即便醫(yī)者仁心，為醫(yī)者必先為德，必定從民，可若遇到這種罕見(jiàn)頑疾，皆是避之不及，驅(qū)逐關(guān)門。母女倆尋醫(yī)無(wú)路，甚至因?yàn)槟樕系亩化彛瑹o(wú)人敢將食物賣給她們。幸好老乞丐慈悲心腸，愿拿出饅頭給女孩墊饑，同時(shí)指點(diǎn)這位母親帶著孩子去九齡堂求助。
楚九齡在街上遇到寧云釗，與他簡(jiǎn)單聊了幾句，便是匆忙離開(kāi)。盡管寧云釗對(duì)其迷戀不舍，可又不敢貿(mào)然打擾，只要能夠說(shuō)上話，依然心滿意足。朱瓚趁夜溜進(jìn)九齡堂，專程給君九齡送了份糕點(diǎn)，算是感謝她對(duì)懷王的救命之恩。
次日，楚九齡見(jiàn)到那對(duì)母女，不由大驚，立馬吩咐方錦繡收拾醫(yī)館后房，安排兩人入住，并且讓陳七準(zhǔn)備好祛毒湯，不可耽擱片刻。方錦繡從未見(jiàn)過(guò)她這般慌亂，內(nèi)心感到不安，果然一夜之間，大批城外百姓爭(zhēng)相涌入京城，京城內(nèi)多家醫(yī)館接連上報(bào)太醫(yī)署，證實(shí)了這一情況。
江友樹(shù)聽(tīng)聞此事，忽然想到對(duì)付九齡堂的計(jì)策，那便是將痘瘡病人推給君九齡，無(wú)論是結(jié)果如何，都會(huì)是難逃一死。因?yàn)楦鶕?jù)古籍記載，痘瘡頑疾根本無(wú)藥可治，歷朝歷代但凡發(fā)生此等事件，輕則死傷無(wú)數(shù)，重則毀城滅國(guó)。
寧叔父建議盡快尋找廣闊場(chǎng)所，妥善安置患民，繼而交由太醫(yī)署進(jìn)行幾種治療。但是江友樹(shù)以各種理由推辭，反而舉薦君九齡為不二人選。恰巧此時(shí)，朱瓚在君九齡的委托下，親自進(jìn)宮面圣，同樣是力薦九齡堂。
滿朝文武見(jiàn)狀，紛紛跟著附議，楚讓順勢(shì)頒下旨意，命令君九齡以為期一個(gè)月的時(shí)間，尋找治愈痘瘡的方法，同時(shí)吩咐武德司將患民轉(zhuǎn)移到青山別院嚴(yán)加看管。倘若期滿無(wú)效，便要放火燒院，連同君九齡和那些患民。
早在頒發(fā)圣旨之前，楚九齡已在苦尋對(duì)策，考慮到九齡堂人手不夠，于是帶著柳兒尋求各個(gè)醫(yī)館大夫的幫助，希望能勸說(shuō)他們跟自己前往別院救人。可當(dāng)楚九齡將真實(shí)情況相告，馮大夫面露難色，他自認(rèn)作為普通的正骨大夫，實(shí)在是難以擔(dān)此重任。
礙于以往的交情，馮大夫不忍君九齡前去送死，建議她應(yīng)該隱瞞情況，可是楚九齡不愿騙人，沒(méi)有聽(tīng)從對(duì)方的建議。至少在她看來(lái)，即便痘瘡之毒殺人無(wú)數(shù)，理應(yīng)擔(dān)負(fù)起作為大夫的責(zé)任，然而大夫與患民同樣是條人命，沒(méi)有輕重之分，不該強(qiáng)求。
整整一日之久，過(guò)得漫長(zhǎng)且失敗，楚九齡跑遍全京城的醫(yī)館，無(wú)人肯陪她冒險(xiǎn)赴死。正當(dāng)楚九齡內(nèi)心沮喪，朱瓚突然跑來(lái)，承諾會(huì)陪在身邊共渡難關(guān)。正因有朱瓚的安慰，楚九齡的心情略有好轉(zhuǎn)，直至次日，當(dāng)她從容面對(duì)，將要跟隨武德司離開(kāi)之際，怎料馮大夫等人匆忙趕來(lái)，全都自愿前往青山別院。
不僅是楚九齡熱淚盈眶，就連陸云旗也都有所觸動(dòng)，原來(lái)馮大夫既信任且佩服君九齡的勇氣，所以連夜游說(shuō)與他要好的大夫，好不容易聚集了這群仁義之醫(yī)，縱然無(wú)法徹底根治痘瘡，至少也能在史書(shū)留名。得知真相的楚九齡，真誠(chéng)向馮大夫他們彎腰鞠躬，表達(dá)了發(fā)自內(nèi)心的感激之情。
