即便醫者仁心，為醫者必先為德，必定從民，可若遇到這種罕見頑疾，皆是避之不及，驅逐關門。母女倆尋醫無路，甚至因為臉上的痘瘡，無人敢將食物賣給她們。幸好老乞丐慈悲心腸，愿拿出饅頭給女孩墊饑，同時指點這位母親帶著孩子去九齡堂求助。
楚九齡在街上遇到寧云釗，與他簡單聊了幾句，便是匆忙離開。盡管寧云釗對其迷戀不舍，可又不敢貿然打擾，只要能夠說上話，依然心滿意足。朱瓚趁夜溜進九齡堂，專程給君九齡送了份糕點，算是感謝她對懷王的救命之恩。
次日，楚九齡見到那對母女，不由大驚，立馬吩咐方錦繡收拾醫館后房，安排兩人入住，并且讓陳七準備好祛毒湯，不可耽擱片刻。方錦繡從未見過她這般慌亂，內心感到不安，果然一夜之間，大批城外百姓爭相涌入京城，京城內多家醫館接連上報太醫署，證實了這一情況。
江友樹聽聞此事，忽然想到對付九齡堂的計策，那便是將痘瘡病人推給君九齡，無論是結果如何，都會是難逃一死。因為根據古籍記載，痘瘡頑疾根本無藥可治，歷朝歷代但凡發生此等事件，輕則死傷無數，重則毀城滅國。
寧叔父建議盡快尋找廣闊場所，妥善安置患民，繼而交由太醫署進行幾種治療。但是江友樹以各種理由推辭，反而舉薦君九齡為不二人選。恰巧此時，朱瓚在君九齡的委托下，親自進宮面圣，同樣是力薦九齡堂。
滿朝文武見狀，紛紛跟著附議，楚讓順勢頒下旨意，命令君九齡以為期一個月的時間，尋找治愈痘瘡的方法，同時吩咐武德司將患民轉移到青山別院嚴加看管。倘若期滿無效，便要放火燒院，連同君九齡和那些患民。
早在頒發圣旨之前，楚九齡已在苦尋對策，考慮到九齡堂人手不夠，于是帶著柳兒尋求各個醫館大夫的幫助，希望能勸說他們跟自己前往別院救人。可當楚九齡將真實情況相告，馮大夫面露難色，他自認作為普通的正骨大夫，實在是難以擔此重任。
礙于以往的交情，馮大夫不忍君九齡前去送死，建議她應該隱瞞情況，可是楚九齡不愿騙人，沒有聽從對方的建議。至少在她看來，即便痘瘡之毒殺人無數，理應擔負起作為大夫的責任，然而大夫與患民同樣是條人命，沒有輕重之分，不該強求。
整整一日之久，過得漫長且失敗，楚九齡跑遍全京城的醫館，無人肯陪她冒險赴死。正當楚九齡內心沮喪，朱瓚突然跑來，承諾會陪在身邊共渡難關。正因有朱瓚的安慰，楚九齡的心情略有好轉，直至次日，當她從容面對，將要跟隨武德司離開之際，怎料馮大夫等人匆忙趕來，全都自愿前往青山別院。
不僅是楚九齡熱淚盈眶，就連陸云旗也都有所觸動，原來馮大夫既信任且佩服君九齡的勇氣，所以連夜游說與他要好的大夫，好不容易聚集了這群仁義之醫，縱然無法徹底根治痘瘡，至少也能在史書留名。得知真相的楚九齡，真誠向馮大夫他們彎腰鞠躬，表達了發自內心的感激之情。
楚九齡在臨走之前，專門草擬一份物資清單交給柳掌柜，讓他盡快備齊送往青山別院。江友樹聽聞京城內多家醫館大夫自請前往別院救人，不禁感慨這君九齡手段高超，竟能如此煽動人心，于是便讓其他太醫做好萬全之策，多去皇宮以及朝官家走動，以此安撫拉攏。
朱瓚為能進入青山別院，主動去找寧云釗幫忙，讓其叔父在上朝之時諫言，如若當今圣上能夠派遣親王以及皇子駐守別院，由此方可彰顯皇家重視，振奮民心，慰告醫患。然而痘瘡之毒兇猛萬分，楚讓自然是不會讓皇嗣以身涉險，所以他順應黃大人建議，委派朱瓚將功補過。
待計謀成功，寧云釗親自送朱瓚出城，并且叮囑他務必照顧好君九齡。此時別院之內，患民眾多，楚九齡和大夫們忙得不可開交，怎料祛毒湯只能緩解病情，對于診治痘瘡根本不見成效。
當天晚上，楚九齡與大家商討對策，依照今日的診斷以及每人想法，及時調整藥方，以便擇用。討論結束后，君九齡根據方子重新煎藥，陳七擔心她身體吃不消，特地熬了參湯端來。
但是楚九齡不舍得飲用，便讓陳七送給另外幾名大夫，誰知陸云旗從外面進來，質問她查出懷王并未患得老鼠瘡，為何還要對外謊報實情。楚九齡不愿回答，正當陸云旗漸失耐心，朱瓚突然出現，甚至拿出圣旨要求陸云旗離開。
正因朱瓚自知會有幾率感染痘瘡，依然不顧自身安危尋來，楚九齡既心疼又感動，奈何無法勸他離開。之后數日過去，患民始終不見好轉，甚至有嚴重者就此喪命。那些還在苦撐期盼希望的病人們，已然產生恐慌，就連之前的母女倆也逐漸失去信心。
