特務對學生們肆意毆打，林華珺被打中頭部，倒在地上，被特務的人拖走。郭鐵林和裴遠之看到了程嘉樹留下的信和入黨申請書，而程嘉樹不聽安排，擅自回聯大。這場暴虐被稱為一二一慘案，致使四位學生失去生命。程嘉樹在四位烈士的祭奠儀式上向四位老師問好，聞一多對國民黨反動派的行徑感到憤怒不已，沒想到國民黨反動派的關麟征帶人過來，虛情假意地說要進靈堂吊唁，還帶來棺木和一些錢。學生們一致反對他們進去，怒喊讓他們滾出聯大的校園，關麟征灰溜溜夾著尾巴被轟出來。
林華珺被關到警備司，她對文頡這種走狗沒有好態度。文頡得知程嘉樹回了聯大，但因為下午鬧出了四條人命，就連關麟征都被轟了出來，現在沒人能進入聯大校園。雙喜把紙條交給嘉樹，告訴他林華珺找不著了。程嘉樹一看紙條，得知林華珺被關在警備司令部，他沖動地想趕去救林華珺，結果在警備司令部外被人打暈帶回。程嘉樹醒來，郭鐵林嚴肅告訴他，黨組織不會接受一個不聽命令的人，他讓程嘉樹相信黨組織，他們一定會把林華珺救出。周宏章沒能見到程嘉樹，對文頡發了好一通大火。
文頡去監獄，欲挑撥她和程嘉樹之間的關系，反被林華珺諷刺。文頡怒不可遏，打了林華珺一巴掌。潤青以救濟總署國際航空運輸公司董事長的秘書身份去見周宏章，言辭鑿鑿，是提醒，也是威脅。文頡拿林華珺沒辦法，竟要對她用刑。關鍵時刻，周宏章的人前來阻止并讓文頡放了林華珺。潤青接上林華珺，帶她去了醫院治療。裴遠之和郭鐵林回來告訴程嘉樹，林華珺安然無恙，現在人在醫院，但程嘉樹還不能去見她，因為警備司令部的人在盯著林華珺，而組織上準備將他和林華珺送去延安。
街上有很多的學生游行，喊著爭取和平、反對內戰的口號，潤青告訴華珺，學校這幾天舉行了大規模的宣講，控訴國民黨的暴行，同時還宣布停課七天，以示反抗。葉潤青現在對金玉其外敗絮其中的國民黨，已經心灰意冷。雷正告訴華珺，組織會將她和程嘉樹帶離昆明。林華珺有諸多不舍，叮囑阿美和雙喜一定要完成學業。文頡的人盯著華珺，看到她上了一輛黃包車，往城外的方向去，文頡讓手下準備收網。此時，一輛汽車出現，文頡以為車上的人是程嘉樹，立即帶人對其進行追殺。
追趕中，那輛車被文頡的人逼落懸崖的江中，生死不明。文頡上報周宏章，并保證會繼續追查，至于報告就寫程嘉樹已經被處決。沙瑪阿美登報發聲明，宣布與文頡離婚。雙喜拿著一把剪刀要去找文頡報仇，被潤青喝止，她說現在最難受的人應該是華珺。隨后潤青就帶走了雙喜，讓華珺一個人靜靜。
所有人都以為程嘉樹死了，林華珺在難過之際，收到了一枚自窗口投擲而入的戒指，她知道程嘉樹如今是安全的。在行動前一晚，郭鐵林告訴華珺新的行動方案。而華珺必須留下，并且需要按照原計劃在規定的地方等候。林華珺表示會全力配合，讓警備司的人相信那輛車上坐的是程嘉樹。一兒一昆明慘案的真相，迅速傳遍全國，重慶、成都、延安、遵義、上海等地集會游行，聲援昆明學生，各界人士也紛紛譴責國民黨反動派的暴行，在全國人民的壓力下，蔣介石讓關麟征自請處分，并將李宗黃調離。
聞一多帶領學生們向烈士的靈位鞠躬致敬，他們一起宣誓，告慰四位烈士的在天之靈。程嘉樹在報上看到悼詞，十分感傷，要是他也在昆明，好好地和聯大告別該多好。抗戰結束了，西南聯大即將要北歸，梅貽琦發表講話，抨擊“落后就要挨打”的強盜邏輯，讓同學們用知識，讓母親富強起來，讓中國永遠不受欺凌。梅貽琦代表聯大常委會宣布，從今日起，國立西南聯合大學正式結束。馮友蘭宣讀國立西南聯合大學紀念碑的碑文，將西南聯合大學短暫卻又不平凡的歷史娓娓道來，眾人聽完后紛紛鼓掌。
雙喜、阿美、潤青和華珺四人一起在國立西南聯大的門口拍照，這是他們留在西南聯大的最后一天。阿美對未來的規劃是考取師范學校，和華珺一樣當老師。雙喜準備告別他們回北平，但一想到沒保護好程嘉樹，雙喜內心就十分愧疚。華珺為了程嘉樹的安全，沒有將真相告訴雙喜。雙喜和阿美離開之后，華珺和潤青還在校園里。在潤青的鏡頭下，華珺說了一番自己對西南聯大想要的說的話。此景此情，此時此刻，她心里在想著嘉樹，雖然沒有說出嘉樹的名字，但她們彼此心里有數，潤青也知道嘉樹還在。
