戚繼光不愿向俞大猷告別，但俞帥卻親自前來送行，譚綸對戚繼光說這次并沒有白走一趟，至少得到了俞帥的器重。但戚繼光并不知道，正是這一次失敗的舉薦觸犯了維護衛所制官員的利益，給了嚴嵩等奸人以口實，令譚綸遭到彈劾。
戚繼光決心練出一支一百六十人的精兵給朝廷看看，但士兵們顯然不以為然，表決心都顯得有氣無力，他們覺得戚將軍連續幾次受挫，都對他還有沒有精氣神不抱信心，倒是王昱竹認為戚繼光是難得一見的真漢子，越挫必會越勇，在她的鼓動下士兵們才恢復了信心。
譚綸受到眾臣彈劾，徐階寫了兩份奏章，一份是替譚綸說話的，一份是處置譚綸的，卻拿不定主意該上呈哪一份？譚綸說自己既然接受了這份差事，有事理應由他承擔，他請徐閣老把處置自己的奏章上報，罷官抑或充軍全憑閣老說了算。太岳告訴他罷官或充軍倒是談不上，只是他不能在兵部任職了，調令是南直隸禮部主事，雖然官階不變，但到陪都任職也就意味著譚綸仕途的終結。
嘉靖三十四年，一支倭寇軍隊侵略大明，一路快速奔襲直指南京城，戰斗力低下、行動遲滯的明軍竟束手無策。
南京城老百姓對官兵失去信心，聚在城門口要求出城避難，與官兵發生了糾紛，譚綸看到這一幕來到南直隸巡撫衙門主動請纓以解燃眉之急。他拿到巡撫大人的虎符召集一百將士，讓他們從即日起聽命于自己。他們抬著轎子造成南直隸總督逃跑的假象，騙岡川信率兵追殺。
戚繼光聽聞倭寇入侵的消息，帶上自己的精銳部隊決意出征，王昱竹要求同行未被允許，王昱竹對戚繼光說要自己留下也可以，但一定要讓她聽到他凱旋的消息。有將士提出沒有朝廷和兵部的命令似乎師出無名，但戚繼光認為“士可殺不可辱”即為出師之名。他率軍長途奔襲南京，希望能夠堵截岡川信一行。
岡川信率眾與譚綸的百人團激烈廝殺，就在譚綸不敵即將命喪岡川信刀下之時，戚繼光的部隊在奔襲了三天三夜之后及時趕到增援，譚綸絕處逢生簡直不敢相信自己的眼睛，岡川信眼看寡不敵眾急忙下令撤退。當譚綸得知戚繼光沒有得到兵部允許就私自出兵時，他告誡戚繼光這次的禍闖大了，他讓戚繼光跟自己回南京城，但戚繼光稱南京之圍已解，但東南之圍未解，打倭寇不能如打俺答，今日打跑了，明日他會再回來，對付這些豺狼必須重創盡殲，不然這些大明的好男兒真的就是白白犧牲了。
戚繼光率部下一路窮追終于趕上岡川信一眾，并全殲其手下，唯岡川信僥幸逃走。戚繼光明白私自帶兵奔赴外省作戰無論功勞多大都是功不抵過，但他要讓朝廷通過這次戰役看到募兵制代替衛所制正是國之所需。
譚綸建議戚繼光立即率兵返回山東交出官印，并遞交請罪書，或許還能逃過一死，他告訴戚繼光如果是浙江兵馬殺退了倭寇那是奇功一件，但他帶著山東的兵來管浙直的事，功過未必能相抵，他又勸戚繼光再見了胡宗憲切莫再頂撞他，但戚繼光卻聽不進勸，認為自己天生不是做官的材料。
戚繼光剿滅倭寇死士一事，震動大明朝廷。嚴嵩和徐階也對如何處置戚繼光十分頭疼，決定等胡宗憲的奏疏到了再決定。
胡宗憲讓戚繼光擬出一份為國捐軀的將士名單，朝廷將按規定對他們的家屬進行撫恤，殺敵有功的將士也將按梟首數量行賞，該賞的賞完了，胡宗憲令人將戚繼光押入大牢，胡守仁率眾將士求胡宗憲開恩，胡宗憲卻不為所動，讓戚繼光訓完兵自己去大牢里呆著。
王昱竹來到大牢里替戚繼光送飯，她擔心戚繼光的處境，戚繼光卻沒事人般對王昱竹只說了三點：一，進大牢是因為殺倭寇的功抵不過私自出兵的過；二，胡部堂關自己是救自己；三，自己反正馬上就要出去了。王昱竹顯然無法理解，一個關在大牢里人的是如何有自信馬上就能出去的？戚繼光告訴她，橫豎山東是回不去了，要么胡部堂留著他，要么就上刑場。
胡宗憲加急奏疏請示朝廷該如何處置戚繼光，他告訴徐渭，此次戚繼光剿滅倭寇一事，客觀上證明了軍制變法的必要性。