楚九齡在臨走之前，專門草擬一份物資清單交給柳掌柜，讓他盡快備齊送往青山別院。江友樹(shù)聽(tīng)聞京城內(nèi)多家醫(yī)館大夫自請(qǐng)前往別院救人，不禁感慨這君九齡手段高超，竟能如此煽動(dòng)人心，于是便讓其他太醫(yī)做好萬(wàn)全之策，多去皇宮以及朝官家走動(dòng)，以此安撫拉攏。
朱瓚為能進(jìn)入青山別院，主動(dòng)去找寧云釗幫忙，讓其叔父在上朝之時(shí)諫言，如若當(dāng)今圣上能夠派遣親王以及皇子駐守別院，由此方可彰顯皇家重視，振奮民心，慰告醫(yī)患。然而痘瘡之毒兇猛萬(wàn)分，楚讓自然是不會(huì)讓皇嗣以身涉險(xiǎn)，所以他順應(yīng)黃大人建議，委派朱瓚將功補(bǔ)過(guò)。
待計(jì)謀成功，寧云釗親自送朱瓚出城，并且叮囑他務(wù)必照顧好君九齡。此時(shí)別院之內(nèi)，患民眾多，楚九齡和大夫們忙得不可開(kāi)交，怎料祛毒湯只能緩解病情，對(duì)于診治痘瘡根本不見(jiàn)成效。
當(dāng)天晚上，楚九齡與大家商討對(duì)策，依照今日的診斷以及每人想法，及時(shí)調(diào)整藥方，以便擇用。討論結(jié)束后，君九齡根據(jù)方子重新煎藥，陳七擔(dān)心她身體吃不消，特地熬了參湯端來(lái)。
但是楚九齡不舍得飲用，便讓陳七送給另外幾名大夫，誰(shuí)知陸云旗從外面進(jìn)來(lái)，質(zhì)問(wèn)她查出懷王并未患得老鼠瘡，為何還要對(duì)外謊報(bào)實(shí)情。楚九齡不愿回答，正當(dāng)陸云旗漸失耐心，朱瓚突然出現(xiàn)，甚至拿出圣旨要求陸云旗離開(kāi)。
正因朱瓚自知會(huì)有幾率感染痘瘡，依然不顧自身安危尋來(lái)，楚九齡既心疼又感動(dòng)，奈何無(wú)法勸他離開(kāi)。之后數(shù)日過(guò)去，患民始終不見(jiàn)好轉(zhuǎn)，甚至有嚴(yán)重者就此喪命。那些還在苦撐期盼希望的病人們，已然產(chǎn)生恐慌，就連之前的母女倆也逐漸失去信心。
面對(duì)眾人憤怒指責(zé)，楚九齡主動(dòng)坦白事情，聲稱自己現(xiàn)在的確還未找到治愈良方，但是懇請(qǐng)大家能稍作忍耐，只要痘瘡一日不除，她便一日不會(huì)離開(kāi)。朱瓚見(jiàn)狀上前解圍，并以自己的世子身份做出承諾，終是打消了患民的敵意。
楚九齡讓朱瓚傳話給陸云旗，倘若看見(jiàn)德盛昌上山送貨，切記給予放行。遠(yuǎn)在澤州的方承宇收到消息，立馬往京城寫信，著手準(zhǔn)備楚九齡交代他的事情，大批量購(gòu)置藥材以及患過(guò)痘瘡的黃牛。
江友樹(shù)試圖打探青山別院的情況，可惜他們無(wú)法派人進(jìn)去，于是想通過(guò)楚讓召回陸云旗。反觀別院里的大夫們，眼見(jiàn)死亡人數(shù)越來(lái)越多，頓時(shí)陷入慌亂之中，吵著鬧著要回京城，不再繼續(xù)留在這里。
盡管楚九齡費(fèi)盡口舌，依然無(wú)法平復(fù)對(duì)方的情緒，陸云旗想要?jiǎng)佑梦淞ψ柚梗液藐P(guān)鍵時(shí)刻，朱瓚出現(xiàn)化解干戈。他動(dòng)之以理曉之以情，說(shuō)明如果有人決意離開(kāi)，可以先安排干凈院落住下，待疫情結(jié)束再送他下山。
如今形勢(shì)危急，楚九齡理解在場(chǎng)大夫的心情，畢竟他們拋家舍業(yè)來(lái)到此處，怎能忍受一次又一次的挫折打擊，所以在她真誠(chéng)挽留下，馮大夫號(hào)召所有人守住醫(yī)者本心的信念，即便是死也要扛過(guò)這次難關(guān)。
