倭寇里應外合，奪取了興化。這是自嘉靖朝倭患以來，第一個失守的府城。朝野震動，嘉靖皇帝一怒之下，將福建巡撫革職查辦，譚綸接替福建巡撫。
福建戰事吃緊，自己卻整天無所事事，戚繼光苦悶無比，只有成天借酒澆愁。繼興化府城失守后，福建失地日漸增多，平海衛也落入倭寇之手，敵人形成了堅固的犄角防御。戚繼光與趙大河商議后做出了人生中最大膽也最兇險的決定，戚家軍在沒有得到任何一級命令的情況下，從浙江開拔了。他命楊文、胡守仁率一萬老兵先行入閩，在興化城附近駐扎，兩千新兵由他和趙大河邊行邊練，這是戚家軍復出的第一仗，只許勝不許敗。趙炳然得知戚家軍全營開拔福建的消息，立命臬司衙門派兩百精兵隨他一同追趕，希望在戚繼光進入福建之前將他拿下。
張居正煞費苦心將民間小吃“繼光餅”呈給嘉靖帝，并將此餅來歷告訴皇上，他說此餅是戚家軍打倭寇時為方便行軍作戰而烤制的一種像肚臍一樣的小餅，在餅中間有一個圓孔，為了便于穿上麻繩掛在身上充當干糧，由于戚家軍屢戰屢勝，備受百姓的愛戴，所以每每行軍時，百姓便烤制這種小餅以表示感激跟擁戴，為此百姓們還有歌謠傳誦呢。
長谷堪助推斷戚家軍主攻的目標會是平海衛，他決定即刻啟程前往平海衛督戰，并命大內晴英守衛興化不得離開。另外派一百精兵襲擾戚家軍的新兵，目的就是讓戚繼光練兵練不安生，讓這兩千新兵變成戚家軍的累贅。倭寇埋伏在戚繼光行軍途中，意欲半路伏擊，給戚家軍一個下馬威，卻不料遭遇了奉命奔赴平海衛的歐陽深的僧兵隊伍。作戰中，倭寇漸漸不敵僧兵，此時戚繼光趕到，將這伙倭寇全部剿滅。戚繼光得知歐陽深奉命增援平海衛，兩支隊伍結伴同行。
譚綸召集戚繼光、俞大猷、歐陽深等將領商討攻打平海衛的策略，平海衛是興化城的屏障，若想攻下興化，平海衛則是重中之重，如何突破這道屏障他想聽聽大家的看法。戚繼光提出除非有一隊人能混入城中，里應外合，方有成功可能。歐陽深深明大義，主動請纓，提出由他帶著僧兵入城以念經超度、入城祛晦為由，必將順利潛入，到時時辰一到逼搶開門。戚繼光確定作戰計劃，令歐陽深率僧兵清晨入城，趁深夜倭寇最疏于防范之時發起總攻。
歐陽深看到戚繼光放飛的孔明燈，遂下令僧兵全力奪城門，倭寇弓箭手瘋狂攔截，僧兵們在箭雨中全部犧牲無一幸免，歐陽深身中數箭拼盡最后一口氣用僧棍挑開城門，幸不辱使命。悲憤的戚家軍闖進平海衛將倭寇打了個落花流水，長谷堪助眼看大勢已去，下令撤回興化城。攻下平海衛，戚繼光和俞大猷等人商量將歐陽深和所有犧牲的僧兵以佛禮火化，再以軍禮安葬。
仗打完了，趙炳然將戚繼光五花大綁，要將他軍法處置，當地老百姓紛紛趕赴刑場替戚繼光求情，戚繼光對自己所為絲毫不悔，他認為此仗是不能打，但該打，該打的仗就要打。關鍵時刻俞大猷大喊刀下留人，他和譚綸聯合違抗趙炳然，不惜拔刀相向，正在場面混亂之時，圣旨送到，嘉靖皇帝恢復了戚繼光浙江總兵之職，令其旨下之日即刻率部下出師福建，收復失地，如此一來戚繼光的出兵就有了冠冕堂皇的理由。
戚繼光清點兵馬，策劃畢其功于一役，收復興化，消滅長谷堪助。興化城被倭寇所占據，四門均有大明的火炮，若強攻則定會傷亡慘重，況且他不會打無勝算之仗。戚繼光布置了作戰戰略，他命楊文、林雪等率八千主力由東南繞過興化府，作為一支被隱藏起來的主攻部隊，于赤血灘集結；經過興化府時胡守仁率一千人守住興化到赤血灘的要道，謹防興化府派出的援軍，而赤血灘則會是最后的決戰之地。而他以自己為誘餌，和趙大河、陳大成率兩千人打著帥旗一路向南直奔赤血灘，吸引長谷堪助主力，待到戚家軍主力到達，一舉將倭寇包圍殲滅。
