同學們撤往后山，卻沒想到日軍的飛機這次徑直飛向學校。畢云霄大喊讓同學們快跑，程嘉樹想起儀器還在實驗室，立刻跑了回去，畢云霄和林真跟在他身后。三人迅速把儀器收好，跑進學校的應急防空洞躲避。丁小五的姑父是日本間諜，他混入西南聯大后，特地在實驗室的周圍放了鏡片，方便日軍鎖定實驗室進行轟炸。等轟炸次數減少，三人撤離防空洞，程嘉樹返回宿舍拿林華珺送給自己的洋蔥，但被困在宿舍里。宿舍被轟炸起了火，門被鎖塊扣住，文頡聽到程嘉樹的求救聲，但他竟見死不救。
這次轟炸，有許許多多的學生受傷，雙喜詢問畢云霄，得知程嘉樹返回宿舍拿那盆洋蔥。另一個剛從學校跑出來的同學說，學校被炸，宿舍也都被炸爛了。雙喜和畢云霄立刻趕回學校宿舍，在千鈞一刻之際救出了程嘉樹。文頡在走之前，告訴程嘉樹說林華珺在南屏大劇院等他，因而他被救出后，往南屏大劇院的方向跑。林華珺在街上，親眼目睹一對夫妻為了保護孩子，死于日軍的轟炸之下，程嘉樹趕至，護著林華珺和那個孩子趴下。轟炸后，剩下一堆受傷的人在舔舐傷口，承受失去親人的痛苦。
梅貽琦從鄭天挺口中得知有少部分學生受傷，書籍損毀千余件，實驗室全部被炸毀。他安排鄭天挺一些事宜后，大藥房的繆蘭英女士帶了一些白藥過來，希望能盡綿薄之力。程嘉樹不見人影，畢云霄說他被救出宿舍后，去南屏大劇院找林華珺了，現在兩人都不見蹤影，不知是否還活著。梅貽琦擔憂不已，立即讓學生們去找人。此時的程嘉樹和林華珺，以及那個剛失去雙親的孩子小葵被困在廢墟之下，程嘉樹奮力挖出了一個口子，久違的陽光透進來，林華珺看到那盆程嘉樹拼死保護的洋蔥，頓時淚流滿面。
阿美聽到了程嘉樹的求救聲，立刻讓大家都過來救人。一旁的文頡，也裝模作樣地救人。廢墟下，程嘉樹明白了很多事，因此他不再選擇逃避，勇敢地向林華珺表白。他要照顧她一輩子，做一個有用的人。林華珺覺得程嘉樹真的變了，她答應和程嘉樹在一起，也決定回到學校繼續學習。羅恒決定上戰場的前線，葉潤青提醒他，他完全可以留下來當教官，不要那么快獻出他年輕的生命。當初葉潤名說要去延安，那時的潤青不理解他，如果能再給她一次機會，他一定會全力支持哥哥，如今對羅恒，她也一樣。
程嘉樹和林華珺被救出，住進醫院，雙喜先來看他們，接著是裴遠之。林華珺詢問她是否可以回來復課，裴遠之說可以。這次校舍的修復工作，鄭天挺拿到了富滇銀行的資金支持，他要趕回學校告訴校長這個好消息。羅恒留下一封信，不作告別就奔赴了沙場，葉潤青看著信，淚流滿面。林華珺要留下幾天，程嘉樹特地讓雙喜做一些好菜，但由于物價上漲，雙喜也巧婦難為無米之炊。
程嘉樹告訴雙喜，他們可以自己在聯大的空地上種菜。梅貽琦意外得知龍主席的女兒考西南聯大落榜，鄭天挺回絕了龍云主席的秘書，梅貽琦認為這樣的回復欠妥，因而主動上門給龍主席賠不是。梅貽琦不是以西南聯大校長的身份去見龍云，而是以一個父親的身份去見他，因為他也同病相憐，女兒差幾分沒考上西南聯大附中。梅貽琦還說可以找西南聯大的老師給龍主席的女兒進行補課，此番處理十分穩妥，龍云消氣。
在梅貽琦的邀請下，龍云答應去參加西南聯大兩周年校慶，有人上報，聯大禮堂電線被剪，演出無法進行，有人在混亂中高喊“打倒GCD”的口號。現在三青團和群社互相指認，紛紛表示是對方干的，梅貽琦特地把祝修遠和裴遠之叫來，裴遠之說了一番話，祝修遠覺得他說得對。后來祝修遠去找周宏章，聽到文頡和周宏章的對話，頓時知曉是文頡剪了禮堂電線。他指責文頡，周宏章卻維護文頡，祝修遠失望，放了卷宗后離開。
周宏章任命文頡為本地區的三青團負責人，文頡利用卑鄙手段如愿爬上了他想要的位置。裴遠之和方悅容將近期發生的事告訴郭鐵林，郭鐵林認為三青團不過是國民黨反動派一線打手，他們要喚醒民眾的力量，讓國民黨的狼子野心暴露于天下，同時還要隱藏精干，穩扎穩打地同對方斗爭下去。多難興邦，程嘉樹對林華珺說，每一個歷經磨難的民族都將會變得強大，林華珺亦認為，經歷風雨，才能看見最美的晚霞。