德盛昌備妥貨源后，柳掌柜親自送貨上山，交由朱瓚和陳七手里。雖然藥材是治療痘瘡的關(guān)鍵，可是德盛昌送來(lái)的幾頭黃牛令大家有些不解，楚九齡解釋黃牛患過(guò)痘瘡，如若將其身上的痘痂刮掉，以其身上逗毒接種到人身上，或許可以徹底根治患民。只不過(guò)此方從未有人試過(guò)，還需尋得一位沒(méi)有得過(guò)痘瘡的人進(jìn)行接種，大夫們覺(jué)得太過(guò)匪夷所思，完全不相信她所說(shuō)的方法。
由于青山別院遲遲未有消息，距離一月期限將至，因此陸云旗奉命下達(dá)最后通牒，責(zé)令君九齡七日內(nèi)找出根治方法。楚九齡見(jiàn)病患果兒對(duì)自己抱以期望，心中萬(wàn)般滋味，不愿再繼續(xù)坐以待斃，決定要以身試痘，倘若成功可救天下蒼生，即便失敗也無(wú)怨無(wú)悔。
然而朱瓚對(duì)君九齡所提倡的種痘之法深信不疑，當(dāng)晚毛遂自薦，勸說(shuō)君九齡在他身上種痘。楚九齡果斷拒絕，正當(dāng)二人為此僵持不下，陸云旗突然到訪，押著一名犯事兒的手下，要讓君九齡用他試藥。
盡管那人盜取死人物品送往山下變賣，可謂罪大惡極，但是楚九齡見(jiàn)對(duì)方苦苦哀求，實(shí)在是不想強(qiáng)人所難。陸云旗見(jiàn)狀命人將其殺害，同時(shí)再次警告君九齡只有七天時(shí)間。正因如此，朱瓚強(qiáng)調(diào)自己作為世子，傳承成國(guó)公的風(fēng)骨，不僅只存于血脈，更要為國(guó)為民，鞠躬盡瘁。
如今皇城內(nèi)的人不受痘毒之苦，皇城外的人卻是生死難料，楚九齡別無(wú)他法，唯有含淚為朱瓚種痘，關(guān)懷倍切地陪在身邊。自此往后幾天，楚九齡一邊照顧朱瓚的同時(shí)，還要觀察患民的情況，有些百姓非但沒(méi)有好轉(zhuǎn)，反而出現(xiàn)口吐白沫、昏厥等癥狀。
眼下形勢(shì)危急，所有的希望都寄予在朱瓚身上，可當(dāng)看見(jiàn)朱瓚飽受痛苦，痘毒存留在體內(nèi)，就連楚九齡也都驚慌失措。她不顧傳染風(fēng)險(xiǎn)，緊緊握著朱瓚的手，不斷訴說(shuō)著埋藏在內(nèi)心深處的話語(yǔ)，而這一幕便被陸云旗看在眼里。
楚讓派兵進(jìn)駐青山別院，表面是以增援為由，實(shí)則監(jiān)督陸云旗放火燒院。事實(shí)上，陸云旗通過(guò)這段時(shí)間的相處，越發(fā)對(duì)君九齡記憶深刻，甚至有很多次都把她當(dāng)成九齡公主的轉(zhuǎn)世。可現(xiàn)在看到的景象，已讓他徹底堅(jiān)信君九齡在故意隱瞞身份。
幸好朱瓚熬過(guò)危險(xiǎn)期，全身冒出毒痘，待他醒來(lái)時(shí)早就天色大亮。看著君九齡守在床邊，憔悴不堪，朱瓚打趣她將自己的身體看遍，同時(shí)回想起方才夢(mèng)見(jiàn)楚九齡被大火焚燒，縱然心疼九齡公主的遭遇，卻無(wú)法為對(duì)方分擔(dān)痛苦。
楚九齡因?yàn)橹飙懙脑挘粫r(shí)思緒萬(wàn)千，便找借口出門熬藥，怎料陸云旗走了過(guò)來(lái)，直接拆穿她的身份，以及質(zhì)問(wèn)她為何不肯承認(rèn)。楚九齡自知多說(shuō)無(wú)益，索性不再掩飾，反問(wèn)陸云旗如何才能放過(guò)自己，奈何陸云旗聞言既喜又怒，聲稱這輩子永遠(yuǎn)不會(huì)放過(guò)楚九齡。
考慮到朱瓚試痘成功，此舉大得人心，楚讓不得不對(duì)成國(guó)公有所忌憚，并且籌劃接下來(lái)的對(duì)策。眾大夫按照楚九齡傳授的方法，陸續(xù)從朱瓚身上取下痘痂為患民醫(yī)治，礙于大人和孩童體制偏差問(wèn)題，還需尋找身體健康的孩童種痘。
朱瓚在完成任務(wù)后，主動(dòng)進(jìn)宮求見(jiàn)楚讓，希望能帶罪臣周本堂世孫去青山別院。雖然周本堂叛亂入獄，已被株連九族，可是楚讓找不出理由拒絕朱瓚，況且如果答應(yīng)了他的請(qǐng)求，既能讓朱瓚欠個(gè)人情，還能傳播楚帝仁德的聲名，也算是兩全其美之事。