待所有將士離開軍帳，趙大河讓戚繼光說出沒說完的計劃，他知道戚繼光一定留有后手，他猜戚繼光會請求福建水師繞行至出海口，堵住倭寇逃回日本的道路。戚繼光很滿意趙大河和他想到了一處，橫嶼之戰泄密之事尚未弄清原委，他自然會為自己留下退路，他讓趙大河派最得力的手下速將自己的手令送往福建親手交到俞大猷手中。
如此完美的殲滅戰作戰計劃被林雪透露給長谷堪助，狡猾的長谷打算將計就計，帶主力突襲赤血灘，并命岡川信帶人馬去林墩北側埋伏，阻擋戚家軍主力。戚家軍主力被林雪設計帶到了地勢不利的山區，遭到了岡川信的突襲。楊文一時間無法突破防御，被困在了林墩。此刻，戚繼光和趙大河所帶領的誘軍在赤血灘遭到了長谷堪助主力的攻擊，情形已是十萬火急。戚繼光在兵力上處于絕對劣勢，只能憑借著鴛鴦陣的強大防御能力，勉強支撐著。
戚繼光下令死戰待援，他雖然不知道楊文那里出了什么問題，但他出發前吩咐過楊文，不管遇到什么情況，哪怕只剩下一人也要趕到赤血灘，他相信這邊一定可以堅持到援軍的到來。
楊文所部終于突破了倭寇重圍，胡守仁帶主力直奔赤血灘，楊文帶少部分兵力阻擋岡川信。林雪死于不知其真實身份的岡川信刀下，楊文最終將岡川信誅于刀下。
戚繼光四處受敵，最終放棄兩翼和后衛，以死亡沖鋒陣形誓取長谷堪助性命。就在戚家軍孤軍奮戰之時，譚綸帶一千兵馬增援，不多時胡守仁帶著主力援軍趕到，戚家軍眾將士精神振奮，大敗倭寇。長谷堪助眼看大勢已去，使出一招金蟬脫殼，讓大內晴英換上他的衣服上馬疾馳而去，自己卻悄悄溜走，戚繼光奮力追上，一刀將大內晴英斃命。
長谷堪助逃至入海口，由蕭顯的五峰船隊接應。此時傳令兵來報，俞大猷已經攻克興化城，福建水師戰船已在入海口集結，戚繼光下令火速趕往入海口，登船追擊。長谷堪助還試圖將戚繼光的船引入自己的包圍圈，但在水師船隊的猛烈攻擊之下，倭寇已是毫無還手之力，最終長谷堪助的五峰船在戚繼光、俞大猷和譚子理的三方夾擊之下無路可逃，戚繼光下令三艦齊射打沉長谷的船，在一片火光沖天中倭寇全軍覆沒。
從嘉靖二十五年戚繼光出任登州衛指揮僉事以來，無數將士血染山河，如今倭寇終于平定，但戚繼光卻沒有多少勝利的狂喜，只有無盡的哀思。他一一告慰為抗倭奉獻出寶貴生命的將士英靈。
戚繼光仔細分析此戰每個細節，迅速判斷出林雪就是那個潛伏在軍中的奸細，翌日重傷的楊文回營，證實了戚繼光的判斷。戚家軍祭奠犧牲將士，戚繼光發誓，要盡自己一生，率領戚家軍奮戰到底……
遠自元朝以來的兩百多年倭寇為禍，經朱紈、胡宗憲、譚綸、俞大猷、戚繼光等人不懈努力，守衛祖國邊疆，把最后一批入侵的倭寇趕出神州大地，終于徹底消滅倭患。
沈黛云看到當地孩童玩著戚家軍打倭寇的游戲，她打開戚繼光當年贈她的折扇，望著扇面所書“戚門沈氏黛云”字樣一時感慨萬千。
隆慶元年，戚繼光在首輔張居正的舉薦下奉命北上，鎮守薊州遼東、拱衛邊墻，繼續為國堅守疆土，譚綸升任兵部尚書，兼理京中軍務，不久告歸，兩人分別時談起了兒時的夢想，譚子理稱自己從小喜歡音律戲曲，但命運卻把他推到了如今的位置，但戚繼光說自己從小就感嘆人生苦短，一定要做一件有意義的事——那就是保家衛國、建功立業。
萬歷十六年，戚繼光病逝于家鄉，他蕩平海平，徹底清除倭患，鞏固北方邊防，他的一生精忠報國、矢志不渝，是中華民族不朽的民族英雄。
（全劇終）