面對眾人憤怒指責，楚九齡主動坦白事情，聲稱自己現在的確還未找到治愈良方，但是懇請大家能稍作忍耐，只要痘瘡一日不除，她便一日不會離開。朱瓚見狀上前解圍，并以自己的世子身份做出承諾，終是打消了患民的敵意。
楚九齡讓朱瓚傳話給陸云旗，倘若看見德盛昌上山送貨，切記給予放行。遠在澤州的方承宇收到消息，立馬往京城寫信，著手準備楚九齡交代他的事情，大批量購置藥材以及患過痘瘡的黃牛。
江友樹試圖打探青山別院的情況，可惜他們無法派人進去，于是想通過楚讓召回陸云旗。反觀別院里的大夫們，眼見死亡人數越來越多，頓時陷入慌亂之中，吵著鬧著要回京城，不再繼續留在這里。
盡管楚九齡費盡口舌，依然無法平復對方的情緒，陸云旗想要動用武力阻止，幸好關鍵時刻，朱瓚出現化解干戈。他動之以理曉之以情，說明如果有人決意離開，可以先安排干凈院落住下，待疫情結束再送他下山。
如今形勢危急，楚九齡理解在場大夫的心情，畢竟他們拋家舍業來到此處，怎能忍受一次又一次的挫折打擊，所以在她真誠挽留下，馮大夫號召所有人守住醫者本心的信念，即便是死也要扛過這次難關。
德盛昌備妥貨源后，柳掌柜親自送貨上山，交由朱瓚和陳七手里。雖然藥材是治療痘瘡的關鍵，可是德盛昌送來的幾頭黃牛令大家有些不解，楚九齡解釋黃牛患過痘瘡，如若將其身上的痘痂刮掉，以其身上逗毒接種到人身上，或許可以徹底根治患民。只不過此方從未有人試過，還需尋得一位沒有得過痘瘡的人進行接種，大夫們覺得太過匪夷所思，完全不相信她所說的方法。
由于青山別院遲遲未有消息，距離一月期限將至，因此陸云旗奉命下達最后通牒，責令君九齡七日內找出根治方法。楚九齡見病患果兒對自己抱以期望，心中萬般滋味，不愿再繼續坐以待斃，決定要以身試痘，倘若成功可救天下蒼生，即便失敗也無怨無悔。
然而朱瓚對君九齡所提倡的種痘之法深信不疑，當晚毛遂自薦，勸說君九齡在他身上種痘。楚九齡果斷拒絕，正當二人為此僵持不下，陸云旗突然到訪，押著一名犯事兒的手下，要讓君九齡用他試藥。
盡管那人盜取死人物品送往山下變賣，可謂罪大惡極，但是楚九齡見對方苦苦哀求，實在是不想強人所難。陸云旗見狀命人將其殺害，同時再次警告君九齡只有七天時間。正因如此，朱瓚強調自己作為世子，傳承成國公的風骨，不僅只存于血脈，更要為國為民，鞠躬盡瘁。
如今皇城內的人不受痘毒之苦，皇城外的人卻是生死難料，楚九齡別無他法，唯有含淚為朱瓚種痘，關懷倍切地陪在身邊。自此往后幾天，楚九齡一邊照顧朱瓚的同時，還要觀察患民的情況，有些百姓非但沒有好轉，反而出現口吐白沫、昏厥等癥狀。
眼下形勢危急，所有的希望都寄予在朱瓚身上，可當看見朱瓚飽受痛苦，痘毒存留在體內，就連楚九齡也都驚慌失措。她不顧傳染風險，緊緊握著朱瓚的手，不斷訴說著埋藏在內心深處的話語，而這一幕便被陸云旗看在眼里。
楚讓派兵進駐青山別院，表面是以增援為由，實則監督陸云旗放火燒院。事實上，陸云旗通過這段時間的相處，越發對君九齡記憶深刻，甚至有很多次都把她當成九齡公主的轉世。可現在看到的景象，已讓他徹底堅信君九齡在故意隱瞞身份。
幸好朱瓚熬過危險期，全身冒出毒痘，待他醒來時早就天色大亮。看著君九齡守在床邊，憔悴不堪，朱瓚打趣她將自己的身體看遍，同時回想起方才夢見楚九齡被大火焚燒，縱然心疼九齡公主的遭遇，卻無法為對方分擔痛苦。
楚九齡因為朱瓚的話，一時思緒萬千，便找借口出門熬藥，怎料陸云旗走了過來，直接拆穿她的身份，以及質問她為何不肯承認。楚九齡自知多說無益，索性不再掩飾，反問陸云旗如何才能放過自己，奈何陸云旗聞言既喜又怒，聲稱這輩子永遠不會放過楚九齡。
考慮到朱瓚試痘成功，此舉大得人心，楚讓不得不對成國公有所忌憚，并且籌劃接下來的對策。眾大夫按照楚九齡傳授的方法，陸續從朱瓚身上取下痘痂為患民醫治，礙于大人和孩童體制偏差問題，還需尋找身體健康的孩童種痘。
朱瓚在完成任務后，主動進宮求見楚讓，希望能帶罪臣周本堂世孫去青山別院。雖然周本堂叛亂入獄，已被株連九族，可是楚讓找不出理由拒絕朱瓚，況且如果答應了他的請求，既能讓朱瓚欠個人情，還能傳播楚帝仁德的聲名，也算是兩全其美之事。