李鴻章一行到達日本馬關，伊藤博文提前會見了李鴻章，拒絕了他的停戰請求。次日會談正式開始，伊藤博文表示同意停戰，但必須占領山海關和天津。李鴻章急電北京請旨，翁同和指責李鴻章賣國，光緒皇帝與恭親王商議后決定不談休戰，直接議和。?日本，伊藤博文接受李鴻章提出的“休戰免議”，但表示現在條約正在抄寫修訂，并拒絕向李鴻章透露條約概要。?陸奧宗光對李經方表示日本即將進攻臺灣，此時卻突然接到李鴻章遇刺的消息，并且李鴻章拒絕讓李經方送他去醫院。伊藤博文以政府和個人的名譽保證，一定盡快查清。伊東佑亨向大本營報告，艦隊部署完畢，準備進攻澎湖列島。刺殺李鴻章的兇手被日本警方抓獲，伊藤博向天皇表示竭盡全力讓李鴻章打消回國的念頭，天皇指示馬上令聯合艦隊開戰。?日軍不宣而戰，澎湖軍民血戰死守。唐景崧拒絕了劉永福要求守臺北天險的請求，命其鎮守臺南，孫毓汶向光緒皇帝匯報，日本同意休戰十五日，但澎湖列島和臺灣不再其列。
收到日本的割地賠款方案，光緒皇帝命李鴻章賠款限一萬萬兩之內，遼東只能割鴨綠江一側；臺灣只能割澎湖列島。中日雙方的談判陷入僵局，伊藤博文提出最后通牒，限三日內簽約，否則進攻山海關，李鴻章一邊向北京請旨一邊暗通法、德、俄等國家，希望他們出面斡旋。王文韶接任北洋竟查出北洋庫里尚存余銀八百多萬兩.光緒皇帝得知后大怒。?伊藤博文對李鴻章?“只割澎湖不涉及臺灣”的提議，不予采納。養心殿內，眾大臣群情激昂，認為兵費不可賠，遼東臺灣不可讓，紛紛要求遷都再戰，而西太后則不肯遷都。?李鴻章跟伊藤博文就賠款的具體數額進行激烈的爭論，伊藤博文寸步不讓。最終李鴻章在最后的時限內終于簽署了《馬關條約》。劉銘傳收到李鴻章的書信后，決定速回臺灣。翁同和收到丘逢甲的血書，被臺民鄉紳誓死保衛臺灣的精神深深打動。北京都察院門前臺灣舉子汪春源與天下十八省舉子聯名保臺,全國十八省的舉子也紛紛聯名罷考，要求皇上拒約再戰。
西太后聽說英國人有意以十億英鎊租金租借臺灣，命張之洞緊急約見英國領事，但得知英國租借臺灣的可能性幾乎為零。?光緒皇帝得知天津駐守的六十營兵因為洪水死傷無數，無法來援，悲憤異常。皇上終于用璽，李鴻章命李經方即刻辭官。科士達冒雨拜訪李鴻章，帶來俄法德三國原則上同意對日本進行外交干涉的消息。?三國干預下，清廷追加三千萬賠款，日本歸還遼東，睦仁天皇十分不滿。俄德法三國借機進一步索取更多在華利益，將觸角伸向內陸的西北西南地區。臺灣在籍官員、地方士紳聞知遼東歸還，齊集撫臺衙門，要求效仿此例，再加賠三千萬兩銀子，贖回臺灣！光緒皇帝得到消息后，命李鴻章和孫毓汶與日方交涉。日方表示，臺灣是日本走向亞洲的生命線，就是再追加兩萬萬賠款，也不能退還。?唐景崧收到圣旨，命他率臺灣文武百官即刻內渡，回京復旨，但唐景崧向臺胞表示要帶領全臺軍民，抗爭到底，誓死保臺！