，既已做好決定，程道襄夫婦也再沒有干涉子女們的決定。程嘉樹又爬上樹，用激將法成功讓林華珺做好隨學校南遷去長沙的最后決定。
方悅容通知大家，十五分鐘后出發。畢云霄在路上遇見趙忠堯，他將日軍在全城大肆搜捕教授和學生的事情告訴趙忠堯教授，趙忠堯卻試圖冒生命危險回校園拿五十毫克鐳。鐳是核物理研究最重要的元素之一，他一直把它保存在清華物理實驗室內。畢云霄覺得趙忠堯回去目標太大，而日軍不認識自己，畢云霄可以偷偷回到學校取鐳。趙忠堯默認了他的計劃，把小小的五十毫克鐳位置告訴了他。在即將要出發的時候，林母帶著林華珺來了，她親手將女兒交給葉潤名，然后頭也不回地離開了這里。
程嘉文和雙喜送程嘉樹去機場，中途程嘉樹以肚子疼的理由讓司機老崔停車，程嘉文明知道他在演戲，在他偷偷離開的時候也并不阻攔。日軍設卡，但凡箱子里有書籍的，一律不允許出城，學生們正要和日軍起沖突，被葉潤名阻攔，裴遠之勸說同學們不要沖動。事后日軍又抓了一些進步青年，將他們關在北大第一院的地下室。程嘉樹返回后，在六國飯店遇見了畢云霄，在前往仙客來旅社會合之前，他要協助畢云霄去做一件重要的事情，結果在回家偷車鑰匙的時候，被司機老崔當成賊抓喊。
看到此時本該在前往美國船上的小兒子出現在自己院子里，程道襄和妻子非常意外，程嘉樹索性將自己的想法說出。兒子的一番肺腑之言，讓程道襄有所動容，最終把車鑰匙交到他手中，同意他去做他想做的。為了更好地出城，葉潤名他們收起了學生證，換成了普通通行證。程嘉樹臨行前，跪別了父親。半夜，程嘉樹和畢云霄偷偷進入清華園，遇到了張平博。
國立清華大學張平博教授叫住畢云霄，告知他說，趙忠堯已經想了別的辦法把鐳取出，讓他們趕緊離開。二人原路折返，但沒想到日軍發現了他們的汽車，兩人只好棄車逃跑。裴遠之和方悅容帶了四個學生坐馬車前往滄州，一路顛簸，林華珺和葉潤青苦不堪言。曹局長帶日軍松田雄一中佐浩浩蕩蕩進入程家的院子，提到昨晚有人開著車進入清華園，盜取了清華的重要校產。日軍以此為要挾，話里話外想讓程道襄帶頭恢復生產，否則這件事一旦查下去，日軍絕對不會不了了之。
一個多小時后，方悅容帶著他們抵達聯絡站，和負責人王平打好招呼，總算有了一個落腳地。程嘉樹和畢云霄愣是跑到了會合的旅社，遇上了裴遠之，裴遠之將他們帶回聯絡點，兩人這一路筋疲力盡，餓得前胸貼后背，然后狼吞虎咽地吃東西。程嘉樹手臂衣服上破了個口子，那是日軍朝他打槍留下的痕跡。雖然險些中槍，但程嘉樹顯然不害怕。湖北武漢，國立清華大學中文系教授聞一多不想留在這里任職，他還是決定去長沙，妻子高孝貞雖不同意，但也無法改變丈夫的決定。
程嘉樹才離開家一天，就想家了。他擔心自己的莽撞，會給家里帶來麻煩，表姐方悅容安撫他別擔心。聞一多和兩個孩子擁抱告別，他們都哭成了淚人。程家的紗廠和呢子廠都被日軍占領，工人們被迫復工，不僅如此，日軍還強行霸占了程家大院，勒令程家人搬出去。日軍設了很多關卡，方悅容讓學生們走小路去保定火車站，此時日軍的手還沒伸到那里。鄭天挺叮囑孩子們在北平好好生活，大姐姐每個月記得去同城的沙鷗老師家領生活費，而他要南下去長沙教書。
1937年8月13日，淞滬會戰爆發，侵華日軍在海上和空中火力支援下，向上海發起猛烈進攻，無數的人流離失所。程嘉樹和同學們喬裝乘坐火車，南下長沙繼續求學。在葉潤名的提議下，一行人先在武漢的葉家落腳。葉家世代從商，積累了不少資本，在武漢做銀行的生意，是遠近聞名的大家。葉父已經知曉女兒南開遇險一事，他為此感激程嘉樹和林華珺對葉潤青的救命之恩。飯桌上，葉母提議讓林母來武漢，林華珺婉拒。葉潤青提訂親一事，看到林華珺不太想聊這個話題，葉潤名就帶過了。
晚些時候，葉母把當初自己和葉父的訂婚戒指交給兒子，至于他什么時候給林華珺，全憑葉潤名的個人想法。葉父詢問兒子對未來的打算，他想讓兒子畢業后來銀行幫忙，葉潤名雖然還沒想好畢業后要做什么，但他知道自己并不想從商，而是想尋求改變命運之法、救國之道。葉父很無奈，他擔心孩子們會因此遇到危險，可卻無法改變孩子們的想法。林華珺正想著今天飯桌上的對話，葉潤名就來敲她的房門。