同學(xué)們撤往后山，卻沒(méi)想到日軍的飛機(jī)這次徑直飛向?qū)W校。畢云霄大喊讓同學(xué)們快跑，程嘉樹(shù)想起儀器還在實(shí)驗(yàn)室，立刻跑了回去，畢云霄和林真跟在他身后。三人迅速把儀器收好，跑進(jìn)學(xué)校的應(yīng)急防空洞躲避。丁小五的姑父是日本間諜，他混入西南聯(lián)大后，特地在實(shí)驗(yàn)室的周?chē)帕绥R片，方便日軍鎖定實(shí)驗(yàn)室進(jìn)行轟炸。等轟炸次數(shù)減少，三人撤離防空洞，程嘉樹(shù)返回宿舍拿林華珺送給自己的洋蔥，但被困在宿舍里。宿舍被轟炸起了火，門(mén)被鎖塊扣住，文頡聽(tīng)到程嘉樹(shù)的求救聲，但他竟見(jiàn)死不救。
這次轟炸，有許許多多的學(xué)生受傷，雙喜詢問(wèn)畢云霄，得知程嘉樹(shù)返回宿舍拿那盆洋蔥。另一個(gè)剛從學(xué)校跑出來(lái)的同學(xué)說(shuō)，學(xué)校被炸，宿舍也都被炸爛了。雙喜和畢云霄立刻趕回學(xué)校宿舍，在千鈞一刻之際救出了程嘉樹(shù)。文頡在走之前，告訴程嘉樹(shù)說(shuō)林華珺在南屏大劇院等他，因而他被救出后，往南屏大劇院的方向跑。林華珺在街上，親眼目睹一對(duì)夫妻為了保護(hù)孩子，死于日軍的轟炸之下，程嘉樹(shù)趕至，護(hù)著林華珺和那個(gè)孩子趴下。轟炸后，剩下一堆受傷的人在舔舐傷口，承受失去親人的痛苦。
梅貽琦從鄭天挺口中得知有少部分學(xué)生受傷，書(shū)籍損毀千余件，實(shí)驗(yàn)室全部被炸毀。他安排鄭天挺一些事宜后，大藥房的繆蘭英女士帶了一些白藥過(guò)來(lái)，希望能盡綿薄之力。程嘉樹(shù)不見(jiàn)人影，畢云霄說(shuō)他被救出宿舍后，去南屏大劇院找林華珺了，現(xiàn)在兩人都不見(jiàn)蹤影，不知是否還活著。梅貽琦擔(dān)憂不已，立即讓學(xué)生們?nèi)フ胰恕４藭r(shí)的程嘉樹(shù)和林華珺，以及那個(gè)剛失去雙親的孩子小葵被困在廢墟之下，程嘉樹(shù)奮力挖出了一個(gè)口子，久違的陽(yáng)光透進(jìn)來(lái)，林華珺看到那盆程嘉樹(shù)拼死保護(hù)的洋蔥，頓時(shí)淚流滿面。
阿美聽(tīng)到了程嘉樹(shù)的求救聲，立刻讓大家都過(guò)來(lái)救人。一旁的文頡，也裝模作樣地救人。廢墟下，程嘉樹(shù)明白了很多事，因此他不再選擇逃避，勇敢地向林華珺表白。他要照顧她一輩子，做一個(gè)有用的人。林華珺覺(jué)得程嘉樹(shù)真的變了，她答應(yīng)和程嘉樹(shù)在一起，也決定回到學(xué)校繼續(xù)學(xué)習(xí)。羅恒決定上戰(zhàn)場(chǎng)的前線，葉潤(rùn)青提醒他，他完全可以留下來(lái)當(dāng)教官，不要那么快獻(xiàn)出他年輕的生命。當(dāng)初葉潤(rùn)名說(shuō)要去延安，那時(shí)的潤(rùn)青不理解他，如果能再給她一次機(jī)會(huì)，他一定會(huì)全力支持哥哥，如今對(duì)羅恒，她也一樣。
程嘉樹(shù)和林華珺被救出，住進(jìn)醫(yī)院，雙喜先來(lái)看他們，接著是裴遠(yuǎn)之。林華珺詢問(wèn)她是否可以回來(lái)復(fù)課，裴遠(yuǎn)之說(shuō)可以。這次校舍的修復(fù)工作，鄭天挺拿到了富滇銀行的資金支持，他要趕回學(xué)校告訴校長(zhǎng)這個(gè)好消息。羅恒留下一封信，不作告別就奔赴了沙場(chǎng)，葉潤(rùn)青看著信，淚流滿面。林華珺要留下幾天，程嘉樹(shù)特地讓雙喜做一些好菜，但由于物價(jià)上漲，雙喜也巧婦難為無(wú)米之炊。
