十里長亭，秦香蓮久久回憶過去的點點滴滴，陳世美卻還未出現。
包拯深感王延齡姑息養奸，才造成今日的形勢，想要搜集證據，彈劾陳世美，王延齡卻有所顧忌。趙昭眼看陳世美似仍在思念秦香蓮，憤而向太后告狀。太后得知秦香蓮仍在人間，向陳世美發出最后通牒……陳世美邀韓琪痛飲，韓琪逐漸明白陳世美要自己追殺秦香蓮母子的心意。鋼刀見血，方為報恩，韓琪答應報恩，但自此以后，他就不再將陳世美當做兄弟。
陳世美深怕韓琪下手不力，央求太后加派人手，一隊大內高手又連夜出城墊后，定要將秦香蓮除之而后快。
秦香蓮母子等候陳世美良久，終決定先行離開，途中來到關帝廟暫歇。韓琪趕到欲殺秦香蓮，內心幾番斗爭，終于無法痛下殺手，反而與隨后的殺手纏斗，保護秦香蓮。韓琪最終力竭而死，包凌瑄答應他一定會繼續保護秦香蓮的安全。
秦香蓮讓冬哥春妹認韓琪做干爹，誓要為他求一個公道。
大內高手未能成功，再次對秦香蓮下手，慌亂中秦香蓮帶著孩子逃到大街之上，正巧碰到王延齡轎子經過。秦香蓮攔下轎子，高呼冤情，請丞相做主。王延齡識得秦香蓮是陳世美的結發妻子，大喜過望，安排下人將秦香蓮帶回府中好生安置，他盼望著一個能扳倒陳世美的良機。
王延齡詳加查問，始知秦香蓮一行保護陳世美，豈料遭到陳世美的追殺。恰逢陳世美壽辰，秦香蓮假扮歌女，隨王延齡混入府中。秦香蓮的一曲歌辭讓陳世美與趙昭大驚失色，但陳世美斷然否認派出殺手，也決意不在韓琪墳前告祭。秦香蓮心知陳世美已成了另一個人，前往開封府狀告陳世美，要為韓琪討回公道。
包拯接狀，轉而怒斥包凌瑄隱瞞實情，讓事態發展到如今。包凌瑄追悔莫及，也吐露了自己因與韓琪有感情，才會幫他隱瞞的深意。陳世美欲賄賂包拯，壓下此事，包拯混不在意。見秦香蓮愁緒萬千，包拯設計讓陳世美認下秦香蓮新近的繡帕，等于間接與秦香蓮相認，陳世美怒不可赦，直呼眼拙。
陳世美會見王延齡，一番威脅，王延齡卻一心要扳倒陳世美。駙馬一案，包拯決定從他與秦香蓮成婚的證人查起，命包凌瑄速速趕赴均州尋找人證。陳世美聽聞此事，命殺手沿途追殺，三姑與廟祝在衙役的保護下前往京師，卻紛紛命喪黃泉。小巧為保護秦父，死在殺手手下，好在包凌瑄及時趕到，保全了秦父與秦母的性命。
秦父痛不欲生，要幫女兒和小巧討回公道。在包凌瑄的護送下，秦父秦母抵達京城，被嚴密保護，等待升堂之日。陳世美暗罵秦香蓮逼人太甚，事到如今，他只能將證人趕盡殺絕……
秦香蓮一家五口團聚，秦香蓮得知小巧喪命的消息，更堅定了要告倒陳世美的決心。陳世美不知秦家二老藏身何處，前往丞相府求情，意圖套出有用的信息。王延齡為引蛇出洞，故意泄露二老行蹤，轉而命包拯嚴加看護。陳世美告慰先父，認為大仇將報，接著連夜派出殺手，趕赴秦父秦母歇息的客棧，痛下殺手。開封府眾人保護不及，秦父秦母亦死在殺手手下……
證人接連喪命，除了血刀之外，秦香蓮只能想到唯一剩下的人證，公主的侍女元宵。包拯傳喚元宵，秦香蓮痛哭想問，元宵左右為難，始終不肯說出真相。趙昭得知此事，慌張趕赴開封府搶走元宵，包拯無奈，宣布明日再審。元宵得知自己是最后的證人，飲下金箔酒自殺……趙昭痛苦難當，不知為何自己喜歡上一個人，連自己最親的姐妹也要殉葬。陳世美卻愈發有恃無恐，也知道了公主已懷有身孕的消息，更覺得自己不會被趙禎治罪。
包拯傳喚陳世美，但證人皆無，陳世美渾然不懼，公然在堂上與包拯和秦香蓮爭鋒相對……事到如今，趙禎又聽聞趙昭有孕在身。在趙昭的哀求下，趙禎果然試圖將此事壓下，向王延齡暗示暫緩調查駙馬一案，王延齡無奈向包拯傳達圣上的意思。包拯想要還秦香蓮一個公道，卻實在束手無策。