王皇后和蕭淑妃等人在皇后宮中行厭勝之術。武則天斷然出手，向李治告密。李治趕到皇后宮，正好發現王皇后和蕭淑妃兩人正與道士一同做法，手里更是拿著幾個木偶，大木偶雕刻得很像武則天，兩個小木偶則像武則天的兩個兒子，所有木偶的胸前插滿了鋼針。李治又驚又怒，但還不足以廢掉王皇后，便殺一儆百，將王皇后的舅舅宰相柳奭貶出長安。李治想把武則天從昭儀升為妃，并且想出了在四妃之外再加一個妃的稱呼，即宸妃。沒想到長孫無忌聯合眾老臣，還是否定了李治的提議，同時還奏請皇上將李義府貶出長安。
遭受打壓的李義府郁郁不得志，狗急跳墻的他看準李治想立武則天為皇后的心思，便給李治上了奏章，李治大喜過望，武則天更是喜不自勝，李治當夜便提升李義府為中書侍郎。李義府發動對長孫無忌不滿的大臣，上奏章請奏立武則天為皇后。褚遂良堅決反對，并在朝堂上磕頭磕出血來。在李治一旁的武則天大喝一聲，“膽敢在天子面前流血，此乃大不敬，殺了這個老賊。”
一時之間，朝堂上大部分官員紛紛罷朝，只剩下李義府、許敬宗等零星幾個反對長孫無忌的大臣。廢后一事再次遭到長孫無忌的反對，李治束手無策。此時武則天想到了裝病沒有上朝的司空大人李勣，便和李治到李勣的府上，要聽取他的意見，李勣回答，這是皇上的家務事，何必再問外人的意見。有了李勣的支持，再加上李義府和許敬宗等大臣的奏折，王皇后、蕭淑妃終于被廢為庶人，武則天被立為皇后。
武則天舉行了盛大的冊封皇后典禮，故意讓反對自己當皇后的韓瑗、來濟兩位大人來主持儀式，她要通過這一手，來讓反對她的人明白，從此以后，朝廷里她說了算。韓瑗等人自然知道武則天的用心，都膽戰心驚。為樹立自己的威望，武則天還要求在冊封儀式結束后，接受文武百官朝拜。看著山呼皇后千歲，跪倒一地的眾大臣，武則天流淚了，從第二次進宮到立為皇后，她終于取得重大勝利，實現了自己的夢想。但長孫無忌等人的勢力畢竟還存在，朝中的許多大臣也在看著武則天有什么作為。
武則天當皇后以后，首先便拿自家兄弟開刀。武則天的兩個同父異母兄弟在武則天父親死后，對武則天母女很不好，使兩人受盡欺凌。武則天當了皇后之后，幾個兄弟也都沾光升了官。不料，武氏兄弟并不買賬，覺得他們當官是因為是功臣之后，現在靠親戚關系升官，并不感到榮幸。武則天馬上抓住機會，向李治上奏本，把武氏兄弟貶完偏遠之地，樹立了自己賢德皇后的名聲，而朝中大臣也對武則天刮目相看。
武則天為宣揚自己的功德，又特意撰寫了《外戚誡》，提出要約束外戚，防止歷代出現的外戚之禍，讓大唐長治久安。武則天的威望一下子得以提高。武則天當上皇后之后開始強勢干政，甚至幫助李治批閱奏折。受到冷落的李治便又到韓國夫人那里去尋找慰藉。一天李治路過冷宮聽到王皇后和蕭淑妃的喊叫聲，便前往探望。王皇后和蕭淑妃被關在骯臟的小屋，吃的都是殘菜剩飯，李治不由傷心流淚，答應改善她們的處境，并答應讓太醫去給他們看病。
皇后被廢后，太子忠十分害怕，擔心武則天會殺了他，便與他的老師上官儀商議，上官儀建議太子忠當著皇上的面請求退位。李治并沒有同意，而是讓太子忠偷偷去探望王皇后、蕭淑妃。太子忠這時才14歲，害怕得罪武則天，心驚膽戰，見了王皇后一面后趕緊溜走。壽太醫來到冷宮之后，廢皇后和廢淑妃設計讓壽太醫偷偷下藥毒害代王李弘，但被武則天發現了。武則天將計就計，來到李弘的房間，在李弘睡覺之際將窗戶打開。