程嘉樹(shù)告訴雙喜，他們可以自己在聯(lián)大的空地上種菜。梅貽琦意外得知龍主席的女兒考西南聯(lián)大落榜，鄭天挺回絕了龍?jiān)浦飨拿貢?shū)，梅貽琦認(rèn)為這樣的回復(fù)欠妥，因而主動(dòng)上門(mén)給龍主席賠不是。梅貽琦不是以西南聯(lián)大校長(zhǎng)的身份去見(jiàn)龍?jiān)疲且砸粋€(gè)父親的身份去見(jiàn)他，因?yàn)樗餐∠鄳z，女兒差幾分沒(méi)考上西南聯(lián)大附中。梅貽琦還說(shuō)可以找西南聯(lián)大的老師給龍主席的女兒進(jìn)行補(bǔ)課，此番處理十分穩(wěn)妥，龍?jiān)葡麣狻?/p>
在梅貽琦的邀請(qǐng)下，龍?jiān)拼饝?yīng)去參加西南聯(lián)大兩周年校慶，有人上報(bào)，聯(lián)大禮堂電線被剪，演出無(wú)法進(jìn)行，有人在混亂中高喊“打倒GCD”的口號(hào)。現(xiàn)在三青團(tuán)和群社互相指認(rèn)，紛紛表示是對(duì)方干的，梅貽琦特地把祝修遠(yuǎn)和裴遠(yuǎn)之叫來(lái)，裴遠(yuǎn)之說(shuō)了一番話，祝修遠(yuǎn)覺(jué)得他說(shuō)得對(duì)。后來(lái)祝修遠(yuǎn)去找周宏章，聽(tīng)到文頡和周宏章的對(duì)話，頓時(shí)知曉是文頡剪了禮堂電線。他指責(zé)文頡，周宏章卻維護(hù)文頡，祝修遠(yuǎn)失望，放了卷宗后離開(kāi)。
周宏章任命文頡為本地區(qū)的三青團(tuán)負(fù)責(zé)人，文頡利用卑鄙手段如愿爬上了他想要的位置。裴遠(yuǎn)之和方悅?cè)輰⒔诎l(fā)生的事告訴郭鐵林，郭鐵林認(rèn)為三青團(tuán)不過(guò)是國(guó)民黨反動(dòng)派一線打手，他們要喚醒民眾的力量，讓國(guó)民黨的狼子野心暴露于天下，同時(shí)還要隱藏精干，穩(wěn)扎穩(wěn)打地同對(duì)方斗爭(zhēng)下去。多難興邦，程嘉樹(shù)對(duì)林華珺說(shuō)，每一個(gè)歷經(jīng)磨難的民族都將會(huì)變得強(qiáng)大，林華珺亦認(rèn)為，經(jīng)歷風(fēng)雨，才能看見(jiàn)最美的晚霞。
升官的文頡很高興，他去找阿美喝酒，還給阿美送了一把小提琴。文頡酒后亂性，對(duì)醉倒的阿美下手，兩人發(fā)生了關(guān)系。第二天林華珺要回玉溪做工作交接，歸來(lái)時(shí)間不定，程嘉樹(shù)舍不得。阿美跑來(lái)，哭著告訴他們說(shuō)以后她不能再和他們一起學(xué)習(xí)了，說(shuō)完她哭著跑掉，林華珺和程嘉樹(shù)均不知是什么原因。抗戰(zhàn)時(shí)期，昆明的物價(jià)飛漲，教職工們的工資不夠補(bǔ)貼家用，學(xué)生們也總是吃不飽飯。梅貽琦決定向教育部打報(bào)告，同時(shí)校內(nèi)可以成立一個(gè)服務(wù)社，收入可以補(bǔ)貼到生活中。
潘光旦夫人趙瑞云做繡花售賣(mài)，補(bǔ)貼家用，她告訴梅貽琦夫人韓詠華，趙忠堯帶學(xué)生去購(gòu)買(mǎi)做肥皂的原料，和同學(xué)們一起制作肥皂，賣(mài)給工廠補(bǔ)貼生活。聞一多沒(méi)要學(xué)校發(fā)的津貼，他自己刻章，送給了華羅庚一個(gè)。文頡給聞一多送來(lái)請(qǐng)?zhí)?qǐng)他明天去參加自己和阿美的婚宴，聞一多看他西裝革履，還開(kāi)了車(chē)，聞一多不予理會(huì)文頡遞來(lái)的請(qǐng)?zhí)蛉烁咝⒇戇B忙打圓場(chǎng)。林華珺從玉溪給大家寄了一些蔬菜種子，雙喜分了一些給同學(xué)們，大家在學(xué)校空地上播種，不久后他們就可以自給自足了。
