嘉靖二年，日本使者為了爭搶朝貢貿易機會產生了沖突，戰火牽連浙江沿海百姓，從此，大明與日本的官方貿易徹底終止，嘉靖朝廷政治昏庸無能，權力內斗劇烈，官場腐敗成風，軍備松弛，外加日本國內正處于混亂時期，各地封建領主殘酷剝削和不斷地戰爭，導致日本破產的農民、失職的官吏、失業的流民、戰敗的武士等在各地領主的支持下，紛紛向海外求出路。延續多年的倭寇之禍，在嘉靖年間到達了前所未有的高峰。
嘉靖二十一年明世宗為求長生不老藥命方士煉丹，且因迷信道教而令宮女不得進食，只能吃桑飲露水，宮水楊金英等十一人不堪痛苦，摸準了嘉靖帝的作息時間，準備趁著他夜宿端妃處，計劃尋機殺了皇帝，然行刺未竟，史稱壬寅宮變。受到驚嚇的嘉靖帝決定搬往西苑，朝政一干事宜皆由內閣把持，不久嚴嵩任內閣首輔，成為當朝第一權臣，嘉靖帝則在幕后暗暗掌控著國家。
山東，神機營副將戚景通年事已高，解甲歸田，其子戚繼光，承襲祖上爵位，任登州衛指揮僉事，官封四品。上任之前父親叮囑兒子一樣要繼承自己的衣缽，為大明蕩平倭寇。
戚繼光意氣風發來到登州衛千戶所，看到的一幕卻是自己想像不到的，守門的士兵大白天在打盹，屯田兵都在田里戲耍，原定的五百下屬也只有區區三十人，他找到鄔千戶打聽情況，卻發現千戶正和下屬一起喝酒行酒令，對兵士逃走的現象聽之任之，戚繼光發現大明軍制早已病入膏肓。戚繼光頂住壓力，下決心整頓軍務，漸漸地在士兵中樹立了威信，并與軍士頭頭胡守仁結下了友誼，他告訴胡守仁男子漢應該直起腰桿來做人，應該為自己為國家而建功立業。
戚繼光一直在海邊觀測風向，發現之前是西北風，前幾日突然改為東南風，這日又改為正東風，有此風信他推斷倭寇必犯我國沿海，他請求鄔千戶立即集合全體士兵嚴防，但鄔千戶卻不以為然。戚繼光再次來到海邊發現倭寇船遠遠駛來，他急忙跑回衛所搖鈴擊鼓警示士兵，卻遭到千戶的斥責，直到衛兵來報倭寇登岸了才倉皇應戰。戚繼光主動請戰，但千戶卻讓他看好自己管轄的農田和豬圈。
登州衛守軍大敗，軍士損失慘重，譚綸將軍帶領援軍趕到，因千戶畏敵怯戰，帶領屬下臨陣脫逃，一刀將其斃命。戚繼光積極迎戰深得譚綸賞識，當得知他父親是戚景通，夸他果然是虎父無犬子，并有青出于藍勝于藍之勢，與譚綸一番交談令戚繼光深有觸動，并做出了一生中最重要的決定，辭官進京參加武科舉考試，胡守仁追隨其左右。
戚繼光向父親稟明自己辭官意圖，他要武舉會試提名，只有這樣他才有實權，有了實權才有說話的機會，只有這樣改革兵制才不會是一句空話。父親見他主意已定決定支持兒子，臨行囑咐兒子謹記“大丈夫敢為天下先”。
海盜首領王直帶著大量的錢財和火藥前往日本，與倭寇首領長谷堪助達成了利益同盟，他們合謀除掉眼中釘——浙江總督朱紈。嚴嵩收到王直輾轉送來的《清明大河圖》和大量錢財，目的只為嚴嵩能幫著彈劾朱紈，朱紈本就是嚴嵩欲除之人，自然樂得順水推舟，他讓兒子給湖廣道御史胡宗憲寫信，讓他趕緊回京，罷了朱紈他就向皇上舉薦胡宗憲去接替浙江的差事；同時讓兒子鼓動手下的言官御史彈劾朱紈，一番動作之下成功讓嘉靖革了朱紈的職。百姓愛戴朱大人，朱紈革職之日百姓前往總督府替朱大人喊冤，卻遭到血腥鎮壓，朱紈無奈自盡欲保百姓平安。浙江總兵俞大猷匆匆趕到只見到死不瞑目的朱大人，他狠狠教訓了欺壓百姓的士兵，并下令再犯定殺無赫。
戚繼光和胡守仁到達京師，差點住進了黑店，幸遇在山海關當差的伍長楊文幫他們解圍，三人甚是談得來，于是相約去茶館邊喝邊聊，機緣巧合下認識了當朝三大才子之一徐渭，并因茶館所唱戲文影射嚴嵩心狠手辣被定性為反戲，官兵將一眾聽戲茶客全都抓進了大牢。