只是吃飯的時候，潤青問起她有沒有嘉樹的消息，卻得知他們從未聯系，潤青沉默了。華珺很感慨，一路走來，潤青、雙喜和阿美，以及程嘉樹，他們都有很大的變化，好像只有她一個人沒變化。潤青說，因為她從始至終都知道她想要的是什么，而當初的他們都太過幼稚。所以變化才大。馮友蘭來找聞一多，邀請他和自己一同去美國加利福尼亞大學講學，可是聞一多說北平是他的根，北方的青年需要他。
程功同志和過鐵嶺同志走在寂靜林子里，他傳達了上級對郭鐵林同志的工作安排，讓他繼續留在昆明負責學聯的工作。聞一多得知李公樸在大興坡被國民黨反動派暗殺，因而他決定牽頭在云大給李公樸辦一個治喪會。周宏章認為聞一多的發言會極具煽動性，將阻止聞一多的任務交給文頡。文頡讓阿美去轉告聞一多，切勿去明天的報告會。華珺亦從郭鐵林口中得知，反動派已經盯上了聞一多。
林華珺去找聞一多，勸說他明天不要去報告會。雖然她知道勸動聞一多先生的可能性很小，但她還是努力勸說。聞一多何嘗不知道明天的報告會危險重重，可若是他不去，如何告慰亡靈，他沒有槍，唇舌便是他的武器，他必須抗爭到底，他相信家人和妻子會支持自己。聞一多先生還告訴林華珺，在屈原那個時代有兩種人，一眾人可以為了榮譽不要性命，此乃愚不可及，還有一眾人可以為了生命不要名譽，此乃智不可及。愚不可及者是智，智不可及者反愚。見狀，林華珺和聞一多的兒子都要陪他一起去。
高孝貞沒有阻止，只是叮囑聞一多早些休息。次日，聞一多臨行前，高孝貞讓他早點回來。聞一多去到報告會外，文頡勸說加威脅，聞一多越過他走進報告廳內。聞一多站上臺，嚴詞斥責反動派殺死李公樸的卑劣無恥行為。他的話引得報告廳內眾人紛紛鼓掌，聞一多的話擲地有聲，他說你們殺死一個李公樸，還有千百萬個李公樸站出來！人民的力量，是要勝利的，真理是永遠要勝利的，真理是永遠存在的。現在正是黎明前最黑暗的時刻，他們有力量沖破這個黑暗，他們的光明恰是國民黨反動派的末日。
周宏章的人致電周宏章，得知會場失控，周宏章下命令動手，并表示如果這件事辦好了，他可以接替文頡的位置。聞一多看到記錄李公樸遭到暗殺的特刊已經印出來，便吩咐林華珺他們把特刊分發下去。郭鐵林希望聞一多先不要回家，但聞一多執意回去。1946年7月15日，聞一多和兒子聞立鶴在返家途中，遭到國民黨特務的暗殺，聞一多身中十余彈，不幸遇難。聞立鶴為保護父親，中了五槍，留下殘疾。噩耗傳出后，MZ東和朱德發出唁電，周恩來以中國GCD代表團的名義致電聞一多夫人高孝貞。
周宏章將殺害聞一多的臟水潑給文頡，讓他背了黑鍋。文頡登時便明白，自己成了替罪羊。1949年1月31日，中國人民解放軍和平解放北平，裴遠之帶潤青去見了畢云霄。她拿出婚書讓畢云霄簽字，證婚人也找好了，是裴遠之先生。畢云霄再一次萌生退縮的心，推著輪椅想離開，后被潤青的話感動，鄭重在結婚申請書上簽下了自己的名字。1949年10月1日，中華人民共和國成立。不久后，在一個平凡的一天，林華珺結束上課，有一位同學想請她解一道題，看到題目的時候，華珺就知道是嘉樹要回來了。
1937年7年7日到抗戰勝利，整整八年，西南聯大經歷了南遷，精神永續永存。林華珺留在昆明中學繼續教書，阿美也和華珺一樣，做了一位教書育人的老師，雙喜考入清華大學數學系，嘉樹和云霄開始了高能物理研究，他們的時代到了。中國人民共和國成立后，趙忠堯、華羅庚、朱光亞、鄧稼先等人相應祖國號召，陸續回國投身于祖國建設，程嘉樹和畢云霄開啟艱苦的科研工作。1964年10月16日，中國成功爆炸第一顆原子彈；1967年6月7日，第一顆氫彈爆炸試驗成功；1970年4月24日，第一顆人造W星東方紅發射成功，中國在逐漸崛起！
全劇終。