升官的文頡很高興，他去找阿美喝酒，還給阿美送了一把小提琴。文頡酒后亂性，對醉倒的阿美下手，兩人發生了關系。第二天林華珺要回玉溪做工作交接，歸來時間不定，程嘉樹舍不得。阿美跑來，哭著告訴他們說以后她不能再和他們一起學習了，說完她哭著跑掉，林華珺和程嘉樹均不知是什么原因。抗戰時期，昆明的物價飛漲，教職工們的工資不夠補貼家用，學生們也總是吃不飽飯。梅貽琦決定向教育部打報告，同時校內可以成立一個服務社，收入可以補貼到生活中。
潘光旦夫人趙瑞云做繡花售賣，補貼家用，她告訴梅貽琦夫人韓詠華，趙忠堯帶學生去購買做肥皂的原料，和同學們一起制作肥皂，賣給工廠補貼生活。聞一多沒要學校發的津貼，他自己刻章，送給了華羅庚一個。文頡給聞一多送來請帖，邀請他明天去參加自己和阿美的婚宴，聞一多看他西裝革履，還開了車，聞一多不予理會文頡遞來的請帖，夫人高孝貞連忙打圓場。林華珺從玉溪給大家寄了一些蔬菜種子，雙喜分了一些給同學們，大家在學校空地上播種，不久后他們就可以自給自足了。
文頡的車風風光光地開進學校，程嘉樹從同學口中得知文頡快要結婚了，而他結婚的對象是沙瑪阿美。程嘉樹跑去問阿美為什么要嫁給文頡，沒想到文頡說他和阿美有孩子了。
抗戰時期，梅貽琦夫人韓詠華帶著袁復禮夫人廖家珊、潘光旦夫人趙瑞云一起去街上賣米糕，她把米糕起名為定勝糕，大家爭相購買。云南白藥的繆蘭英女士得知后，特地去找校長梅貽琦談捐助校舍重建資金一事。看到韓詠華的腳磨破了，梅貽琦很心疼，韓詠華不以為意，繼續做定勝糕去了。明天就是婚禮，穿上婚服的阿美一點也不開心。裴遠之來看阿美，給她帶來林華珺寫給她的一封信，同時也給文頡帶來聞一多送他的禮物和幾句話，意在提醒文頡不要忘本，勿忘初心。
阿美看完了林華珺寫的信，她和文頡商量繼續讀書的事，但文頡以她懷了孕為由拒絕。程嘉樹寫信記錄這段時間物價飛漲，教授們以各種方式克服困難的事跡，雖然這些信葉潤名永遠不會看到，但程嘉樹已形成習慣。郭鐵林提醒裴遠之，國民黨的溶共、限共、反G行為越發變本加厲，必須小心應對。另一邊，周宏章讓文頡絕不能掉以輕心，文頡按照他的要求寫下聯大內部GCD員名單，其中就有程嘉樹的名字，周宏章雖然對程嘉樹沒印象，但他也知道程嘉樹還不是群社骨干分子，但文頡卻說他加入GCG是遲早的事。
軍事委員給龍云發來一份GCD員名單，龍云十分不認同在學校內部搞政治斗爭的行為，因而他讓人復電說遵照，但并未采取任何行動，反而是讓出他的一棟房子租給教授們，還設立獎學金，保障學子們的學習和生活。時間很快過去，西南聯大迎來畢業典禮，畢云霄、李丞林和胡宗祥等人都畢業了，雙喜特地做了菜，程嘉樹和雙喜一起慶祝他畢業。畢云霄的計劃是上前線，時間很緊，過兩天他就要啟程。他作為過來人，教誨程嘉樹一定要跟著趙忠堯教授學習，只有科學才能救中國。
畢云霄臨行前去見了一面葉潤青，給她講自己的計劃，等打完仗，他打算去延安。至于葉潤青，她想留在這里。畢云霄建議她回到聯大，把沒讀完的書讀完，他正要掏出一樣東西。羅恒犧牲的消息傳來，葉潤青拿到了他生前留給自己的遺物。她看著羅恒的遺信，忍不住淚流滿面。畢云霄也不好再當面把鮮花餅給她，直接放在屋外后就走了。畢云霄此番上前線，危險重重，但正如那句話，風云際會壯士飛，誓死報國生不換。國家危難存亡之際，畢云霄這樣的熱血男兒不會置身事外。
程嘉樹收到了林華珺寫來的信，林華珺終于把玉溪那邊的工作全部交接完畢，不日即將返回聯大。程嘉樹去高興地去迎接她，林華珺問起其他人的去向。程嘉樹說，畢云霄畢業后就上了前線，一刻也等不了，穆旦留校任教，負責新生入學等系列工作，其他的人則去了重慶，在南開中學任教。總之，走的走，留下來的人不多了。