嘉靖二十九年俺答進犯一路長驅直入，營于潞河東二十里之孤山、汝口等處，京師告急，史稱“庚戌之變”。嘉靖皇帝稱不喜歡京城太吵吵，要讓俺答滾出去，內閣重臣徐階冒死稟奏，稱京城十二團營總三營名單上有兵馬三十萬，然多年來逃逸者不勝數，吃空餉、將領私役、勾補老弱，京師各營的禁軍實際上僅余四萬多人，再除去無法上陣的老弱病殘，能上陣打仗的兵也是一兩千人，這仗根本沒法打。徐階稱自己已經召集援軍，但在援軍到達之前他們需要一支兇猛不怕死的守城軍隊，多多益善，但此事需嚴閣老來想辦法。
因京城告急，尚未開始的武科舉考試被取消。新任浙直總督胡宗憲配合兵部尚書，接下了城防重任。徐渭求胡宗憲前往五城兵馬司牢房走一趟見見戚繼光，他說戚繼光可以替胡大人守衛京師，胡宗憲來到大牢接見戚繼光想聽聽他的高見，戚繼光建議胡大人可以利用牢中現有刑案犯中死囚去守城，若戰死則撫恤家人，若大功則免罪釋放，若小功則改死罪為牢獄。還可以利用此次前往京城參加武科舉的考生，這些人個個弓馬嫻熟，年輕力壯，由他們各帶一隊未獲死罪的刑案犯，這樣京城守衛軍就編成了。而他則愿意率領一千死囚守衛最兇險也是最薄弱的朝陽門。
城外擁滿了乞求進城的難民，戚繼光命令守城官兵開城門放難民進來，但守城官兵告訴他俺答驅趕老百姓騙開城門是常用的戰術，城門不能開，戚繼光用刀架在守城將領的脖子上逼他開城門，但那將領寧死也不肯開。此時胡宗憲手下副將蔣洲傳令城門不能開，戚繼光希望能夠說服蔣洲，蔣洲看著百姓被俺答所傷也是心痛難當，但他告訴戚繼光，如果自己脫了這身軍服肯定第一個跳下去救百姓，但他是一個軍人，得服從軍令。
戚繼光決定親自把難民引去甕城避難，把百姓轉移到安全地帶后，戚繼光決定與俺答的先鋒打上一場，俺答一直覺得大明勢弱，決沒想過他們會從后面包抄他們，此時深夜正是突襲的好時候，蔣洲在城樓上看到戚繼光率將士殺到，立即命官兵前后夾擊，將俺答打了一個落花流水。但戚繼光等人此刻并不知曉，俺答撤兵并非一場勝利，退兵的真正原因實為嚴嵩一黨主張妥協，為保一時安寧出場了大明朝的利益。
戚繼光徹夜不眠將對抗俺答的經驗記錄下來，準備作為武舉考試的論卷，徐渭看了戚繼光的《備俺答策》，拿起就走，胡守仁預感他的戚爺要發達了。
蔣洲在胡宗憲面前大大表揚戚繼光，說他的膽識、武藝、臨機應變都屬于不世出的人才，更重要的是他居然能把這像惡鬼一樣的死囚全部訓練成虎狼之師。胡宗憲明顯有點不樂意，他發現守城的武舉都津津有味地在看閑書，收過來一看竟然就是戚繼光所寫的《備俺答策》，冊子上記錄了來犯敵人的兵器、陣型、編制，還列舉了幾套抗敵的方法，顯然作者不是一個等閑之輩。武舉稟告說這是總旗牌官戚繼光所寫，是徐渭讓他們一人抄了一份速速傳看。蔣洲認為戚繼光這下是要青云直上了，但胡宗憲卻認為戚繼光恐怕要為這本書死無葬身之地了。
胡宗憲接見戚繼光，說是這次去接任浙直總督，防備倭寇的任務就落在自己身上了，他想在浙江沿海的衛跟所多建幾個炮臺，想聽聽戚繼光的見解。戚繼光則認為要加固海防并不在于多造幾門炮，而在于強兵和改祖制，在這一點上倒是胡宗憲頗為認同。
戚繼光立了戰功卻依然選擇回山東登州衛就職，還選擇坐船回山東，胡守仁萬分不解，戚繼光說以后打倭寇盡早是要坐船的，就當先鍛煉起來吧。沒想到船一路顛簸，戚繼光居然暈船了，不慎將污物吐到了浙江秦山鎮的沈家小姐沈黛云的身上，沈黛云非但不生氣，看著這個水師軍官暈船頗覺好笑。兩人在相互交往中產生了傾慕之意，在寒山寺私定終身。
戚繼光回家經戚景通同意帶著媒婆前往浙江求親，然而沈黛云將此事告知父母卻被無情拒絕，因為父母早已替她訂下親事，夫家是臺州大商人唐獻之。
當戚繼光帶著媒婆趕到秦山鎮，卻發現這里已經被倭寇襲擊，全鎮百姓死傷慘重，沈宅陷于一片火海之中，沈黛云生死未卜。此時沈黛云與隨身侍女正被倭寇逼到絕境兩人攜手跳海。