決定任命蘇軾為汝州團練副使。并親手下了詔任命詔書親。蘇軾在赴任途中，蘇轍勸說要韜光養晦，謹言慎行，蘇軾卻仍不肯隨世俯仰。途經江寧，王安石不禁稱贊蘇軾是真君子，二人盡顯惺惺相惜之情。李定又欲以謝表中字句彈劾蘇軾，不想卻被神宗怒斥制造烏臺詩案，欺君主、害賢良。神宗駕崩，哲宗即位，年僅十歲，由太皇太后代理國政。臨終前，神宗對母后盡陳對使蘇軾大才遭忌的悔恨之情，并囑托母后將皇兒托付給蘇軾、司馬光、呂公著等。百姓們紛紛議論司馬光是“留相天子”，但司馬光擔心民意有違朝廷之心，來京城吊唁先帝后便與程頤火速離開。高太皇太后，命司馬光速晉京見駕。下旨復蘇軾為太守，知登州。王珪病重，臨終前先是將自己做官保位的“忍順躲推”四字經教給兒子們，之后又要孫兒背新學的詩詞，孫兒背出的卻是“明月幾時有，把酒問青天……
蘇軾到登州五日便又因升任為起居舍人回到京城。蘇轍也從筠州鹽監升為右司諫。司馬光推薦呂公著為戶部尚書，外貶曾布，在廢除了《青苗法》后又要廢除《免役法》。蘇軾從維護國勢爭等方面歷陳理由，勸說司馬光不要廢除《免役法》，反令司馬光認定蘇軾是王安石之黨，二人不歡而散。政事堂內，章惇據理力爭、慷慨陳詞，力駁劉摯、王巖叟等，盡言《免役法》不可廢之理，司馬光無奈只好決定將兩種議論同時上奏太皇太后。劉摯等無力反駁章惇，卻責問蘇軾袖手旁觀，蘇軾提醒他們討論國家大事，不能把個人恩怨攪在其中。劉摯等便在背后罵蘇軾忘恩負義。章惇向太后彈劾司馬光為報私怨，盡廢新法，不想卻被太后嚴詞斥責。章惇感覺局勢不妙，找到蘇軾暢談，并將自己的兩個兒子托付給蘇軾，請他代盡教化之責，蘇軾慨然應允。
西夏又興戰事，大兵直指邊關六城。司馬光判斷西夏只是為了搶率財物，并無侵犯之意。決定放棄六城，斷絕與西夏的貿易。蘇軾得知此事，大呼不妥，立刻趕往政事堂勸阻司馬光，卻被司馬光固執的拒絕。司馬光最終促進太皇太后下旨，棄六城與西夏求和力守邊境六城的將士全部棄城撤退后，西夏得寸進尺，屢屢進犯。病中的司馬光這時才如夢初醒，趁人蘇軾當初所言的正確，聽從蘇軾的建議，選派良將，訓練兵馬，守而不戰，同時與西夏不斷貿易。朝廷命蘇軾起草貶放呂惠卿的圣旨，蘇軾信手拈來，洋洋灑灑，頃刻書就，這道貶書，立即引起全國轟動，天下學子無不爭抄，元祐黨人拍手稱快，而熙豐黨人從此對蘇東坡更加恨之入骨。司馬光病逝，高太皇太后欲授蘇軾中書舍人，蘇軾三呈辭狀，不愿就職，太后再下詔書。