參寥再次到勸說仁惠堂勸說曲貴年降低藥材價格，又被家丁轟出。蘇軾大怒，立即張貼告示于杭州城內各處，勒令杭州城各大藥店立即降價售藥，違者封店，充其藥材為官家藥庫。蘇軾與曲貴年激烈辯論。不料王覿也在這里，阻撓封店。還威脅要以損害市易、欺市擾行、與民爭利之罪參劾蘇軾。曲貴年公子曲錢也染上了瘟疫，呻吟不止。服藥無效，不得已只好去安樂坊抓藥。不料安樂坊對百姓幾乎免費，唯獨對曲貴年要價昂貴，且一漲再漲。曲貴年為醫好兒子的病，只得忍氣吞聲。楊世昌查明，此次瘟疫起于飲水。這引起了蘇軾治理水源的想法。安樂坊病房。參寥夙夜操勞，又在疫地飲水吃飯，不幸染疾去世。蘇軾淚下如流霰。
綢絹商顏益、顏章兄弟倚仗王覿之勢，給綢絹糊藥，以次充好。蘇軾命令全部沒收，課以重罰。蘇軾以搖動長吏，脅制監官之罪判顏氏兄弟刺配本州牢城，并罰王覿交出收受顏氏兄弟的賄賂用于治理西湖。劉摯企圖阻撓蘇軾疏浚西湖，被太皇太后否決。而劉摯提出的改開黃河方案卻被范純仁上奏勸阻，太皇太后下令停止。西湖疏浚清淤完工，蘇堤建成。蘇堤春曉，稱為西湖十景之一。呂大防和劉摯為開脫為相不公道之名，啟奏太皇太后召回一些被貶在外的熙豐黨人，以為自己所用。卻因蘇轍反對而未果。劉摯、王巖叟利用章惇生性好斗、睚眥必報的性格，以蘇轍反對召回熙豐黨人的言論挑撥章惇與蘇軾的關系，并派王覿操辦此事。章惇果然中計，把國家政事豈能和私人交情纏在了一起，不顧多年情誼和蘇軾的勸說與蘇軾一刀兩斷。太皇太后發旨，擢升劉摯、王巖叟等人官職，以蘇轍為尚書右丞，蘇軾改翰林學士承旨，并令蘇軾重回京師。公元1091年，蘇東坡離開杭州，返回京師。
西夏大舉進攻西北邊境，眾大臣噤若寒蟬，無人敢帶兵抗敵。太皇太后宣蘇軾火速晉京，任兵部尚書。并賜以尚方寶劍，號令三軍。眾人言戰言和，各持己見，莫衷一是。蘇軾決心用兵，禁止妄議邊事，并與西北邊將高永亨制定方略。一面命令環州太守固守城池，一面命令折可適插入敵后，拆毀路橋，填埋水井，襲其糧草，拖延時日;待西夏軍撤退時再率輕騎火攻其糧草，截殺敵軍。西夏攻打環州不下，偷襲慶州未果。又遭宋軍多次襲擾，糧餉，水源不敷使用，已成疲兵。梁太后不得已下令撤兵。對西夏的自衛戰爭勝利了，巢谷卻陷入重圍，血染沙場，臨終前囑托將自己葬在密州。蘇軾悲痛交加。延和殿。太皇太后論功行賞，著有司重賞蘇軾、章粢、折可適等有功將士，巢谷已死，封義勇真人，并拒絕了蘇軾外任的請求。