文頡的車(chē)風(fēng)風(fēng)光光地開(kāi)進(jìn)學(xué)校，程嘉樹(shù)從同學(xué)口中得知文頡快要結(jié)婚了，而他結(jié)婚的對(duì)象是沙瑪阿美。程嘉樹(shù)跑去問(wèn)阿美為什么要嫁給文頡，沒(méi)想到文頡說(shuō)他和阿美有孩子了。
抗戰(zhàn)時(shí)期，梅貽琦夫人韓詠華帶著袁復(fù)禮夫人廖家珊、潘光旦夫人趙瑞云一起去街上賣(mài)米糕，她把米糕起名為定勝糕，大家爭(zhēng)相購(gòu)買(mǎi)。云南白藥的繆蘭英女士得知后，特地去找校長(zhǎng)梅貽琦談捐助校舍重建資金一事。看到韓詠華的腳磨破了，梅貽琦很心疼，韓詠華不以為意，繼續(xù)做定勝糕去了。明天就是婚禮，穿上婚服的阿美一點(diǎn)也不開(kāi)心。裴遠(yuǎn)之來(lái)看阿美，給她帶來(lái)林華珺寫(xiě)給她的一封信，同時(shí)也給文頡帶來(lái)聞一多送他的禮物和幾句話，意在提醒文頡不要忘本，勿忘初心。
阿美看完了林華珺寫(xiě)的信，她和文頡商量繼續(xù)讀書(shū)的事，但文頡以她懷了孕為由拒絕。程嘉樹(shù)寫(xiě)信記錄這段時(shí)間物價(jià)飛漲，教授們以各種方式克服困難的事跡，雖然這些信葉潤(rùn)名永遠(yuǎn)不會(huì)看到，但程嘉樹(shù)已形成習(xí)慣。郭鐵林提醒裴遠(yuǎn)之，國(guó)民黨的溶共、限共、反G行為越發(fā)變本加厲，必須小心應(yīng)對(duì)。另一邊，周宏章讓文頡絕不能掉以輕心，文頡按照他的要求寫(xiě)下聯(lián)大內(nèi)部GCD員名單，其中就有程嘉樹(shù)的名字，周宏章雖然對(duì)程嘉樹(shù)沒(méi)印象，但他也知道程嘉樹(shù)還不是群社骨干分子，但文頡卻說(shuō)他加入GCG是遲早的事。
軍事委員給龍?jiān)瓢l(fā)來(lái)一份GCD員名單，龍?jiān)剖植徽J(rèn)同在學(xué)校內(nèi)部搞政治斗爭(zhēng)的行為，因而他讓人復(fù)電說(shuō)遵照，但并未采取任何行動(dòng)，反而是讓出他的一棟房子租給教授們，還設(shè)立獎(jiǎng)學(xué)金，保障學(xué)子們的學(xué)習(xí)和生活。時(shí)間很快過(guò)去，西南聯(lián)大迎來(lái)畢業(yè)典禮，畢云霄、李丞林和胡宗祥等人都畢業(yè)了，雙喜特地做了菜，程嘉樹(shù)和雙喜一起慶祝他畢業(yè)。畢云霄的計(jì)劃是上前線，時(shí)間很緊，過(guò)兩天他就要啟程。他作為過(guò)來(lái)人，教誨程嘉樹(shù)一定要跟著趙忠堯教授學(xué)習(xí)，只有科學(xué)才能救中國(guó)。
畢云霄臨行前去見(jiàn)了一面葉潤(rùn)青，給她講自己的計(jì)劃，等打完仗，他打算去延安。至于葉潤(rùn)青，她想留在這里。畢云霄建議她回到聯(lián)大，把沒(méi)讀完的書(shū)讀完，他正要掏出一樣?xùn)|西。羅恒犧牲的消息傳來(lái)，葉潤(rùn)青拿到了他生前留給自己的遺物。她看著羅恒的遺信，忍不住淚流滿面。畢云霄也不好再當(dāng)面把鮮花餅給她，直接放在屋外后就走了。畢云霄此番上前線，危險(xiǎn)重重，但正如那句話，風(fēng)云際會(huì)壯士飛，誓死報(bào)國(guó)生不換。國(guó)家危難存亡之際，畢云霄這樣的熱血男兒不會(huì)置身事外。
程嘉樹(shù)收到了林華珺寫(xiě)來(lái)的信，林華珺終于把玉溪那邊的工作全部交接完畢，不日即將返回聯(lián)大。程嘉樹(shù)去高興地去迎接她，林華珺問(wèn)起其他人的去向。程嘉樹(shù)說(shuō)，畢云霄畢業(yè)后就上了前線，一刻也等不了，穆旦留校任教，負(fù)責(zé)新生入學(xué)等系列工作，其他的人則去了重慶，在南開(kāi)中學(xué)任教。總之，走的走，留下來(lái)的人不多了。