十三年不問朝政的嘉靖皇帝也被此事驚動，他問身邊的太監對此事有何看法，太監告訴他從此事可看出一支募兵制的軍隊確實優于衛所制，徐閣老不結黨，他是惜才才不殺戚繼光，而募兵制一興起勢必會搶了某些人嘴里的食，嚴閣老定然不會樂意。嘉靖皇帝宣胡宗憲進京見駕，想聽聽他對處置戚繼光有什么意見。胡宗憲給出的答案就是“此人可用”。
胡宗憲認為戚繼光可用即擺明了與恩師嚴嵩作對，嘉靖帝讓他臨行前去見見嚴閣老，胡宗憲面對恩師直言道戚繼光提倡之募兵制實乃拯救大明之唯一途徑，自己不但要保戚繼光，還要磨煉他、培養他。嚴嵩落寞地說募兵制一起無異于在六部官員嘴里搶肉，他胡宗憲如此做是想置他自己和嚴家于何地啊？胡宗憲無奈下跪求恩師原諒。
胡宗憲審時度勢，將戚繼光留在身邊，卻只給了他一個都司僉書的職位，主管屯田、軍械，不帶兵。
戚繼光借著管軍械之機開始研究兵器改良，他告訴胡守仁現在最厲害的武器就是火器，火銃雖然有準繩，但沖擊力小不能抵御大批敵人，佛郎機炮火力大，但是太沉重，不便于隨軍搬運，他想發明一個集合兩者優點的一種武器，一旦研究成功就可以減少傷亡，保住精銳。沒想到鐵匠按戚繼光圖紙制造的炮一試用就炸傷了戚繼光自己，王昱竹得知消息咋咋呼呼地沖來把戚繼光好一頓埋怨，胡守仁看著兩人打情罵俏的樣子好笑地躲了出去。
徐渭一眼便看穿了胡宗憲的用人之道，原來，胡宗憲此舉是“熬鷹”之策，要馴服戚繼光身上的野性，鍛煉他的心智。
戚繼光發現胡宗憲手下蔣州貪墨軍需，他質問胡宗憲如果任事態發展，是不是到時士兵只能用石頭來扔敵人？按大明律法，貪墨軍需是砍頭的罪，但胡宗憲告訴他自己明白他心里想的是什么，不要以為推翻了舊制就可以推行他的募兵制，那是白日做夢。戚繼光大義凜然地說一旦讓他查到貪墨軍需的證據，他一定會參胡大人一本。
看到戚繼光下定決心要參胡部堂，徐文長和王昱竹做法不同，但目的相同，認為胡部堂縱容部下貪墨定有其道理所在，讓戚繼光不能光看表面，做那忘恩負義的事。但戚繼光就是油鹽不進，堅持己見。
王昱竹見戚繼光不聽勸只得吩咐手下注意保護戚繼光的安全，她覺得戚繼光這么一鬧，指不定多少人想要了他的命呢。果然這天戚繼光的住處著了大火，王昱竹以為戚繼光被困火海，不顧自身安危沖進去救人，正當現場一片混亂之時，放火之人悄悄溜走，此人正是戚繼光的手下仇虎，仇虎乃是李千戶的親弟弟，他的信念就是要殺了戚繼光替哥哥報仇。而所有的人都認為是胡宗憲為了殺人滅口放的火。
王昱竹勸戚繼光到此為止吧，此時燃起的這把火應該是一個很好的提醒，如果胡部堂的事再查下去不會有好結果，如果為了追查貪墨而搭上了性命，那么倭寇誰去打？
胡宗憲百思不得其解這把火到底是誰放的，徐文長告訴他，放火的元兇找不到的話，那這屎盆子胡大人只有頂著了。戚繼光提著軍火貪墨案的所有證據交給胡宗憲，告訴胡大人只要他想查的話一個也逃不了，如今要不要查、怎么查，全憑胡大人作主。胡宗憲告訴他查貪墨難辦，真要查下去就是通天大案，大明朝經不起折騰，要知道倭寇還在海上看著他們呢。戚繼光提出要去前線和倭寇戰斗，胡宗憲答應自己會考慮他的請求。
胡守仁得到消息寧紹臺的參將死了，戚繼光急忙來到胡宗憲處主動請命前往龍山所任參將，胡宗憲卻誠懇地勸他不要去，說是再熬幾年他一定可以斬獲更高的功勛，但戚繼光心意已決，他稱蕩平海波殺死倭寇是他畢生的夢想。
嘉靖三十五年戚繼光任寧紹臺參將，駐守龍山所。來到龍山所戚繼光發現在冊一千多士兵實際卻僅存二三百，他給徐千戶下死命令，三天內要么把士兵補足在冊人數，要么將一千多人虧空的軍餉補上來。
戚繼光的上任引起了倭寇首領向次郎的重視，他告誡下屬戚繼光一定會在龍山所嚴加巡邏，所以他們要選一個戚繼光想不到的登陸點登陸。